朱载坖首先督促朝廷迅速完成各个衙门的重组和新设，让朝廷行政进入状态，除此之外，朱载坖也将王世贞所拟定的大明公文新格式交付内阁和部院讨论，准备予以实施。
这次由王世贞就领导编制的大明公文格式，贯彻了唐代公文的简朴之风，杜绝冗滥，取法初唐，因为初唐时期虽然重视公文的文学性，但当时的长孙无忌、房玄龄、魏征、虞世南、孔颖达等人并不以文采见长，这些人除了公文之外也没有什么文学名篇流传下来；从武则天时期开始，公文开始文学化，文采风流但务实性较差，相对浮夸，盛唐有所好转；到了中晚唐由于多年科举制度，朝中各级官员往往文学水平较高，或者掌权者往往招募文学大家担任幕僚，公文也兼具务实性和文学性的特点。
朱载坖认为初唐公文平白朴实，才是大明公文所需要的，朱载坖在上谕中说道：““近来章奏,日趋浮泛,铺缀连读,徒烦至览。诸司奏章,不许繁词,第宜明白,开陈要旨,庶易省阅。凡有奏章,务在直陈其事,意尽而止，若仍信多繁词,且语涉肆慢,甚非人臣奏对之体。所司通行严禁,违者部院及科臣劾治之。”
对于大明官员动辄长篇大论，朱载坖也是极为厌恶的，所以在这次制定大明公文格式的过程中，朱载坖多次命令王世贞在拟定的格式中务必要删繁就简，省去浮辞，同时要求在公文中用数据和事实说话，而不是是似而非的言论，朝廷的公文应该是极为严肃和严谨的，不是秀文采的地方。
所以参照唐六典的规定：“凡都省掌举诸司之纲纪与其百僚之程式，以正邦理，以宣邦教。凡上之所以逮下，其制有六，曰：制、敕、册、令、教、符。凡下所以达上，其制亦有六，曰：表、状、奠、启、碟、辞。诸司自相质问，其制有三，日：关、刺、移。”
大明也是按照这三种分类制定大明的公文制度，同时重申了唐代的一文一事制度，该制度要求不同事情不得同为一文，公文一文只能直叙一事。一文一事制度是唐代推行的一项对文书工作非常有利的制度，可以防止行文关系错乱，加快文书运转的速度，提升办事效率。
同时王世贞也以密疏上陈，陈述了自己对于科举的看法，王世贞直接向朱载坖指出，大明公文繁杂的原因，根子还在科举上，大力推行科举制度,广收知识分子参政,使社会形成靠读书和功名获取权利的共识,文人的思想风气成为社会主流。万般皆下品,唯有读书高。好大喜功、陈言俗调、意气用事、书生高论、形式主义等缺点也渗入了公文之中。而大明科举以八股取士，公文深受科举制度影响,成为“制义之变体”。公文撰制者科举出身的制义习惯,不自觉地出现在公文写作之中。
在大明初年，这点风气尚且不明显，因为当时大明官员的主要来源还不是科举出身，而成化以后，八股文行之已久。公文作者大多出身甲科,先入为主,陈言俗调,摇笔即来。大明的公文,不仅用八股笔法,而且还仿《公羊》、 《谷梁》语体,非造语精刻不能打动人,所以务以造语精刻苛责于人。最终造成相互责难,恶语相报,加上朋党峙立,门户之争遂愈演愈烈,而国事也无人真正问津。王世贞直接指出，大明现在公文追求陈言俗调、重作不重学等风气，其实都是八股所带来的恶习罢了，朝廷要想真正革除公文的浮辞之弊，重要的还是对于科举进行改革，这点朱载坖是认同的。
虽然之前朱载坖已经对于科举制度予以了改革，加大了策论的比重，但是八股在科举中的比重仍然是很高的，同时科举关系到朝廷取士，是十分重要的事情，尽管朱载坖也很清楚八股的弊端，但是此事只能够徐徐图之，不能够轻易的变革，就科举的事项，朱载坖也和申时行等阁臣们商量了此事，申时行对于此事是极为慎重的。
申时行在给朱载坖的密疏中说道：“八股之弊，非今日也，然人知其弊而守之不变者，非不欲变，诚以变之而未有良法以善其后，且就此而责其实，则亦未尝不适于实用，而未可概为訾毁也。必若变今之法行古之制，其毋乃徒为纷扰而不可行，又况人心不古，上以实求，下以名应，相率为伪，其弊尤繁。”
大学士罗万化也在密疏中说道：“时艺所论，皆孔、孟之绪言，精微之奥旨。参之经史子集，以发其光华；范之规矩准绳，以密其法律。虽曰小技，而文武干济、英伟特达之才，未尝不出乎其中。不思力挽末流之失，而转咎作法之凉，不己过乎？”
这些重臣们其实也很清楚八股文所带来的弊端，但是他们的看法是变易科举，目前没有更好的办法，但是朱载坖在给他们的批复中说道：“科举之制，凭文而取，按格而官，已非良法。况积弊日深，侥幸日众。”朱载坖直接指出了现在科举制度的严重弊病，也表明了自己的态度，就是必须要对于科举予以改革，为朝廷选拔真才实学的官员。
而次辅王锡爵则是向朱载坖上疏陈述了自己的看法，现在八股的弊端确实是越来越大了的，但是贸然取消八股，由两个无法避免的问题，一是原本科举考试共三场，先用经书，后用策论，取消了最重要的头一场，减去一场，似太简易。二是不考圣贤之学，与朝廷的宗旨相悖，即所谓：不用经书为文，人将置圣贤之学于不讲。
王锡爵其实是说了实话了，历代的重臣们不知道八股之弊吗？他们肯定是心知肚明的，但是对于取消八股，一来是干系到这么多的士子，二来还有不能言说的一个原因。