除此之外，司农院的一个重要职能就是规划大明的仓储体系，从朝廷到地方，各省直、府州县还有军储等到底需要储备多少粮食，才能够保证大明不发生民变，这是一个很重要的事情，朱载坖对于司农院的一个重要的职能就是规划大明的仓储体系。
杨俊民向朱载坖详细条陈了他的看法，对于朝廷的粮储问题，应该按照各省直和府州县的人口、粮食产量、灾害发生的频率和对粮食生产的影响以及和产粮区的距离综合考虑，制定每个地方的粮储规模，而且朝廷要在一些交通发达的重要府州设立直属与司农院的大型仓储，将粮储和物价平抑纳入到地方州县正印的考成之中，这点是非常之重要的。
朱载坖批复同意了杨俊民的奏疏，要求司农院和吏部、户部商量详细的实施细则之后上奏朱载坖御批执行，而李成梁也向朱载坖上奏了他对于未来战局的判断和方略，按照朱载坖先南后北的总方针，李成梁认为今年官军的主要任务仍旧是在西域北部建立起稳固的地盘，打击卫拉特四部，为大明日后南下创造条件。
而李成梁也找到了他所希望的攻取的地方，就是原大唐的乌宰守捉，也就是后世的玛纳斯县所在地，这里是庭州的最西端，天山山脉北坡中段、准噶尔盆地西南缘、玛纳斯河东岸。地势南高北低，自东南向西北倾斜。地貌分南部山区、山前冲积平原、北部沙漠三大部分。南部天山山区系依连哈比尔狼山的一段，沟壑纵横，树木丛生，水草丰富，是天然的牧场，可分后山、中山、前山。中部为洪积、冲积平原，这里地势平坦，气候相对温和，也是适合官军屯垦的地方。
玛纳斯，蒙古语意为巡逻者，因玛纳斯河沿岸有瓦剌巡逻士兵而得名，意寓“英雄”。渡过玛纳斯河的话，就是石河子，位于准噶尔盆地古尔班通古特沙漠南缘，这里地处天山北坡，交通枢纽地位显着，同时官军可以利用玛纳斯河的水源来屯田，为官军提供粮秣，同时控制了此处，官军就彻底在天山站稳了脚跟，将整个天山控制在手中。
接下来官军就可以采取相对比较灵活的措施的，李成梁认为，在控制了玛纳斯和石河子之后，官军可以先沿天山一路向西，控制整个天山，将西域一分为二，然后先南下伊犁、和田等地，控制这些水草丰美的地方，然后从伊犁北上，控制阿勒泰等地，这样整个西域就可以抵定，朱载坖当然是很清楚李成梁的方略是可行的，不过从石河子到伊犁，有千里之遥，官军必须要沿路设立兵站，加以控制，同时建立完善的后勤保证。
同时吴兑也向朱载坖上疏，陈述对于西域局势的看法，西域主要是存在两大势力，第一自然是蒙古人，也就是卫拉特四部，除和硕特部之外，就是瓦剌三部了，吴兑认为首先还是要予以军事打击，将他们继续向北赶，赶出天山，赶到更北方的阿尔泰山去，使得瓦剌各部不再成为大明的边患。
而另外一股较为强大的势力就是南部的各个回教政权，吴兑认为要坚决予以讨平，这些政教合一的政权绝对不能予以容忍，尤其是叶尔羌汗国，是大明收复西域的最大阻碍，作为西域大国，叶尔羌汗国是西域南部的大国，叶尔羌汗国是由东察合台汗国分裂而来的。
对于这个大明的劲敌，吴兑、李成梁等人也还是收集了相当多的情报，叶尔羌汗国信奉回教和信奉喇嘛教的卫拉特四部可谓是不共戴天，双方是经常征战，而且叶尔羌汗国内部也是矛盾重重，之前就是满速儿、萨亦德两个首领称雄于叶尔羌，在嘉靖初年，他们进行了会晤，确定了各自的扩张方向，满速儿向东，萨亦德向西。
虽然达成了所谓的共识，但是这种表面上的统一不过为双方下一步的争夺势力范围提供了缓冲时间。因此，阿尔巴特会晤结束后，兄弟俩随即分别率领人马对周邻地区进行征伐，以拓展各自的势力范围。与他们以往发动的诸多征战不同的是，此次两人都是打着伊斯兰“圣战”的旗帜，这反映了伊斯兰教现在在蒙古王公中的深刻影响。
而满速儿之前是对大明构成严重边患的，他所图谋的就是哈密，在满速儿强大的时候，嘉峪关以西皆被满速儿占据。而萨亦德则是向西扩张，嘉靖元年，萨亦德占据了北部的草原地带，留长子阿不都·拉失德驻镇那里。
嘉靖三年，乘河中的月即别首领去世、内部动荡之机，率军西征，克讹迹邗、马都等城。嘉靖十年，萨亦德以“圣战”名义向西南方向进行扩张战争，吞并了克什米尔、拉达克等地。次年，遣部将领兵攻打佛教圣地拉萨。嘉靖十二年，萨亦德汗病死于南征途中。其子阿不都·拉失德嗣位。满速儿闻讯后，即刻发兵西征，企图趁机吞并其弟辖地，但以失败告终。嘉靖二十三年，满速儿汗卒，长子沙袭立其位。之后，汗国东西两地又陷入长时间的动荡中。
而阿不都·拉失德汗为了巩固个人的政治统治地位，上台之初，便大肆捕杀宫中的老臣宿将，又竭力削弱都格拉特异密的权力，对外则联盟草原上的月即别——昔班部来对付哈萨克人，并数次将其击败。同时，他还陆续出兵，向西征伐安集延，向东进攻吐鲁番地区，且都取得一定战绩。使得叶尔羌汗国达到了极盛。
在他死后，汗国内部就陷于混乱之中，阿不都·拉失德汗死后，经过一场残酷的宫廷斗争后，二子阿不都·哈林继承汗位。阿不都·哈林汗在位期间，西部地区军事实力不断稳固发展。与此相反，由于从政能力平庸，属众不服，满速儿之子沙汗在东部地区的统治地位则日渐衰微。管理各地事务的家族成员不听调遣，各称雄长。