帝丹小学，柯南和灰原哀以及帝丹三傻坐在图书馆里看书，这时柯南打了个哈欠，所有人都看向他。
光彦看向柯南“柯南，这样不好啦。”
步美“在这个地方要保持安静啦。”
柯南“抱，抱歉。”
灰原哀“况且你怎么边看边打哈欠呢？看到你这个样子，你最爱的柯南道尔恐怕会躲到墙角去哭喔。”
“我也没办法啊，这里所有的推理小说在我和小羽毛念小学的时候就一本不漏全看过了啊，现在叫我再看实在是……”
这时一个男人的声音出现在柯南的脑海里“真的是这样吗？这个世界比你想象的深奥，很多事无法解释。”
柯南：刚才那是什么声音？我记得好像是很久以前……对了，是那个时候的……
灰原哀“怎么了？瞧你这幅表情。”
“没有，没什么。”
小林老师“小岛同学，你在干什么啊？怎么可以踩在书上呢？”
“可是我不这样的话就拿不到上面的书……”元太一个不注意摔在地上。
“好疼……”
小林老师“真是的，就跟你说很危险啦。”
步美“你没事吧元太？”
小林老师“你想看哪一本书老师帮你拿就好了啊。”
元太“我想想看喔……”
“不过我们先把书放回去再……”小林老师发现书无法放进书架里。
“真是的，里头好像有什么东西塞住了，是什么呢……”
元太“会不会是蛇或蜥蜴的尸体呢？”
光彦“最近确实蛮常听说有这种事。”
小林老师摸到书架里的东西后不小心当成是蛇或者是蜥蜴“啊！！！”
小林老师看着摸出来的小袋子松了口气“真是的，不要吓我好不好？害我以为真的是蛇什么的。”
柯南：总比小羽毛好，有一次全家外出露营的时候他不小心被蛇咬了，结果他竟然反手咬了蛇……
灰原哀“这看起来好像是钱包。”
光彦“是啊，不过不是蛇皮而是牛皮做的，但是到底是谁，为什么要放在这种地方？”
元太“打开来看一看啦，搞不好这个里面有钱喔。”
步美“真是的。”
光彦打开钱包后发现了一张纸条“里面好像就只有一张纸而已。”
元太“什么嘛。”
“嗯？上面好像有写什么喔。”
步美“写什么写什么？”
柯南“谢谢你，一年A班毛利兰。”
“你怎么知道啊？”
元太“真的是吗？”
光彦“我看看……内容的确是柯南说的那样没有错。”
柯南“当然不会错啊，因为那是我跟小兰一起……不，不是啦，就是我有听小兰姐姐提过说很久以前有这么一回事而已啦。”
步美“是什么事啊？”
“她说她碰到了非常怪异，非常难以理解，不可思议的事，那是刚好发生在十一年前的事……”
十一年前，1985年夜晚，毛利兰跟在工藤新一后面“新一，我看还是算了啦，都已经这么晚了。”
“所以我叫你回去嘛，要是被发现偷溜出来你一定会被骂惨的，我自己一个人去把那玩意儿的真面目揪出来不就好了。”
“可是要是让你一个人去，我才不想你被什么鬼吃掉呢。”
“傻瓜，这世上哪有什么鬼那种东西啊？”
“可是，是园子听人家说的，满月的晚上它会在美术室出现，就是那个发出让人毛骨悚然的声音，带着一顶帽子的鬼。”
“哼，今天就是满月的日子，蛮有意思的嘛。”
“新，新一？”
一段时间后工藤新一和毛利兰来到帝丹小学“结果你还是来了啊？”
“可是……”
一段时间后“我看是没办法了啦，到处都锁着。”
“怎么会没办法？”工藤新一把水桶当作垫脚物后打开窗户。
“这里为什么打得开呢？”
“今天回家前我就把这里打开了，那位警卫叔叔巡逻都很随意，好了，我们到图书馆去看吧。”
“等我一下啦。”在工藤新一和毛利兰深入教学楼的同时，一个男人出现跟着他们。
工藤新一和毛利兰跑着跑着发现图书馆里有人影出现后躲起来“小兰，图书馆里好像有人。”
“是，是鬼吗？”两人看见喝醉的警卫拿着手电筒摇摇晃晃的走出来。
“什么啊，原来是警卫大叔。”
