在看似宁静祥和的岁月中，地球的天空被一道突如其来的光芒划破，一艘不明飞行物（UFo）毫无预兆地降临。这一异常情况迅速引起了地球防卫组织的警觉，胜利队在第一时间获取了相关信息，以最快的速度奔赴事发地点。
当胜利队抵达时，现场的景象让众人倒吸一口凉气。在这片土地上，一种名为齐杰拉的神秘花朵肆意生长。林枫看到这种花的瞬间，往昔的记忆如潮水般涌来，他瞬间想起了 3000 万年前那惨痛的历史，人类文明正是毁灭于这种诡异的花朵。
在与胜利队准备返回基地的时候，林枫突然发现了一个小女孩，她的名字叫可儿。她的眼神中充满了迷茫和恐惧，林枫心生怜悯，决定把她一起带回基地。同时，为了进一步研究，林枫也带回了一些齐杰拉样本。
然而，让人意想不到的是，小女孩可儿突然开口说道：“人们只要闻到齐杰拉的花粉，就会陷入无限的快乐之中，不仅能防止脑细胞的死亡，而且人类的身体器官也能找到替代品，所以那个时候的人类实现了永生，成为了改造人。”就在她话音刚落的瞬间，花粉在基地内部不受控制地散开，幸运的是，只有林枫凭借着某种特殊的原因幸免于难。
与此同时，小女孩的父亲张超现身了。他面色凝重地说道：“我们也是齐杰拉花粉的改造人。这次我们来到地球，就是为了提取齐杰拉精华液。而且，我要告诉你们，人类就快灭亡了。”林枫听到此消息，内心无比震惊，他立刻向张超打听起人类灭亡的具体原因。
张超长叹一口气，缓缓说道：“最终毁灭人类的，只有人类自己。现在的人类和 3000 万年前的人类，没有丝毫的改变，依旧沉沦在齐杰拉的花粉制造的美好梦境之中，选择逃避现实。3000 万年前，光之巨人因为人类不再需要他的保护，失望地离开了地球。当最终的黑暗邪神降临时，齐杰拉和人类都一起被无情地毁灭了。”
在这 3000 万年之前的惨痛教训面前，林枫瞬间有了主意，他目光坚定地说道：“我要拔掉齐杰拉的根，绝不能让悲剧再次重演！”张超却苦笑着摇摇头说：“曾经也有无数的可怜虫尝试过，他们都失败了。人类的欲望比齐杰拉的根还深，你成功的可能性微乎其微。”说完这番话，张超带着女儿回到了自己的飞船。
几乎在同一时刻，地面上突然出现了一个巨大的齐杰拉花苞。随着天色逐渐蒙蒙亮起，齐杰拉花苞暂停了花粉的散播。那些之前沉醉在花粉快乐中的人们，暂时恢复了短暂的清醒。但清醒后的他们，却因为无法再享受那种虚幻的快乐，而变得无比痛苦。
此时的林枫，也陷入了深深的沉思之中。在胜利队的基地内部，队员们之间弥漫着一种消极的气氛。甚至有人说道：“齐杰拉是上天赐给我们的礼物，人都快要死了，当然应该选择齐杰拉，哪怕这快乐只是暂时的。”林枫听到这样的言论，愤怒地大声喊道：“你们什么时候开始变得如此退缩了？难道人类就这么的软弱无能吗？我们不能被这种虚幻的快乐所迷惑，而放弃对真正未来的追求！”
此时，总监李科发话了：“如果我们攻击齐杰拉，那么全世界都会与我们胜利队为敌。我们将要面对的，可能是无法想象的压力和困难。”
尽管面临着重重困难和反对的声音，林枫依然决定独自一个人去寻找齐杰拉的根，试图从根源上解决这个威胁。此时，全世界都陷入了疯狂之中，人们到处抢夺齐杰拉的花，为了那短暂的快乐而不顾一切。
林枫来到海边，望着波涛汹涌的大海，突然想起了幽怜曾经说过的一段话：“奥特曼是不会去干涉人类的选择的，那是因为他们是光，而你不一样，你既是光，又是人类。”此刻，林枫的内心五味杂陈。他深知自己肩负的责任重大，也明白这一决定可能带来的后果。但经过一番激烈的思想斗争，他最终还是坚定了决心，为了人类的未来，他必须挺身而出。
林枫毅然变身成为迪迦奥特曼，向着齐杰拉的花苞发起了猛烈的攻击。然而，瞬间他就被齐杰拉的强大藤蔓紧紧缠住。林枫拼尽全力想要拔掉齐杰拉的根，但在与齐杰拉的战斗中，他瞬间落入了下风。那些坚韧的藤蔓不仅将他死死缠住，还释放出强大的电流，让迪迦奥特曼痛苦不堪。
在观战的人群中，孩子们看到为了全人类而苦战的迪迦奥特曼，他们纯真的心灵被深深触动，突然唤起了自己内心深处的良知。他们拉着大人的手，劝说着：“把齐杰拉花烧了吧，我们不能让迪迦奥特曼一个人战斗，不能再被这虚假的快乐所迷惑了。”
就在这时，胜利队也赶到了现场。他们原本的任务是保护齐杰拉，但当看到迪迦奥特曼如此艰难地战斗，队员们陷入了犹豫不决之中。关键时刻，队员杨雪站了出来，她大声鼓舞着大家：“我们不能再犹豫了，我们的使命是保护人类的真正未来，而不是这种虚幻的快乐！让我们一起帮助迪迦奥特曼！”在她的激励下，胜利队队员们终于下定决心，投入到帮助迪迦奥特曼脱困的行动中。
在众人的齐心协力下，迪迦奥特曼终于挣脱了齐杰拉藤蔓的束缚。他积聚起全身的力量，发射出强大的光线，一举消灭了齐杰拉的花苞。然而，狡猾的齐杰拉的根却悄悄溜走了。迪迦奥特曼瞬间洞察到这一情况，迅速抓住了齐杰拉的根。最后，他使用奥特高热爆破，将齐杰拉的根从本体一起彻底销毁。
而在此期间，那些依靠齐杰拉精华液生存的改造人，也因为齐杰拉的毁灭而瞬间消散。迪迦奥特曼看着这一切，心中难免有些愧疚。他对张超父女表达了歉意：“对不起，我并不想把你们也一起害死。”
张超却微笑着回答道：“没关系迪迦，我托你的福，知道了什么才是真正意义上的生命。努力地活完美好的一生，把成果留给后代来继承，人类就是在这样一代又一代的繁衍中，把人类社会延续了下去。人类就是这样，慢慢的成长起来的，真的很了不起。”说完，父女两个向迪迦奥特曼挥手，告别消失在了黄昏的天空之中。
随着齐杰拉被彻底消灭，地球逐渐恢复了往日的平静。人们开始反思自己的行为，重新审视生命的真正意义。林枫也在这场战斗中，更加深刻地理解了自己作为迪迦奥特曼的使命和责任。他知道，未来的道路或许还会充满挑战，但只要人类坚守信念，勇敢面对，就一定能够创造出美好的未来。