大友赖昌的战死直接导致了佐世保城的陷落，而哲别在战前下达了攻进城内所有元军士兵可以劫掠三日而佐世保在元军看来就是九州最富裕的城池自然是要大肆掠夺一番才对，所以元军不管是什么兵种全部都涌进的城内进行财务的抢夺，很多日本百姓就遭受的无妄之灾，无数百姓被元军驱赶到港口后进行集体屠杀，到处搜罗年轻的女子以供他们自己生理需求的宣泄，由于大友赖昌提前转移了城内的年轻男女和孩子剩下的除了作战的士兵就剩下老弱病残了，这让哲别和手下的士兵非常恼火就以投降的佐世保所有男性作为怒火发泄的对象把城内连老鼠洞都给翻出来，所有男人全部集中到港口附近全部屠杀然后就近把尸体扔进大海，这下就让附近海湾里的生物找到了食物来源全部都游到佐世保港口觅食，所有女性（其实也没多少女人了）全部扒光衣服被固定在广场上供元军肆无忌惮的淫乐。
佐世保一战虽然日军被完全歼灭但是也导致元军的元气大伤，面对只有一万多人的日军结果元军损失了三万人才拿下，一下子使得原本兵力充足的哲别又再次陷入兵力捉襟见肘的境地，哲别面对这样的局面也没有办法只得让辎重兵积极救治伤员，把一些轻伤的士兵尽早回到战斗序列，然后给手下的士兵半个月的休整时间好好休息，因为他知道的下一站就是九州岛最后的日军据点鹿儿岛，面对准备充足的鹿儿岛少不了又是一场大战。
转过来说道十几天前尉迟肖他们提前抵达鹿儿岛后受到了大友赖泰的亲自迎接，尉迟肖把大友赖昌的信件转交给大友赖泰，大友赖泰接过信仔细阅读后也不言语回到帅位上取出一个虎头兵符转手交给尉迟肖并且解释说这个兵符就是南九州战区的兵符现在奉了哥哥大友赖昌的命令转交给尉迟肖。
尉迟肖被大友赖泰的举动给弄糊涂了，大友赖泰看出来尉迟肖可能不知道他哥哥是如何安排的便向尉迟肖解释说，大友赖昌信中说尉迟将军指挥军队作战能力远在大友赖昌兄弟之上所以如果尉迟肖愿意最好直接把军队的指挥权交给尉迟肖否则就以大友赖泰的能力根本就不是哲别的对手，所以为了鹿儿岛数万百姓着想大友赖泰还是直接把军权的兵符直接交给尉迟肖并且当即表示愿意他对哥哥大友赖昌的命令将会无条件服从。
尉迟肖明白了但是他从日本国的百姓来说毕竟只是一个外国人年纪资历都尚浅，直接让他指挥这几万人作战说实话他自己心里都没底。不过大友赖泰还是很笃定的告诉他，这都是他哥哥的建议所以他表示愿意听从哥哥的命令接受这一切如果尉迟肖觉得有什么不妥那么尉迟肖对他下达命令大友赖泰来执行，在大友赖泰几次三番要把兵符交给尉迟肖的情况下最后尉迟肖也只得勉为其难的接受了。
尉迟肖结果兵权后知道哲别给他的时间并不多也就不再故作推辞而是直接下令让鹿儿岛所有百人队的长官全部到城守府开会，尉迟肖要亲自布置鹿儿岛防御。然后让人取来鹿儿岛地图，一个人就趴在桌子上不再言语而是仔细观察地图上的每一个角落。大友赖泰看到尉迟肖认真的看着地图也明白尉迟肖在思考如何做好鹿儿岛的防御工作，便给部下吩咐让他们去找来所有的百人队长到城守府开会。
尉迟肖看了地图很长一段时间后对大友赖泰问道：“将军，鹿儿岛有多少军队可以调动”？
大友赖泰说道：“回禀将军，鹿儿岛有正规军一万两千人，地方团练有八千人，总体加在一起有两万人”。
尉迟肖道：“这团练是怎么回事？战力能和你说的正规军相等吗”？
大友赖泰道：“这团练就是一些富人家的私人武装，打群架不成为题但是抡刀上战场作战，我们就不知道了”。
尉迟肖道：“你能不能在三天时间内再招募三千团练”？
大友赖泰道：“目前鹿儿岛有人口十万左右，召集几千人进入团练应该不是问题，我可以试试看”。
尉迟肖道：“将军你还是尽量把南九州周边县城的百姓，全部迁徙到鹿儿岛上去，我们这个鹿儿岛县也要全部迁徙到主岛上去，在陆地上我们的士兵三四个也不一定打得过一个蒙古人，我们只有收缩兵力固守鹿儿岛，只要守住东面唯一的陆地出入口我们就能把这股敌人全部拖在南九州动弹不得，从战略上来说我们只要拖住这支精锐的蒙古人为北九州的主力争取减轻他们的压力我们的目的就达到了”。
大友赖泰说道：“那我们就放弃了所有外围的城市吗”？
尉迟肖道：“实话告诉你，在这支元军攻打佐世保的时候在有田町的时候被我和你哥哥伏击过一次，就在他们只有三万人而且还是毫无准备的时候被五千日军伏击最后还是让一半的人顺利撤退剩下的人虽然被全歼还是导致你哥哥的手下有三千阵亡，所以如果按照我的意思就是坚壁清野把周边县城的百姓全部迁徙到鹿儿岛的主岛上，用所有的渔船或者水师战船封锁水面只保留东面唯一的出入口，逼迫元军主力在这个狭小地带和我们采取添油战术，这么一来就能有效的把元军的兵力优势给化解掉”。
