清朝初期的风云变幻
电影的故事背景设定在清朝初期，这是一个动荡不安的时代。反清起义此起彼伏，各地的义士们纷纷揭竿而起，试图推翻满清的统治。然而，清廷为了巩固自己的政权，采取了极端手段，不仅镇压起义，还勾结了不少少林叛徒来控制武林，以此削弱反抗力量。这些叛徒中，最令人发指的是石少峰。
石少峰的恶行与自保
石少峰原是少林弟子，却因贪图权势和利益，背叛了师门，成为了清廷的爪牙。他残害无数少林弟子，手段极其残忍，将他们杀害后悬挂于树上曝晒，以示威吓。石少峰深知自己树敌无数，因此多年来不仅训练了一支精锐的八虎将作为自己的护卫，还不断修炼武艺，练成了威力巨大的白鹤追魂拳。他的这一系列行为，使得他在江湖上臭名昭着，人人谈之色变。
云飞的任务与初遇谭小弟
为了阻止石少峰继续作恶，少林方丈派遣得力弟子云飞（由谭道良饰演）前去清理门户。云飞的任务不仅仅是惩治叛徒，还要帮助一位携带重要密图的反清义士张义（吴宇森饰），顺利通过石少峰驻守的白石镇，并护送他渡过白河，前往租界参加反清义举。云飞深知任务艰巨，但为了正义和师门的尊严，他毅然踏上了这条充满危险的道路。
在前往白石镇的路上，云飞遇到了运柴火的谭小弟（成龙饰）。谭小弟看似普通，实则机智勇敢。他利用自己的身份为掩护，帮助云飞顺利通过了石少峰设置的重重关卡。一路上，两人目睹了被残害的少林弟子的惨状，尸身被悬挂于树上，曝晒于烈日之下。谭小弟不忍心看到同门暴尸荒野，决定将其火化。这一刻，云飞向谭小弟坦露了自己的真实身份——他也是少林弟子。谭小弟提醒云飞，这地方对少林弟子和爱管闲事的人来说，实在不宜久留。于是，二人暂时分道扬镳。
白石镇的惊险遭遇
进入白石镇后，云飞很快便遭遇了一场危机。他撞见了石少峰的手下杜青（洪金宝饰），杜青正准备当街斩杀一名少林弟子邱国。云飞暗中出手救下了邱国，并将他藏匿在自己所住的客栈内。杜青赶到后，云飞教训了他的手下，展示出高强的武艺。杜青见云飞武功不凡，心中起了拉拢之意，没有细查便离开了客栈。
在客栈中，云飞注意到一个吹笛子的房客，此人剑不离身，人称“江南浪子”。店家告诉云飞，这位江南浪子曾是一位剑术高手，但因石少峰的迫害，被迫亲手用剑杀死自己心爱的女子，自此一蹶不振，不再动剑。云飞觉得，这样的人不会甘心堕落，或许还有转机。
暗夜中的密谋与陷阱
当夜，邱国醒来，云飞与他相认，并告知了自己此行的目的。为了躲避石少峰的耳目，两人决定偷偷离开客栈。然而，他们并不知道，店家马烈其实是石少峰的手下，早已探知了他们的行踪。邱国告诉云飞，他与张义已经约好五天后相见，并交给了云飞会面的暗号。云飞让邱国帮助自己接近石少峰，邱国应允了。
第二天，云飞绑着邱国去找杜青，假意投靠，借此机会接近石少峰。然而，石少峰早已通过马烈得知了他们的底细，设下了一个圈套等待他们。经过一番激烈的打斗，云飞和邱国不敌石少峰及其八虎将，最终邱国含恨而死，云飞也被擒住。石少峰命令杜青严刑拷问云飞，逼问张义的下落。云飞宁死不屈，杜青虽爱惜人才，但也没有放过他。
谭小弟的救援与复仇计划
云飞趁看守松懈时咬开绳索，成功逃脱。恰好此时，谭小弟前来营救，两人有惊无险地逃出了石少峰的府邸。谭小弟将云飞带回了自己的山中小屋，在那里，云飞得知谭小弟的哥哥谭雄三年前也被石少峰杀害，谭小弟一直隐忍不发，只为等待报仇的机会。谭小弟的身份揭露后，两人的目标更加一致：必须铲除石少峰，为正义而战。
准备决战
云飞在山中小屋中苦练棍法，意图对付石少峰的斩马刀。谭小弟起初对此不以为然，认为木棍难以抵挡石少峰的利刃。他指出，要想成功，还需要一位剑术高手的帮助，才能应对石少峰的八虎将。云飞想到了江南浪子，决定冒险前往镇上寻找他。果然，江南浪子良心未泯，决定加入这场正义之战。
与此同时，两位云飞的同门师弟也赶来相助，这让云飞等人有了更多对抗石少峰的力量。回到山中小屋后，众人开始苦练绝技。江南浪子助云飞练成了能断人筋骨的虎爪功，用来对付石少峰的白鹤追魂拳。谭小弟则为江南浪子重新铸造了一把宝剑，并为云飞打造了一根可以抗衡石少峰斩马刀的铁棍。
最后的对决
到了邱国与张义约定的日子，云飞凭借暗号顺利接到了张义。然而，石少峰通过暗探得知了云飞等人的行踪，命令八虎将驻守他们的必经之地。面对困境，谭小弟设计调虎离山，成功帮助众人平安离开白石镇。
在赶往白河的途中，有人暗中为八虎将指路，导致云飞等人被轻易追赶上。谭小弟为了给众人争取时间，自愿留下断后，最终击败了八虎将，自己却重伤牺牲。谭小弟的牺牲让众人悲痛万分，但也坚定了他们继续前行的决心。
来到白河边，众人与杜青、马烈展开激战。云飞让江南浪子带人先走，自己留下断后。江南浪子带着张义和云飞的两个师弟渡河时，却发现这两个师弟竟是暗探，乘其不备刺杀了江南浪子。江南浪子拼尽最后一口气，杀死了这两个凶徒，最后自己也牺牲了。
在众人的帮助下，张义安全抵达对岸，与其他义士会合。云飞则在白河边继续战斗，最终击败了杜青和马烈。这时，石少峰赶到，云飞与他展开了最后的对决。经过一场激烈的较量，云飞终于成功击杀石少峰，为所有受害者报了仇。
结语
这场正义之战，虽然充满了艰辛与牺牲，但最终赢得了胜利。云飞和他的伙伴们不仅铲除了恶贯满盈的石少峰，也为反清义举贡献了自己的力量。他们的英勇事迹，成为了那个动荡时代的光辉篇章，永远铭刻在历史的长河之中。