雨轩一行人在旅途中意外得知了一个名为“大傻谷”的地方，那里据说埋藏着古代宝可梦的化石宝藏。怀着对未知世界的好奇和探险的热情，雨轩，小智、小霞、小刚以及他们的宝可梦们踏上了前往大傻谷的旅程。
“超古代宝可梦的化石哎，好酷啊！”小智此时满心都是对未知的期待。
“还有菊石兽，化石盔这种水属性宝可梦的化石呢，要是能见到活的就好了！”小霞对于任何水系宝可梦都没有什么抵抗力，一脸向往的样子！
“这里据说是发现了大量的远古宝可梦的化石，前面不远的山谷，就是挖掘化石的地方。”小刚平时没事儿的时候，也会到月见山挖掘化石和进化石，借此来贴补家用，此刻竟然有种亲切感。
“古代宝可梦的化石，老头子和大吾应该会喜欢吧，”雨轩此时想起了这个世界的亲人，两个重度石头爱好者，兹伏奇社长和大吾，嘴角不经意间露出一抹微笑。！“我们也去看看吧！运气好，挖掘到化石也说不定呢！”
“同意……”“好期待啊……”“我没问题……”对于雨轩的提议，大家全票通过，并对此表现的很是期待。
“呦，是小智啊！我和你说，你可是来晚了，我已经挖掘到珍贵的化石了呢……”当他们到达大傻谷时，这里聚集了大量挖掘化石的人，竟然遇到了小智的劲敌小茂。小茂兴奋地告诉他们，自己在这片土地上发现了一些珍贵的化石，并且正在努力挖掘。
“小茂你别得意，我一定很快就会挖掘到化石的！绝对不会输给你的……小智被这突如其来的消息所吸引，决定加入挖掘工作，希望能够揭开更多关于古代宝可梦的秘密，总之不管怎样，不能输给小茂那个家伙。
然而，就在众人都在专注于挖掘的时候，一股不祥的气息笼罩了整个山谷。原来，火箭队的三人组——武藏、小次郎和喵喵，为了获取这些珍贵的化石，竟然在山谷中安装了炸弹。众人并未察觉到了危险，即便是发现，现在也已经来不及撤离，炸弹即将引爆，整个山谷都将陷入毁灭的边缘。“你们就傻傻的挖吧！挖的哪里有用炸药来的快，古代宝可梦的化石，快到碗里来！”
在关键时刻，小智发现了火箭队的阴谋，想出了一个大胆的计划。“火箭队，不会让你们得逞的！杰尼龟，就决定是你了！快点浇灭导火线的火！”小智想利用自己的宝可梦，成功地切断炸弹的导火索,火箭队三人组可不能坐视不理，派出宝可梦阻拦小智，可不能让小智破坏了他们的发财大计!
“阿柏怪，阻止他！”
“双弹瓦斯，保护导火索……”
但不幸的是，他没能阻止炸弹的爆炸，炸弹将山谷炸出了一条深深的裂缝，小智不慎坠入了这个山谷的深处，进入了一个未知的地下洞窟。
“小智……”“皮卡丘……”等众人被爆炸声吸引来的时候，亲眼目睹了小智落入裂缝，可是到了跟前才发现，裂缝已经被滚落的石头封住了。
“别担心，我用超能力瞬移进去，把小智救出来！”在众人不知所措时，雨轩直接一个瞬移消失在原地。
在这个神秘的地下世界里，小智不知众人的担心，在探索这个洞窟时，遇到了化石盔、菊石兽等化石宝可梦。这些生物有些虽然已经失去了生命的活力，但也有陷入沉睡的，它们的存在却见证了一个遥远时代的辉煌。
远古时期，一种生物以其威严的存在震慑着整个时代，那就是化石翼龙。它的体型庞大得令人窒息，翅膀展开时遮天蔽日，仿佛是一座移动的山峰。那强壮的身躯，每一块肌肉都蕴含着毁灭性的力量，仿佛随时都能爆发出摧毁一切的能量。
化石翼龙的头部更是威严无比，那双炯炯有神的眼睛闪烁着冰冷而锐利的光芒，仿佛能洞察一切虚妄。它的嘴巴微张，露出锋利的牙齿，仿佛在警告着任何敢于接近的敌人。那张狰狞的面孔，让人一看就心生畏惧。 而它的背部则覆盖着坚硬的鳞片，每一片都像是天然的盾牌，既能抵挡敌人的攻击，又能在必要时作为武器使用。那强壮的双腿和锋利的爪子更是让人不寒而栗，仿佛只要被它一抓就能将敌人撕成碎片。
而这只沉睡的远古霸主，却因刚才的爆炸声，渐渐从沉睡中苏醒，猩红的眼眸，让小智和火箭队三人组不寒而栗，“吼……”伴随着这位远古霸主的怒吼，漆黑的洞窟里，一双双猩红的眸子出现，一股恐怖的气息将众人围绕。
“火恐龙，快对付这些家伙吧！”为了对抗恐惧，小智派出了火恐龙，可是火恐龙根本不听小智的命令，径直走向一处石台，开始躺下休息起来，除了尾巴上的火焰，给洞窟里提供了一丝光明以外，屁用没有！在众人陷入无助与恐慌时，雨轩出现了！
“嘿，没想到还有意外收获呢！你们不要紧吧！自己找个地方躲好，我没办法分心照顾你们，看来这些家伙可是不太欢迎我们呢！”看着逐渐将众人包围起来的身影，雨轩不禁无奈苦笑。“大家都出来吧！”
“大家随意攻击！以保护众人为第一原则！开始吧！”雨轩直接扔出精灵球，将宝可梦们放出！
巨沼怪也不挑剔，只要挡在眼前，上去就是一顿乱拳暴打！大针蜂磨枪霍霍的向镰刀盔走去，这是刀与枪的碰撞。太阳伊布额间的宝石亮起光芒，用念力将菊石兽困在原地，无法再向前一步。沙漠蜻蜓对上了远古的天空霸主，展开了一场空中对决，黑暗鸦则是在一旁伺机而动，为沙漠蜻蜓进行辅助。小火龙时不时的喷出一口火焰，欺负欺负被束缚的菊石兽，活脱脱一副仗势欺人的模样，完全没有什么压力。
雨轩则是趁机用念力扫描了一下整个洞窟，发现除了一些化石；还有意外惊喜，一颗宝可梦的蛋，以及一块mega原石，就在化石翼龙刚才沉睡的地方。雨轩不动声色的这些统统收进小世界里，然后开始收获胜利的果实，扔球……
天予弗取，反受其咎。这样的事情雨轩可不干，虽然这些古代化石宝可梦是在大傻谷发现的，可是谁让被雨轩碰上了呢？那就是雨轩的！随身小世界了解一下，那里更适合生活。
将洞窟搜刮一空后，雨轩让沙漠蜻蜓将洞窟上方打出了一个通道，带着众人一起回到了地面。值得一提的是雨轩的小火龙在这一次的战斗后，竟然进化了，不过那远超同类的体型，让人更愿意认为，那是一只喷火龙。小智的火恐龙眼中战意升腾，却不料被雨轩的火恐龙无情镇压，一顿老拳下，消停了不少，不过眼中的对力量的渴望却未曾消退。
一场闹剧后，告别小茂和其他村民，雨轩和小智一行人继续他们的旅程。而那颗在挖掘现场偶然发现的蛋，则成为了他们新的冒险的起点，它的孵化将开启一段新的冒险。雨轩知道，无论前方的道路多么艰难，他都会带着伙伴们一起前行，去探索那些未知的世界，去守护那些值得守护的生命……