“吓死我了。”
“看他那个样子今天又喝酒了，好，既然他刚巡过这里应该暂时不会回来。”等警卫走远后工藤新一和毛利兰悄悄溜进图书馆。
工藤新一环视图书馆“你看吧，哪有什么妖魔鬼怪。”
“可，可是我怎么听到有奇怪的声音……”毛利兰突然被吓的瑟瑟发抖。
“那个鬼戴着帽子，从窗外看着我们这边，新一……”毛利兰躲在工藤新一身后。
“傻瓜，你看清楚一点，那是窗帘挂钩松掉让你产生的错觉而已，为什么会说在满月出现呢？那是因为月光特别明亮的夜晚，影子也会显得特别明显。”
“至于这个很像笑声的声音呢，只是风从窗户缝隙吹进来的声音，什么鬼啊鬼的故事解释开来顶多就是这样。”
毛利兰“说，说的也是。”
“好了，这里根本什么都没有。”工藤新一转身离开。
毛利兰正要跟上去前一个男人出现“你确定吗？”
“新一！”毛利兰躲在工藤新一身后。
男人坐在书架上面看着工藤新一和毛利兰“你不觉得你是看了故事刚开始的序幕，就自以为整本书在讲什么吗？这个世界比你想象的要深奥，很多事无法解释。”
工藤新一护着毛利兰“你是谁？你是什么人？”
“你说我吗？我是你的兄弟啊。”
“什么？”
“不，应该谁是你弟弟才对，虽然我们两个年纪差多了一点。”
“我，我弟弟？哼，你在胡说什么啊？小兰，快点去叫警卫大叔过来。”
“嗯。”毛利兰试着打开门，结果发现打不开。
“门打不开耶。”
“什么？”
男人“没用的，那扇门已经被我的咒语给控制了，它现在只听我一个人的话。”
工藤新一“你说什么？”
男人拿出一个钱包“我可不是来找你吵架的，我只是来向你挑战的而已啊，看看你是不是有办法找到放在这里头的宝藏。”
“宝，宝藏？”
“要是找到了就是你赢了，那宝藏就送给你，此外我还会让你知道我的庐山真面目，愿不愿意接受这个挑战是你的自由。”
“如果接受的话，我就会解开门的咒语让你们出去，可是要是不愿意，你们就准备在这冷到血都会冻僵的房间过一辈子吧。”
男人拿出刀“对了对了，顺便一提，我非常非常喜欢血喔，一看到红色的东西我就受不了。”
毛利兰“你，你以为这样说我们就会害怕吗？我们才不会听你这种坏东西说的话呢！”
“好一个精力充沛的小姑娘。”
工藤新一“好，我接受。”
毛利兰“啊？”
“我说接受就接受啊，我就跟这家伙玩一玩。”
“这才对嘛工藤新一，我的哥哥。”男人把钱包扔到空中，然后用飞刀固定在墙壁上。
毛利兰“新，新一？”
“你干什么啊？混账……”工藤新一发现男人早已消失不见。
毛利兰“不见了……消失不见了。”
毛利兰看见工藤新一试着取下插在墙上的钱包“新一你真的要接受挑战啊？”
“对啊，我爸爸曾经跟我说，人家找你打架的时候要勇于面对。”
“可是刚刚那个叔叔感觉好像恶魔很恐怖耶。”
工藤新一从钱包里拿出纸条“管他是什么恶魔，我只想知道他到底是什么人，还有就是这个暗号最后的答案。”
“不过，不过要是他又施了什么奇怪的魔法，搞不好你会死掉也说不定。”
“魔法？”
“对啊，刚才门被他下了咒语之后就没办法打开了。”
“傻瓜，看清楚一点，有没有看到那边有根拖把？它的柄上牵着一条钓鱼线，那条线一直来到上面穿过那个钩子，那家伙只是在我们进来这里之后从书柜后面控制那条钓鱼线让那支拖把卡住门，所以我们从没有办法打开而已。”
“如果没错的话，另一扇门他应该也有从外面动什么手脚让我们打不开，不管是什么手法，刚才因为太暗了，所以没有看清楚，后来他虽然说了一些让我们害怕的话，但是那个家伙根本就不是魔术师，只是个还会忘了藏好自己戏法诀窍迷糊的杂耍演员。”
毛利兰“新一你好厉害，感觉好像福尔摩斯喔。”
