叶瑾那日关于雷电的“惊雷一问”以及叶明深入浅出的解释，如同一块投入深潭的石头，在宋应文和林文博心中激起了久久不散的涟漪。
两人编纂《自然格致》启蒙的热情愈发高涨，思路也愈发清晰，力求在“启发思考”与“避免僭越”之间找到精妙的平衡。
然而，树欲静而风不止。就在《自然格致》初具雏形，蒙学堂第二批学子逐渐适应了新式教学之际，一场针对格物院，尤其是针对其“离经叛道”学说的风浪，终于酝酿成型，并以一种看似无可辩驳的方式，汹涌而来。
这一日并非大朝会，但皇帝却在偏殿召见了包括叶明在内的几位相关官员，以及钦天监监正、几位以学问渊博着称的翰林学士。气氛显得有些凝重。
召见的起因，是一份由十七名在野士林颇有名望的老儒联名上奏的《辟异端正学风疏》。
这份奏疏并未直接弹劾叶明，而是以忧国忧民的口吻，痛陈当下学风浮躁，有“妄人”借“格物”之名，行“悖逆”之实，列举数条“罪状”：
其一，妄改数符，摒弃祖宗成法，致使算学根基动摇。
其二，鼓吹匠作之术，混淆士农工商之序，诱使学子舍本逐末。
其三，也是最为严重的一条，即“妄测天机，亵渎天道”。奏疏中特别指出，格物院有人公然宣扬“雷电乃云气相撞所致，光速声缓乃自然之理”。”
“此等言论，完全无视《洪范》五行、《易经》八卦之奥义，更将“雷霆雨露，莫非天恩”之圣训置于何地？实乃“动摇国本，惑乱民心”之首恶！
这份奏疏引经据典，文采斐然，将学术问题直接提升到了“天道”、“国本”的政治高度，杀伤力远超之前的流言蜚语和商业窃密。
而那“雷电”之说，显然是有心人通过某种渠道，探听到了格物院内部讨论的风声，并加以歪曲和放大。
钦天监监正，一位须发皆白、神色肃穆的老者，率先发言，他声音低沉却带着不容置疑的权威：“陛下，天象示警，人事攸关。雷电乃阴阳激荡，上天垂象，或示警惩，或彰天威。”
“若如市井所言，将其归于云气摩擦等粗浅物理，则置天道于何地？臣观近日星象紊乱，恐非吉兆，或与此等妄言滋生有关。”
他将自然现象与星象、人事祸福直接挂钩，这是当时主流的天人感应观。
几位翰林学士也纷纷附和，引述《礼记》、《春秋》等经典中关于敬畏天地的论述，强调“君子不语怪力乱神”并非不敬鬼神，而是保持敬畏，岂可如格物院般妄加揣测？
压力瞬间集中到了叶明身上。所有人的目光都投向了他，有担忧，有审视，更有毫不掩饰的敌意。
李云轩端坐其上，面色平静，看不出喜怒，只是淡淡道：“叶爱卿，诸卿所言，你有何看法？”
叶明深吸一口气，出列躬身，神色坦然，并未急于辩解奏疏内容，而是首先明确了前提：“陛下，臣与格物院同僚，从未敢有丝毫亵渎天地、不敬鬼神之心。天地造化，奥妙无穷，臣等唯有敬畏。”
他先站稳了“敬畏”的立场，堵住对方扣来的最大帽子，然后才道：“然，圣人亦云‘格物致知’。臣等所为，不过是效仿古之先贤，观察天地万物之现象，试图理解其运行之常理，以期能更好地顺应天时，利用厚生，并无冒犯之意。”
他看向钦天监监正，语气恭敬但坚定：“监正大人精通天文，可知日月食之发生，何时开始，何时结束，皆可提前推算，分毫不差？此乃古人格物之成果，掌握了日月运行之常理所致。敢问监正，推算出日月食，可是亵渎了日神月神？”
监正一愣，张了张嘴，一时语塞。日月食预报是钦天监的本职和权威所在，他无法否认这是基于对天体运行规律的掌握。
叶明继续道：“同理，臣等观察雷电，先见光后闻声，此乃无数人亲见之事实。思索其缘由，提出光速迅于声速之猜想，亦是格物求索之过程。”
“此猜想是否成立，尚需更多验证，但观察事实、提出疑问，本身应无罪过。若因畏惧而不敢观察，不敢发问，则‘格物致知’从何谈起？《诗经》三百篇，亦有大量草木鸟兽之名，古人观察之细致，今人岂能不如？”
他巧妙地将对方的攻击，拉回到了“观察事实”和“格物过程”的层面，并引用古人观察自然的现象为自己正名，避开了直接与“天道”硬碰硬。
一位翰林学士忍不住斥道：“强词夺理！日月食可推算，乃圣人演易之妙，岂是寻常云气摩擦可比？尔等妄言，已引得士林哗然，学子不安！”
叶明转向他，平静地问道：“敢问学士，若有一蒙童问您，为何先见闪电后闻雷声，您当如何回答？是告之以‘雷公电母’之神话，还是引导其观察事实，思考缘由？格物院蒙学堂，所面对者，正是这般充满好奇的蒙童。臣以为，教导他们观察、思考，明辨事实，正是为了使其将来能更深刻地理解圣贤之道，而非背离。”
他再次将问题引向了教育方法和启蒙必要性，将自己置于“教导蒙童”的合情合理的位置上。
偏殿内一时陷入了短暂的寂静。叶明的回应，有理有据，有节有度，既表达了对传统的尊重，又扞卫了格物院观察、探究的正当性，尤其抓住了“教导蒙童”这一难以反驳的点。
皇帝李云轩深邃的目光扫过众人，最终落在叶明身上，缓缓开口道：“叶爱卿所言，不无道理。格物致知，确是圣人之训。教导蒙童，启发其智，亦是好事。然，涉及天地造化，确需慎之又慎，不可妄下断语，亦不可引起不必要的纷扰。”
他这话，看似各打五十大板，实则蕴含深意。他肯定了格物院“格物”和“启蒙”的正当性，但也要求其“谨慎”，这既是对叶明的保护，也是给保守派一个台阶下。
“钦天监所司，乃观测天象，上体天心；格物院所研，乃格物穷理，下利民生。二者本可并行不悖。”
李云轩最终定调，“日后格物院涉及天文地理之论，需与钦天监多加探讨，务求稳妥。至于士林议论……清者自清，不必过于萦怀。”
皇帝的金口玉言，为这场突如其来的风波暂时画上了句号。