大友赖泰表示信服，在等待一段时间后鹿儿岛周边的军队百人长和以上的军官全部抵达城守府，大友赖泰做了介绍后表示根据他哥哥大友赖昌的建议把鹿儿岛所有日军的指挥权交给了尉迟肖，尉迟肖拿着兵符后下达第一道命令就是：尽最大的努力集结周边所有县城百姓到鹿儿岛来，还有就是把少男少女和鹿儿岛的财富转移到南九州南部的种子岛然后派遣南九州水师给予保护，元军的水师力量全部都在北九州为萨都刺的主力运输粮草和兵源所以哲别的这支军队完全可以忽略他们的水师力量只要我们在陆地上打败他们就可以了，所以要诸位做的就是集结所有能打仗的士兵全部到鹿儿岛上集结。其次就是把所有百姓和粮食全部都转移过来不给元军留下一粒粮食和一个人”。
在座的日本军官相视后觉得有点不可思议，一位基本比较高的人军官问道：“我们有如此大的纵深为什么不好好利用，而是直接撤退到鹿儿岛如果我们战败那么就没有退路了？”
尉迟肖道：“我来告诉你们原因，首先：不是我看扁你们，咱们的士兵单对单都不是元军的对手，其次：元军数量大约有七万人左右咱们的兵力对比也处在下风，如果你们这么点士兵还分散驻守那么就给了元军逐个击破的机会，最后：就是你们分散各地驻守就要为你们留下必要的粮草那么就加大和分散了我们的物资补给的兵力而我们把兵力和粮草集中到鹿儿岛一方面不存在补给的隐患一方面元军搜集不到粮草就需要从后方运输粮草这么一来他们的补给线必然加长到时候就会非常脆弱，我们在敌后建立游击队骚扰敌方的补给线，不敢说一定能战胜元军也会给他们造成巨大的困难，只要我们守住鹿儿岛半年甚至一年就能完全拖垮元军的后勤，到时候我们不战自胜了，最后就是需要各位精诚团结陆军严密封锁鹿儿岛东面进出的成山要塞，我要求你们把这座要塞加高加固部署必要的防御武器，你们所有水师都留下战船封锁鹿儿岛沿岸的水面，元军没有水师你们做起来应该比较容易但是记住一点千万不可大意给元军留下可乘之机”。
手下的军官们听完尉迟肖的解释后再也没有反驳的理由，在尉迟肖的军令下带着自己的手下分散到南九州各地把当地的百姓和粮草全部集中到鹿儿岛周边，把不能参战的女人和老弱全部用船只运输到种子岛，经过半个月的在鹿儿岛上留下三万多清一色全部都是战士，而这个时候元军才攻克佐世保没有多久。
就在尉迟肖为防御部署忙的焦头烂额的时候门外来人通报有人要找他，尉迟肖便召见来人，只见两个佐世保城的士兵架着一个受伤的人来到他的面前，尉迟肖走的时候并不知道本多忠胜这个人所以并不认识，本多忠胜喘着粗气从怀里取出一封信交给尉迟肖，尉迟肖从信中知道大友赖昌的佐世保城应该已经陷落了，而且告诉尉迟肖这个叫本多忠胜的年轻人是他的衣钵传人请他好好照顾，还有就是把鹿儿岛和南九州的日本百姓全部托付给尉迟肖。
尉迟肖看完信后打量这个受伤的年轻人，让本多忠胜坐在椅子上给他检查伤势，经过一番检查后得出的结论就是本多忠胜的肋骨被踢断了，而肝部受到撞击需要敷药静养，断裂的肋骨只能从外面固定不要移位，好在这些伤势处理尉迟肖在学堂里都有见识过虽然没有医治过病人不过谁没有第一次呢？
尉迟肖给本多忠胜处理后让士兵把他抬下去并且嘱咐看护人员这段时间只能睡板床而且还不能翻身还要这段时间内饮食清淡多餐少食等到一个月以后再做查看。尉迟肖处理完本多忠胜的伤势后就找来大友赖泰告诉他佐世保已经陷落了，大友赖昌和佐世保的百姓以元军的残忍可能已经凶多吉少了，大友赖泰得到消息后悲痛欲绝哭嚎了好久后内心的伤痛逐渐平息，清醒后的大友赖泰向尉迟肖拜倒，请求尉迟肖一定要带领南九州的军民为佐世保和九州的百姓报仇，尉迟肖虽然也不知道自己能不能带领这些日本人战胜强大的蒙古人只能把眼前的大友赖泰应付过去再说。
很快佐世保陷落和佐世保城内百姓被元军屠尽的消息就传到南九州，本来还有很多固执的南九州百姓不想离家到种子岛去，结果听到元军把佐世保城内的百姓全部杀死后直接扔到海里去，一下子连思想工作都不需要做了全部都拖家带口的连夜就逃离家园向南九州的最南端撤离。
尉迟肖的迁徙工作给日本人执行的非常彻底，日本人离开家园的时候连自己的房子都一把火烧了，就是为了不给元军留下居住的房间，所有的水井都用石头填死，庄稼没有成熟的也都全部砍倒，宗旨就是不会留给元军一粒粮食，一根木棍。又经过半个月的全体总动员终于在元军抵达之前把所有的居民全部都转移到鹿儿岛和种子岛。所有粮食都集中到种子岛的西之表县储存起来，每隔一段时间运输一点粮草去鹿儿岛支援南九州的战事。
尉迟肖做完这一切准备工作后还仔细查看了成山要塞，还在成山要塞外面挖了一条护城河直接连接鹿儿岛湾，元军想要填平成山要塞护城河可不是一件容易的事，然后在两侧的海湾里布置战船，并且在战船上安装铸铁火炮以备战时能从水面近距离支援成山要塞，尉迟肖做好这一切后就开始派遣哨探在南九州地界查探元军动向，为元军的到来做好充足的准备。