话说隋帝杨坚为了尽快查明，皇后被猫鬼加害之事，便派出宰相高颎，纳言苏威，大理正皇甫孝绪，大理丞杨远等共同查明此案，很快徐阿尼就被抓获。徐阿尼招供是独孤陀夫妇让她用猫鬼谋害郑祁耶和皇后，路是由他们指引的。徐阿尼声称在七年前，独孤陀就有用猫鬼加害皇后的想法，想以此获得皇后的大量赏赐。
杨坚听后非常生气，命令士兵将独孤陀夫妇抓了，用牛车押解他们游街示众。愤怒的民众纷纷拿菜叶子臭鸡蛋砸他们，发泄心中对这种妖邪之人的不满。杨坚想将他们赐死于家中。独孤伽罗知道是自己的亲弟弟要加害自己，她向皇上求情道：“黎邪想加害我，是我这个姐姐没有做好。如果他是加害黎民百姓，我万万不敢替他求情。还请陛下看在臣妾的份上，宽恕他，饶他一命。”杨坚并没有答应，而是说道：“皇后你的身子刚刚好一点，要注意休息。”说完转头走了。
独孤伽罗内心无比难过，没想到这些年不光是夫妻感情越来越淡薄，姐弟之情已经到了无可挽回的地步。自己对弟弟可谓是十分亲近，经常到他府上，与他们夫妻俩谈心，没想到弟弟却想要杀死自己。她的心犹如掉进了冰窟之中，好冷好冷。如今闺中密友已死，弟弟也要死了。独孤伽罗忽然感到非常迷茫，不知道自己活着的意义是什么。她便从此吃不下饭。三日后，杨坚听闻皇后一直吃不下饭。他最终还是免独孤陀一死，贬为庶人，圈禁在府上，杨氏则被处死了。
杨坚问牛弘该如何杜绝猫鬼之事。牛弘道：“这种妖邪之物是人为产生的，只要将操控它的人杀了，这种东西也就灭绝了。”杨坚派杨素去清剿畜养猫鬼之人。他将以往告发猫鬼之事的旧折子也翻了出来，交给了杨素，让他将畜养猫鬼之人，赶尽杀绝。杨素因为爱妻被猫鬼所害，心中已是恨极了畜养猫鬼之人。他一边在京城挨家挨户搜查，一边派出五千兵马将巫山给围了。留在京中的巫女，风声鹤唳，林清雅、林素、林柒雪、金不疑等，纷纷躲藏起来。杨素只是抓到了十几个畜养过猫鬼的人，将他们全部斩首。一时京城震动，巫女哀嚎。
杨素刚处决完京城养猫鬼之人，便赶到巫山准备对巫教总部发起攻击。他所抓获的畜养猫鬼之人都和巫教有关，他如今攻击巫教总部，可以说是名正言顺。五千兵马已经将巫山团团围住，切断了巫教总部与外界的联系。杨素一到巫山，便让手下快速缩小包围圈，等巫山之人发觉被官兵围困，已经无路可逃。他想要将巫教高层人员一网打尽。
江小贝慌忙跑到林常秀居住的山洞，向她汇报巫山已经被官兵包围之事。林常秀听后，马上向圣女禀告道：“圣女，不好了。我们被官兵包围了。”圣女道：“好好的，官兵为何突然包围我们？你知道其中的缘由吗？”林常秀道：“我们有十日没有收到外面的消息，我正感觉奇怪，想向你报告此事，没想到刚才收到更糟糕的消息。巫山已经被数千官兵包围。看样子是想彻底将我们剿灭。”圣女问道：“是何人带领手下包围巫山？”林常秀道：“是杨素。他为人心狠手辣，从来不顾及士兵的生死，只要不服从他的命令，就会被杀死。所以他带的兵个个勇猛无比，像野兽般只知道往前冲。”圣女道：“你可有办法突围？”林常秀道：“要想突围，除非教主用强大的武力，撕开一条通道。”圣女道：“这种生死存亡的关头，只能请教主出关，破解这个危局。”正在他们商议时，江小贝匆匆忙忙跑过来说道：“不好啦，杨素的兵马已经开始攻山了。”
巫圣破关而出，带着十六位长老，四位护法，对官兵发起猛攻，想要打开一个缺口冲出去。巫圣大发神威，使用天眼术，迷惑士兵，使他们的箭支纷纷射偏。杨素见状换上战场老兵，提着大砍刀直接劈砍过来，杨素要以力破巧。果然战场老兵携带的浓浓杀气，使天眼术失效了。双方近身搏杀，打得十分激烈。巫教长老可以以一挡十，但是敌人实在太多，源源不断向她们压来，他们便渐渐不支。还好已经打到了长江边上，巫教众人纷纷跳入长江中，像是鱼入大海，消失在滔滔的江水中。
巫教强者都逃跑了，后面的巫女就惨了，被密密麻麻的士兵围住，怎么冲杀都杀不开一个缺口。纷纷被当场砍杀，血液流入长江中，江水都被染红了。巫女们知道自己一旦被抓，绝对没有活路，都拼尽了全力想要杀出重围。杨素一看怒了，让所有弓箭手，向激战中心放箭，不管敌我全部射杀。有些战场老兵反应迅速，他们迅速趴在地上躲过了一劫。刘后娇身中十多箭，倒在了血泊中，死不瞑目。
杨素命令士兵打扫战场，将所有战死的人，不管是自己的士兵还是巫女，通通丢入长江中喂鱼。巫山总部总共千人，最后成功逃脱的只有三百人左右。杨素带着巫教大批财物以及八份档案回到了京城。杨坚看到巫教这八份档案后，让杨素按图索骥，将档案上的人全部抓起来，查明她们的罪状。
孙思邈接到太白山的紧急求援，杨雪寒被抓往了京城。孙思邈于是提前结束了这次云游，赶到京城，营救杨雪寒。杨素将抓获的五人关押在府中，她们分别是杨雪寒、张出尘、康彩荷、林柒雪、林清雅。林氏八女只抓到了二女，其他六女都躲起来了。最幸运的是苗竹米，圣女觉得她没什么价值，在档案丢失后并未重新书写，只重写了八份档案。这八份档案因为是圣女重新书写的，还没有归档，留在圣女的住处。所以巫教之人突围前，焚毁巫教档案时给遗漏了。
巫教逃脱的三百人，全部进入了蜀地，这里建有巫教另一个新总部。圣女到达新总部后，便召见金燕和林常秀。圣女质问道：“你们告诉我这到底是怎么回事？是谁下的命令用猫鬼去攻击独孤伽罗？”两人都保持沉默，没人开口。圣女怒道：“你们都不说实话是不是？我查出来非得将她丢入万蛇窟。”金燕道：“圣女是我下的令。”圣女骂道：“你真是老糊涂了，你知道你这次莽撞行为，对我们巫圣教造成多大损失。一下子死了七百多个姐妹。圣教好不容易积攒的财富，一下子全部被朝廷掠走了。杨坚正式下达诏令，对畜养猫鬼、蛊毒、压媚、野道之家，流放边塞。从此巫圣教再无出头之日，我巫小小将成为巫圣教最后一任圣女。”说完丢出一把匕首，匕首发出清脆的落地声，金燕一下子瘫软在地上。圣女和林常秀都走了出去。金燕缓缓拿起那把匕首，血溅五步，与世长辞。