虽然朱载坖已经授权朱翊釴全权处理此事，但是朱翊釴认为，这是有可能要用兵的大事，还是必须要在朱载坖的首肯下实施，在奏请朱载坖同意之后，在西苑无逸殿召开国务会议，内阁辅臣、部院重臣和军机大臣们完全参与，太子朱翊釴主持会议。
重臣们到齐之后向朱载坖父子行礼之后，朱载坖笑着说道：“朕已经将此事全权委托于太子了，今日虽然是太子奏请，朕勉为其难，但是还是太子定夺，朕不过是听上一听罢了。”
在太子的主持下，对于这次六省改土归流事情，内阁已经有了部分的意见，对于这六省，内阁认为各省的实际情况不同，也应该采取不同的措施，如云南、贵州、广西三省，这三省的土司之前已经被大明官军收拾过了，现在对于朝廷还是比较恭顺的，对于这三个地方的土司，可以采取相对比较温和的策略。
但是四川、湖南等地的土司，恐怕是很难善了了，这点朱载坖和朱翊釴也是很清楚的，内阁的意见是虽然朝廷要剿抚并用，但是首先还是要做好军事准备，因为这些土司的想法和正常人还是有很多不同的，尤其是四川等地的土司，实力还是比较强大的，朝廷必须做好军事准备才行。
同时就是对于石柱土司等一些之前对于大明比较恭顺的土司和在平叛中对大明立过功的土司，是否是应该予以优待，这也是一个问题，朱载坖没有参与讨论，他今天只带耳朵来，是听这些重臣们发表意见的，大部分的重臣们都认为对于这些一向恭顺或者是曾经为大明立下战功的土司，要予以厚待，按照功劳大小，给与卫所世职，保证他们的安置，这点还是很重要的。
同时就是对于举兵反抗的，要坚决予以进剿在，这点是毋庸置疑的，对于重臣们来说，比较担心的就是四川和湖广两省的改土归流，一来就是这两省的土司力量强大，而且并没有受过官军的打击，所以他们对于朝廷的恭顺不足，而且这两省的官军久疏战阵，战斗力有多强，确实是很难说的一件事情。
对于这点，军机处也是很清楚的，军机处认为，四川、湖南两省的卫所和常备官军，属于操练而且装备落后，确实是不堪大用，要想整顿两省兵防，还需要时间才行，同时军机处要调度各处官军，参谋军务总署制定相关的规划等也都需要时间，所以内阁认为现在不宜大张旗鼓的进行宣传。
对于改土归流，首先是要命令地方督抚查明自己辖区内的土司情况，包括土司的数量、实力、对朝廷的态度还有就是土司之间的关系，要予以详细的查探，这样才能够保证朝廷有足够的信息来制定合理的规划。
其次就是军事准备，涉及到的各省都要加强兵防，兵力不足的由参谋军务总署调发援兵，军需后勤总署也要补充相应的物资、军械等，清军督练总署也要对于各部官军加强训练监察，确保有足够的战斗力应对可能出现的各种反叛。
最后就是改土归流的实施阶段，对于各个土司，要有针对性的设计方略和预案，未虑胜，先虑败这点是极为重要的，同时就是朝廷的调度也是很重要的，不仅仅是在军务上的调度，官军各部都必须在军机处的指挥下统一行动，在整个改土归流的实施过程中，地方官府也必须按照朝廷的方略不折不扣的加以实施，同时及时向朝廷汇报相关的情况。
朱翊釴在听取了重臣们意见之后，决定实施第一步，就是对于各种情报的搜集，主要是三个部分，第一就是地方官府的情报搜集，有内阁以庭寄的形式要求涉及到的各督抚晓谕地方官府，搜集辖区土司的各种情报，以密疏形式上奏。
第二就是由都察院直接派出巡按御史到这些地方去，以钦差名义搜集相关的各种情报，同时锦衣亲军也要参与进来，搜集相关情报，各路所搜集的情报互相参照，保证情报的准确性。
朱翊釴要求内阁、军机处和相关的部院与地方督抚先就改土归流商量出一个具体方案来，然后等到相关的情报到了之后再具体确定详细的方略，重臣于是领旨去办了，在重臣们走后，朱翊釴还是要向朱载坖请旨的，说实话，朱载坖对于太子的表现还是非常之满意的，太子能够听取意见并且作出相应的决断，同时这些大事，也能够做到谋定后动，也还是非常之不错的。
朱载坖只是问了一个问题：“太子准备先难后易还是先易后难呢？”
这是一个重要的方略问题，这个方略确定下来，才能够制定与之相配套的方略，朱翊釴思考半晌之后说道：“父皇，儿臣以为既要先易后难，也要先难后易。”
朱翊釴向朱载坖详细陈述了自己的看法，所谓先易后难，就是在大的方面上要先易后难，主要是因为各省的准备情况不同，所面临的土司力量也是不同的，如广西土司已经被官军修理过一次了，力量大为削弱，同时其附近的交趾、广东等省和本省都驻有重兵，官军力量强大，肯定是要先实施改土归流的。
而像四川，境内的官军还需要整顿加强，而本省的土司力量又相对强大且复杂，肯定是要放在后边解决的，这就是先易后难。
而在一个区域等改土归流，则是要先难后易，也就是先这一地域内最强大的土司动手，树立其朝廷的威信来，这样才能够对于其余的土司加以震慑，同时即便是用兵，也要争取一次用兵，永绝后患，所以在第一地域内实施改土归流的话，是要先难后易的。
对于朱翊釴的这个方略，朱载坖表示十分之满意，他对朱翊釴说道：“放胆去做即可，不要瞻前顾后。”