“还，还好啦……”
“那那那，请问福尔摩斯先生，这暗号到底写了什么东西呢？”
“嗯……到底是什么意思我还没弄清楚，可是念起来是hAIdo No oKoRIwo tINN mEYo这样吧。”
“oKoRIwo tINNmEYo，真的是这样念吗？”
“怒，oKoRU这个字当在小说里出现，镇，tINN这个字呢我妈有一张cd里头有首镇魂歌，我听过那个念法所以应该不会错。”
“搞不好大人会知道是什么意思，要不要问问看我爸爸？”
“傻瓜，绝对不可能告诉大人知道吗？我跟那个家伙一较高下。”
现实世界，所有人都笑出来，光彦擦了擦笑出来的眼泪“那，那个少年把……把IKARI wo SIZUmE Yo 平息那愤怒念成IKARI wo tINN mEYo啊？”
小林老师“好可爱喔。”
元太“那个叫新一的家伙是不是傻瓜啊？”
柯南：换成你们也念不出吧，干嘛笑成这样啊？真是的……
灰原哀“也不能怪他啦，那个时候他才小学一年级。”
步美“不过那个叫新一的人感觉跟柯南好像喔。”
柯南“是，是吗？”
“然后，然后呢？”
小林老师“后来发生什么事了？”
元太“快点告诉我们啊。”
光彦“他们两个顺利到回家了吗？”
“根据小兰姐姐的说法……”
时间回溯到1985年，妃英理看着回到家的毛利兰“小兰，这么晚了你到底跑到哪里去了？”
“那个，到学校去了一下，有东西忘了拿。”
“别想骗我了，肯定又是跟新一在一起对吧？”
“嗯……”
“我就知道，我才像说最近怎么都没有看到他，真不知道有希子到底是怎么教的啊？”
毛利小五郎“这不是很像有希子的作风，放养式主义吗？”
“老公，你要去工作啊？”
“嗯，杯户港仓库那儿发生了谋杀案，目幕警官叫我过去一趟。”
妃英理帮毛利小五郎理了理领带“真是的，小心一点喔，最近感觉很不平静。”
“你才要小心一点，别忘了把门窗关好，天上那个夸张的小偷还在到处乱闯。”（毛利小五郎指的是一代怪盗基德黑羽盗一，不是二代怪盗基德黑羽快斗）
“当然咯，我好歹也是刑警的妻子，路上小学喔。”
“好，那小兰就麻烦你了英理。”
一段时间后，工藤有希子接到妃英理打的电话“我知道了，我一定会好好说他的，对不起喔英理，晚安了。”
挂断电话后工藤有希子逮住正要逃跑的工藤新一“好了，除非你从实招来要不然别想去睡觉，你带着女孩子到晚上都没有人的学校去做什么呢？嗯？”
“我，我不是说过了吗？有东西忘了拿嘛。”
“你以为这么说我就会被你骗过去吗？”工藤有希子开始收拾工藤新一。
工藤优作“好了好了可以了，反正啊，他们都平安的回来了不是吗？”
“可是优作，新一他……”
“而且这又不是刑警在问犯人，你这么生气，也没有办法好好谈不是吗？首先先平息你的愤怒，冷静一点。”
工藤新一：IKARI wo SIZUmERU……
“爸爸，那个要怎么写啊？IKARI wo SIZUmERU是不是写成这样呢？”工藤新一把纸条拿给工藤优作看。
工藤有希子“这是什么东西啊？”
“就老师她……老师做给我们的秘密暗号啊。”
“这老师也太过分了吧？才一年级就得认这么难的汉字。”
工藤优作“不过看来是个喜欢玩猜谜游戏，蛮有意思的老师啊。”
工藤新一“猜谜？”
“要把hIdo想成是什么人的名字可能太直接了一点。对了，改天我们去海边或者是露营好不好？”
工藤有希子“不错耶。”
一天后，工藤新一来着毛利兰找到阿笠博士“杯户港？这个暗号的意思是说到杯户港去是吗新一？”
“嗯，所谓平息hIdo的愤怒这句话，是指在杯户港的船把锚沉到水里的地方也就是港口的意思。”
