对于这些屯田卫所，朱载坖对于他们的主要任务就是屯垦戍边，他们不必承担很繁重的军事任务，对于这些卫所，主要的目的就是屯田，所以对于他们的管理方式也要发生变化，朱载坖命令五军都督府对于这些卫所，尤其是卫所军官予以调整，将这些卫所军官，尤其是百户以上的军官打乱安排，千户及以上的军官甚是要调出本都司安排，通过这种方式，将这些卫所军官调离经营多年的老巢，这样才方便朝廷进一步的行动。
由于这些卫所的主要任务是屯田，为了防止再出现卫所军官兼并土地、私役军士等行为，朱载坖决定由户部、都察院和卫尉寺派出相应的官员，户部派出屯田郎中和主事，他们的任务主要是统计实有屯田的数量，保证朝廷的屯田不流失，同时要保证所有的军户有有足额的屯田可供耕种，而且朱载坖还命令改变以往的每军授田一份五十亩的通行办法，因为甘肃、宁夏等地有各地的情况，这些地方本来就是比较贫瘠，朝廷必须考虑到实际情况才行。
朱载坖命令在这些卫所当中按照实际情况灵活确定每军授田的亩数，由于西北苦寒，实际上每军授田的田亩数量应该比五十亩要更多，以八十到一百亩为宜，同时在这些军屯土地上要强制种植一定比例的备荒作物，如玉米、番薯等，保证备荒之用。
而都察院主要是派出清军御史，核实军籍，将各个卫所实有军户数目，每户授田情况等加以统计，同时对这个卫所予以监察，防止卫所军官私役军士和侵占屯田等的情况发生，同时对于这些军屯卫所，同样也要实施考成法，对于屯田的数量，军户人数等，都要予以考成，不能够完成的，一样予以惩处。
而卫尉寺则是负责维持军纪，尽管这些屯卫一般不参与军事任务，但是作为朝廷的卫所，基本的军事训练还是要参加，在农闲时节要召集正军和军余子弟训练，相关的军械、装备、弹药等物由朝廷保障，同时在镇协官军数量不足时，也要优先在各卫所征募兵员，卫尉寺和清军御史也要负责对于官军征募士卒中的监察，还有就是对于镇协官军士卒的各项优抚措施实施的监察，对于敢于欺压士卒军属的，一律由卫尉寺而不是地方官府处理。
同时还要充实这些屯田卫所的军户数量，招募地方的流民和无地百姓，授予田土，官给农具、种子等物，帮助他们屯垦，在农闲时正军和军余子弟参加训练，一样要给予军饷，征调这些士卒从事各种任务，除了要免除他们的籽粒之外，也要给予相应的报酬。
除此之外，还要改变籽粒的征收方式，以前籽粒的征收以卫为单位，在征收之后储存于卫所仓库之中，朱载坖命令在之后对于籽粒的征收和运输也要予以变更，朱载坖命令将所征收的籽粒三分留本卫储存备荒，三分解运至地方备荒、常平仓，四份解运军储仓库予以储存，保证朝廷的军储和备荒都能够收益。
在这种情况之下，在整个西北开展水利设施的建设，除了由各布政使司、都指挥使司和府州县及卫所实施的各种中小型水利工程之外，还有就是大型的水利设施，就郑洛上疏的在平凉、庆阳等府修建利民渠，引泾河水灌溉两府，郑洛上疏称：“甘肃之平凉郡治，东抵泾州，有平衍壤地，广裹数百里，而泾河之水实经流其间，引以津灌，则土田膏液，年谷可拟丰登，尚何患旱之足恤乎，特图志所载，故无渠津，而居人习以成俗，举目前祯阔之水则信其奔流，置为弃物。凡有播种，岁率仰给于天。天雨及时，则坐享有年，一遇魅虐流行，则计无所施。不但距河人深之地不雳其利，虽夹河两岸之间，亦不蒙余波之润。局整告炎之外，惟束手待毙而已。历千百载间，竟无兴念于此而倡之者。”
这些跨州县的水利工程，要朝廷来组织实施，除了大兴水利工程之外，还要广泛的植树，以防止风沙，这点其实大明的官员们已经发现了，当年曾铣复套的时候，提出了六个必取之因：“一是修筑边墙较易；二是春冰消解，虏难进犯；三是据黄河上游，可习水战；四是渠堰利好，可储谷粟；五是可垦膏腴荒地；六是军事作战条件较好。”
但是曾铣的这些理由遭到了翁万达等人的反对，翁万达就认为：“大河冬时，虏履冰长驱如平地。即夏秋时，又能冒革乘筏，系马浮渡，皆前代所未有，则天险不可恃矣。”
时任兵部尚书王邦瑞也上疏称：“林莽毁伐，樵猎蹂践。至于中卫，三百里间，山势己尽，夷旷无阻，一呼而入，直犯城下，兼可径渡河，于三边之中，最为可忧。”
由于大规模的樵采，导致河套虽然有贺兰山作为屏障，但是由于林木被砍伐殆尽，根本起不到遮蔽官军屯田的作用，同时这些树林被樵采之后，还导致土地的沙化严重，多风沙天气，风沙侵袭频繁，风患严重。由于风沙增大，对于朝廷的屯垦工作其实是极为不利的，不仅加剧沙漠化发展，由于多风沙天气，灌溉渠道常常被风沙侵蚀、壅塞，增加了水利设施的维护难度和成本。风沙经常压坏农田，压倒作物，影响农作物的生产，增加屯田开垦和耕作的成本。对于朝廷的屯田也是极为不利的。
所以朱载坖命令在西北大规模勘探煤矿，用煤炭取代木材作为主要的原料，同时在各地广种树木，尤其是在河套，要大种树木，一方面掩护官军的屯田，加强朝廷的边防，另一方面防止沙化，保护朝廷的屯田，使得朝廷在西北的屯田可以持续下去。这点是非常重要的。