朱载坖认为，哈萨克是大明可以争取的对象，同时将哈萨克作为大明日后在西北边外的藩篱，统一抵御俄国人未来的扩张，同时对卫拉特四部予以制衡，所以朱载坖决定派遣使臣出使哈萨克，同哈萨克予以接触，只要哈萨克愿意向大明称臣纳贡，世守藩篱，大明愿意支持哈萨克，而且大明将会和哈萨克一道限制卫拉特部，将卫拉特部限制在阿尔泰地区，作为大明在西北的又一藩篱。
所以现在官军仍旧不能南下，朱载坖给李成梁和吴兑的命令是在夺取玛纳斯之后，在当地兴建城池，同时开展屯垦，修筑道路，囤积粮秣等，同时官军要给卫拉特四部以强大的压力，便于朝廷和卫拉特四部的谈判，还要建立整个西域的兵防、邮驿系统，加强屯垦。
现在对于西域来说，最重要的就是缺乏人力，由于大明的领土扩张，朝廷短时间内很难再招募大量的流民前往西域，朱载坖在和刑部商量之后，决定调整流刑的适用范围，敕令各省直提刑按察使司和大理寺，对于已经判决的流刑罪犯，一律流放西域，同时对于可以赎刑但是家庭贫困无法赎刑的杂犯死罪罪犯，减死一等，流放西域，永不放归，非十恶之罪以及杀人等重犯的真犯死罪罪犯，减死一等，刺字之后流放西域，屯垦戍边，遇赦不赦，通过将这些人流放到西域去，加强朝廷对于西域的控制。
同时就是将东北的女真人等向西北迁移，让他们为国戍边，虽然朱载坖在将建州女真部尤其是觉罗部消灭了之后，女真人消停了，一直是比较安分的，但是毕竟在辽东之地，朱载坖认为他们始终是一个祸患，尤其是从嘉靖末年到现在，女真人休养生息，人丁滋生，势力做大，之前朱载坖也曾经多次征调女真人为大明作战，将他们派往倭国等地方，也取得了比较好的成果。
但是随着朝廷对于辽东和吉林的开发加深，朝廷和女真的矛盾也在逐步积累，在王台、王兀堂等老一代的女真首领去世之后，虽然尼堪外兰等女真首领仍旧忠于大明，但是新一代的这些部落首领常常因为各种琐事和大明的边军发生冲突了，提督辽东、大宁、吉林军务黑春和辽东总兵官严绍庭也已经多次上疏朱载坖，认为女真又开始皮痒了，建议出动官军，给女真人长长记性，朱载坖一直没有处理此事，现在西域问题使得朱载坖必须要处理此事了。
朱载坖决定征调女真诸部前往西域，将他们迁徙到西北去，一来是消化女真在辽东的力量，使得他们在辽东无法对朝廷构成威胁，二来是用女真人对付蒙古人，同时防范西域南部的回回，在朱载坖的心中，这些回回的危险性是远远高于蒙古人的，朱载坖之前就和吴兑商量过了，在整个西域，朝廷必须联蒙制回，对于蒙古人，尤其是和硕特部，要予以拉拢，对于回部，要予以严加防范，严防其作乱。
除此之外，朱载坖还颁布诏书，招募百姓充实西域，朱载坖在上谕中说道：“今日户口日增，而各省田土不过如此，不能增益，正宜思所以流通，以养无籍贫民。西陲平定，疆宇式廓，哈密、乌鲁木齐等处在在屯田，而客民之力作、贸易于彼者日见加增，将来地利愈开，各省之人将不招自集，其于惠养生民，甚为有益。”
这次朝廷为了移民还是拿出了很大的优惠，不仅要分给土地，同时也要给予口粮、行粮等，朱载坖在和户部等衙门商量了之后规定：凡举家出关的应募贫民，均由官府出资供给途中盘费、车价及其他生活必需用品。同时发给口粮银，10岁以上为大口，9岁以下为小口，大口每百里给口食银六十分，本色口粮三斗，小口给银三十文，本色口粮二斗；还有“车价银”，不分大小口，每三名给车一辆，嘉峪关内每辆车每百里给车价银二百五十文，关外每百里给车价银八百文；御寒皮衣，每大口一件，小口折给胖袄一件；铁锅，每户一口。每户给盐五十斤。
抵达目的地后，这些移民就要被安置在事先勘定好的屯垦区内。并且规定，每户拨地30亩，农具一全副，籽种一石二斗，又每户给马牛一匹只，豆料一石，建房价银五元。照水田例六年升科。又，每户于到屯之处，按每大口日给白面一斤，小口减半，秋收后交还归款。不得征收利息。
同时鼓励百姓开垦，对于丁多有力之户自三十亩陆续垦至数十亩；丁少无力之户，亦有仅垦十五至二十余亩不等者，都听其自愿，同时还要加强赈济，西域苦寒，百姓刚刚屯垦，很容易受灾，朝廷必须及时予以赈济，保障这些百姓能够生存，朱载坖特地下旨：“彼等俱系新迁，并无积蓄，若不加以救济，则彼等拮据口食，不能尽力耕耘，失朝廷屯垦之意也。着加给升斗，俾无失所，免还续借口粮。可使安置耕种，年获丰收，俱各得所。”
同时西域自总督以下各府州县衙门，要根据各地地形地貌、环境位置、水源分布等，有计划、有步骤地配置人力、开发和利用土地。除了哈密之外，要兴建宜禾县为主的巴里坤垦区；以奇台为中心，包括木垒、东西吉尔玛太、东西葛根、吉布库等处在内的奇台垦区；以迪化为中心，包括济木萨、阜康、庭州、呼图壁、玛纳斯在内的轮台垦区。同时这些屯垦的开发，保障朝廷在西域有效管理。
朱载坖还严旨给吴兑等人，要求他们重视在西域的屯垦，在上谕中，朱载坖明确说道：“屯田为兵食攸关，果其草莱日辟，原足以壮声势而实边储，各官务必实心用事，勿负朕望！”