话说某天晚上，有十几名蒙面黑衣人来到了京城，她们偷偷撬开一家家医馆的大门，将存放在里面的医书全部盗走。
孙思邈睡到半夜，听到妙应草堂的前堂有声响，他仔细一听，传来了几声猫的叫声。他没在意，正想接着睡。他一想不对呀，猫叫应该在妙应草堂外面叫，怎么好像在妙应草堂里面叫。孙思邈穿衣起来了，向前堂走去。他推开前堂和后堂隔着的那扇门，只见有三个蒙面黑衣人在前堂翻找着。三人见有人来了，二话不说丢出一包黄色粉末，飞快的逃走了。孙思邈见此诧异道：“巫教妖女。”他用衣袖将黄色粉末扇到一边，这种迷药他太熟悉了，是巫教常用之物。几个黑衣人一下子已经跑远。孙思邈马上查看前堂内的情况，见只是一本医书不见了，其它东西并没有缺少，也没有被她们动过手脚。他心想：“这些巫教妖女偷医书干嘛？”一时他也想不出什么合理的解释。
次日，孙思邈便听到有人说，昨夜京城几十家医馆都被偷了，丢失的都是医书。孙思邈一听这话更是疑惑，难道是巫小小为了破解服用圣莲子不能生育的事，要聚集所有医书，从中找到答案。
话说此时的巫山上，圣女集结了数百巫女，在整理着一卷卷医书，将那些重复的医书都整理到一块，然后综合起来抄成一本新的医书，拿这一本本新的医书，去教授新挑选出来的三百名巫女，让她们成为巫医。三年后，正式在全国各地开设巫医馆。
巫教在近一个月的时间里，光顾了上千家医馆，将里面的医书偷了，波及到全国一百多个城市。当地县衙也不好查，因为丢的是书，你说几本书不值钱吗，又挺值钱的。特别是在一些爱书之人眼里，那丢的那是书，那是他们的命根子，他们整天来衙门催，要求早日破案。正在县衙左右为难时，这些被偷的书，在一个月后莫名其妙的回来了，这件事就此不了了之。
这两个月可把这几百抄书的巫女给累坏了，她们日夜不停的抄，圣女要求她们一天抄五千字，两个月下来就是三十万字，可谓是累得够呛。最后偷回来的五千多卷医书，只整理出了三百二十一种书，一千多卷。她们的工作当然还没有完，这一千多卷还要每卷都抄成十份。
圣女看到最后成果，她是满意的，这才叫集百家之长，不过三百二十一种书，如何选择它们来学习，这也是一个难题。她最后选择了十本书，作为巫医必学。
话说此时其它家丢书的医馆，医书都回来了。孙思邈被偷的医书却一直没有还回来。孙思邈心想：“巫小小你搞什么鬼，别人的书你都是有借有还，我的书你怎么就偷了不还了？虽然是一本常见的医书，但自己在上面写了好些注解。”他不知道他写那么多注，把抄书的人害苦了，人家一卷是一万字左右，你非得整出三万字来。孙思邈的医书，巫小小是不打算还的，她就是要等孙思邈上山来取。
孙思邈终于在妙应草堂，等不下去了。他要上巫山，找巫小小拿回自己的医书。孙思邈可是一个非常爱惜自己书的人。书上写的每一个字都是他的心血。孙思邈就一个人去了，他并没有带别人。暗中他还是通知了师尊了尘真人。
十天后，孙思邈来到了巫山，递上了自己的拜山帖。圣女拿着灵儿递过来的拜山帖，只见上面只写着七个字：老友孙道一来访。灵儿道：“圣女，你当时说不将书还给他，他会上山来取，我还不信。没想到他今天还真来了。”圣女道：“这次偷到他的书虽然只有一本《小品方》，这书却是有十二卷之多。看这书上密密麻麻写满注，少说也跟了他十多年，他会舍得不要这本书吗？”灵儿道：“那他现在来了，该怎么办？”圣女道：“放他上来，他不是自称老友吗？老友来了，怎么能不让人家进门。”
孙思邈沿着上山的道路，来到了一个大山洞，当年他被绑成死猪一样，给扔在地上的那个山洞。孙思邈看见十六岁模样的圣女坐在榻上。孙思邈道：“巫小小，你能耐挺大的，我还是被你请上山了。”圣女道：“为了请你上山，真是不容易，我可是花了好大的劲。”孙思邈道：“我也不跟你废话，赶紧把书还我。”圣女道：“没想到为了一本书，你不远千里，孤身前来犯险。”孙思邈道：“这是你这个妖女不懂的。在你眼里，它只是一本书。在我眼里，它是我最好的一位朋友，它陪伴我十多年，我用它救活过成千上百的生命。它对我太重要了，成为我生命中不可分割的一部分。”圣女道：“你原来只看重死物，不看重活人。当初你的四名侍妾落到我手里，也没见你上山来要。你还有脸指责我没心。最先没心没肺的那个人是你。是你抛弃了她们，她们才会选择走上死路。”
孙思邈道：“她们人都被你杀了，现在来讨论这些有意义吗？”圣女道：“我也不跟你废话，你打算用什么东西来换走你这本书？”孙思邈道：“你还要我拿东西来换？我找你要赔偿差不多。”灵儿上前两步骂道：“臭道士，你狂什么狂，信不信我现在就杀了你。”孙思邈道：“不信。”灵儿怒道：“你…”她按捺不住就要拔剑。圣女道：“灵儿，你退下。你不想拿东西来换也行。你只要回答我一个问题。”孙思邈道：“你问吧！”圣女道：“你能够活多久？”孙思邈道：“当然是活到天年，活到一百四十四。”圣女道：“灵儿，将医书给他。”灵儿将书递给孙思邈。孙思邈接过书转身便走了。
灵儿在看不到孙思邈身影后，便问道：“圣女，你就这样放他走了？”圣女道：“不放他走，难道要和他拼个你死我活。黄大仙那个老怪物就跟在后面。”灵儿道：“他也没有回答你的问题啊！什么活到天年？那个人不想活到天年。”圣女道：“我说晚上要吃羊肉和乞丐说晚上要吃羊肉，能一样吗？”