毛利兰“可是新一，你昨天晚上不是说它念做oKoRI wo tINNmE Yo吗？”
“我，我有那么说吗……”
阿笠博士“不过真的不要紧吗？给你这个暗号的男人昨天晚上闯进学校在那里等着你过去不是吗？我看还是跟警察……”
“那个家伙说要是我解开了这个暗号就会让我知道他是谁，到时候再报警也不迟，话说回来，不好意思啊博士，一大早就把你叫出来陪我做这种事。”
“不不不，相反的我还蛮高兴的，好久没看到你们两个相亲相爱的样子了，在进小学之前你们可是一天到晚在一起的呢，我还在想说怎么最近都没见你们在一块儿，担心你们是不是吵架了呢。”
“哪，哪有吵架啊？对，对吧？”
毛利兰“嗯。”
一段时间后毛利兰看着围在港口外面的警察“怎么这么多警车啊？”
工藤新一“发生什么事了吗？”
“对了，昨天晚上我好像听到我爸爸说杯户港这里发生了谋杀案。”
“难道说凶手就是那家伙？”
阿笠博士“不，我想应该不会是他，因为案件发生的时间给你们溜进学校的时间差不多啊，而且新闻也报道说凌晨左右已经抓到凶手了。”
“现在问题是昨天晚上那个男人究竟是为了什么要叫你们到这个地方来。”
毛利兰“会不会在这里等，那个人就过来？”
工藤新一“不，那家伙说他一看到红色的东西就受不了，这附近有没有什么红色的东西？”
毛利兰指向警车“那是那个吗？发亮的地方是红色的喔。”
“刚才博士不是说了吗？这里发生的命案跟那个家伙并没有关系，他应该不会想到会有警车过来这里，所以呢，应该是一开始就在这里的什么红色的东西……”
工藤新一注意到不远处的消防栓“消防栓？”
毛利兰“可，可是这里好像没有人耶。”
工藤新一发现了消防栓的异样“掀起来？”
一张红色的纸被他撕下来“背面有暗号。”
毛利兰“又是这么难的字。”
阿笠博士“我看看我看看……将toRYA的无罪公诸于世，直捣长老贵人的肝吧。”
一段时间后“我是看得出来toRIYA应该就是指鸟矢区的意思，只是后面那句无罪公诸于世就是在是……我看八成又是什么猜谜游戏吧。”
毛利兰“所谓长老贵人会不会是指水户黄门呢？”
工藤新一“对了博士，所谓无罪的意思就是不是犯人对吧？”
“嗯。”
毛利兰“凶手的话是黑的。”
工藤新一“啊？”
“我爸爸常常这么说啊，那家伙是黑的，凶手就是他。”
“黑的啊？不是凶手……不是黑的……意思就是白的？白的……白的……是鸟矢城。”
阿笠博士“那我们赶快到鸟矢城遗迹那边去吧。”
“不，我们要去的是那个遗迹旁边的水门。”
毛利兰“水门？”
阿笠博士“不是去城那边啊？”
“小兰说的没错，长老贵人真正的意思指的就是水户黄门，肝就是内脏，说要直捣它，意思应该是说拿掉它里面的东西，也就是说把水户黄门里的户跟黄拿掉。”
阿笠博士“原来如此，这样就只剩水跟门两个字，加上是在鸟矢城东旁边，所以是鸟矢水门。”
一段时间后“所以我们到了鸟矢水门这里来了！”
毛利兰“可是没有看到啊，没有什么可疑的红色东西。”
“我看好不好还是应该先到遗迹那边去看一下才对啊。”
工藤新一“要是这样他只要写将toRIYA的无罪公诸于世就够了啊，既然他会接着写到关于水门，就表示一定有什么红色的东西在这里或水门跟遗迹之间的什么地方啊。”
工藤新一注意到不远处的平交道警示灯“平交道？”
毛利兰“有什么吗？”
阿笠博士“没有耶，好像没发现什么。”
工藤新一：等一下，要是我们在这个警示灯变红之前找到它意思就不对了，要说什么是它变红之后才会看到的就是遮断杆……
工藤新一发现上面贴着东西厚撕了下来“把oKUho的……”
阿笠博士“印记将消掉？”
“用沙哑的声音咀嚼孤独吧。”
工藤新一“这是第三个暗号是吗……”