摩尼教主力在杭州覆灭后，其各地分支并未彻底消散，反而化整为零，推行所谓的“游击计划”。
大批传教人员潜伏民间，残余部队则收罗散兵游勇、恶霸地主与地痞流氓，拼凑出多股匪特武装。
这些武装或以“绿林军”为名盘踞山林，或“上山结寨”控制要道，甚至依托湖泊港汊形成水上匪帮，成为江南百姓治安平定的巨大威胁。
十一月二十日，刚稳定杭州秩序的卢俊义，便收到了各地送来的匪患急报。
两浙路境内匪众近五万余人，福建路亦有四万余人，这些土匪如同毒瘤，散布在江南的山野湖泊间。
他们不仅袭击大乾的基层政权，杀害刚刚上任的保正与官吏。
十二月间，华东的县乡村遭百余次袭击，仅两浙路就有一百余名大乾官吏倒在岗位上。
不少还公然抢劫百姓物资，煽动不明群众闹事，甚至一度攻占多座县城，将县城内的粮仓、库房洗劫一空。
在浙西的天目山一带，一股数千人的匪帮尤为猖獗。
他们白天潜伏在山林中，夜晚便下山突袭村镇，不仅抢走百姓的粮食与财物，还强迫青壮年加入匪帮，不从者便惨遭杀害。
一名侥幸逃脱的村民哭诉：“这些土匪比摩尼教还狠！摩尼教至少还讲点规矩，他们就是一群疯子，见人就杀，见东西就抢！”
匪患的蔓延，不仅严重破坏了社会秩序，更让江南百姓刚刚燃起的和平希望再次蒙上阴影，新生的大乾政权面临着严峻的考验。
面对愈演愈烈的匪患，姜齐迅速作出决断，于十二月下旨明确剿匪原则：“首恶必办，胁从不问，立功受奖”。
这一原则既体现了大乾镇压匪首的坚决态度，也为争取被胁迫的普通匪众留出了生路，做到宽大与镇压相结合，避免激化矛盾。
与此同时，卢俊义在杭州发布剿匪布告，并公布《惩治土匪暂行条例》。
布告中，他一方面号召江南军民合力剿匪，鼓励百姓举报匪情、协助军队作战。
另一方面则敦促土匪认清形势，主动投降。
条例中明确划定处置标准：匪首及双手沾满鲜血者，严惩不贷；被胁迫加入、未曾作恶者，缴械后可返乡务农，若能协助剿匪、立功赎罪者，还可获得奖赏。
这一布告的发布，为后续剿匪行动提供了清晰的法律依据与政策导向。
更重要的是，卢俊义结合江南的实际情况，确立了“军事进剿、政治瓦解和发动群众三结合”的总方针。
军事进剿负责消灭大股匪帮的有生力量。
政治瓦解则通过宣传政策、争取胁从者，从内部瓦解匪帮。
发动群众则是让百姓成为剿匪的“眼睛”与“耳朵”，切断土匪的补给与藏身之处。
这一方针并非僵化的指令，而是为不同区域制定差异化战术提供了核心指导。
山区侧重山地搜剿，湖泊侧重水上围堵，城乡交界地带则侧重军民联防，确保剿匪行动精准高效。
剿匪方针确立后，江南各地的清剿行动迅速展开。
两浙路的剿匪行动，从一开始便确立了“海陆联动、分区包干”的核心思路。
燕青主动请缨后，第一时间与海军将领阮小二会商，针对两浙路“山地多、海岸线长、水网密布”的地理特点，制定了精准的协同方案。
阮小二率领的海军船队，如同移动的屏障，沿着两浙路漫长的海岸线巡航。
白天，船队在近海游弋，用望远镜监测每一处可能的登陆点，防止土匪从海上逃窜或获取补给。
夜晚，船队则在关键港口抛锚，船上的灯火连成一片，形成威慑，让沿海匪帮不敢轻易露头。
一次，一股盘踞在舟山群岛附近的匪帮，企图趁着夜色乘船逃往福建，刚驶出港口，便被阮小二的巡逻船队发现。
“开火！”随着阮小二一声令下，船上的火炮瞬间轰鸣，匪船被击中起火，匪众纷纷跳水逃生，最终被海军战士逐一擒获。
此次行动，不仅歼灭了一股顽匪，更向所有沿海匪帮传递了明确信号，海上并非逃路，而是绝境。
与此同时，燕青率领陆军主力，以杭州为起点，向歙州方向稳步推进。
他将两浙路划分为杭嘉湖、宁绍、金衢严三个清剿区域，每个区域配备一支千人规模的精锐部队，由经验丰富的将领带队。
更关键的是，燕青深知“百姓是最好的向导”，每到一地，便组织当地百姓成立“联防队”，挑选青壮年男子，配发简易武器，负责日常巡查、传递情报。
同时，通过张贴告示、街头宣讲等方式，向百姓普及剿匪政策，鼓励大家举报匪情。
在绍兴府，联防队成员王老汉发现一伙土匪隐藏在山中的破庙里，立即向陆军部队报告。
部队根据王老汉提供的路线，连夜奔袭，将土匪一网打尽。
事后，王老汉笑着说：“这些土匪以前欺负我们，现在大乾军来了，我们当然要帮忙，把他们赶跑，才能过安稳日子！”
这种军队搜剿、百姓巡查的联动机制，让土匪如同过街老鼠，无处藏身。
天目山一带的匪帮，是两浙路剿匪行动中遇到的最大阻力。
这股匪帮由摩尼教残余将领带领，人数达数千人，不仅装备精良，还熟悉山地地形，多次击退小规模的清剿部队。
燕青得知后，亲自率领部队前往天目山，决定采取“政治瓦解为主、军事打击为辅”的策略。
第一步，便是摸清匪帮的底细。
燕青派战士化装成百姓，混入天目山周边的村镇，通过与村民聊天、观察土匪的活动规律，逐渐掌握了匪帮的藏身洞穴、补给路线以及内部结构。
匪首是摩尼教的一名头目，生性残暴，手下的匪众则多是被胁迫的农民与散兵。
掌握情况后，燕青首先切断匪帮的粮道。
他派部队封锁天目山的各个山口，严禁任何人携带粮食进山。
同时，让此前俘虏的几名普通匪众回到山中，向其他匪众宣传大乾的剿匪政策。
“只要缴械投降，不主动作恶的，都能回家务农，还能领到救济粮；如果继续跟着匪首顽抗，只有死路一条。”
这些俘虏回到山中后，很快便在匪众中引发了骚动。