敲定了这件大事，对于朱载坖来说心头才松一口气，对于大明来说，相对健康的财政是极为重要的，大明现在要趁这个难得喘息之机，休养生息，同时建设大明的道路、水利和仓储等事项，以应对可能出现的天灾人祸，在之前的旱灾当中，西北、河南等地区是受灾最严重的，一方面是由于这些地方本身就比较贫瘠，抗灾荒的能力本来就比较差，另一方面这些地方也是各种水旱灾害频发的地方。
朱载坖现在首先关注的自然是河南，河南是水旱灾荒最频繁的地区之一，而且由于河南的人口远远比陕甘要多，一旦发生水旱灾害，往往波及的人数是极为庞大的，所以朱载坖对于此事也是极为重视的，河南的水旱灾害都是极为严重的，其中的水灾主要是有黄河赵成的。
从本朝以来，河南成为黄河水患灾情最为严重的区域，黄河进入河南孟津以东的平原后，自孟津至荥阳、武陟间由于为地形所约束，水流崎岖不畅、自武陟、荥阳以下，黄河正式进入华北平原。由于华北平原地势平缓，黄河河沙淤积，黄河才有改变方向的大规模改道。黄河在这里时而向东南，时而流向东北，长期南北摆动，任意流行。改道不仅次数频仍，流路紊乱，波及地域也极为广阔。黄河的水灾对于河南百姓来说，造成了深重的灾难。
朱载坖对于这些情况，自然是十分清楚的，所以朱载坖现在准备在河南、西北等地大兴水利，防范可能出现的各种水旱灾害，大明上一次大规模的治理黄河还是在弘治年间，由刘大夏等人主持的，黄河水患治理，主要因为当时的黄河水患，已经严重危及到了朝廷的漕运，这对于大明来说，是极为重要的事情，朝廷不能够在等闲视之了。
所以派出了刘大夏等人治理黄河，白昂、刘大夏一方面堵塞黄河北流的路子，一方面又疏浚仪封黄陵岗南贾鲁河，从而分杀水势。后来，刘天和筑太行堤，筑断黄陵岗兴建太行堤的结果，使得大河仍然南流。这样不妨碍大运河上的漕运。
自此，断绝黄河北流之后，黄河主流复归兰阳、考成、 归德一线。随着这一时期河南境内的北岸黄河堤防形成之后，南岸也相继修筑了堤防。自此之后，尽管河患依旧不断，但河患及决口大多已经集中在曹县、单县、徐州等，河南境内的决口已经较少出现。
但是黄河对于河南的威胁还是很大的，所以朱载坖决定对于河南、山东境内的河道予以整治，同时兴修水利设施，朱载坖下达诏书，要求制定对于河南、山东等地堤防的方案出来，朱载坖在诏书中说道：““水为中国患，尚矣。 知其所以为患，则知其所以为利。因其患之不可测，而能先事而为之备，或后事而有其功，斯可谓善治水而能通其利者也。”
朱载坖将河工放在很重要的位置上来，工部左侍郎万恭上疏称：““黄河非持久之水也，与江水异，每年发不过五六次，每次发不过三四日。故五六月，是其一鼓作气之时也，七月则再鼓再盛八月，则三鼓而竭且衰也。凡黄水消长，必有先几。如水先泡，则方盛。泡先水，则将衰。”
对于黄河水患的各种特点，万恭予以了详细阐述，同时工部尚书、总督河道潘季驯也详细向朱载坖阐述了治河的方略，河防的关键当然首先是堤坝了，而潘季驯从筑堤，守堤，护堤三个方面阐述了自己的观点，“从筑堤来说，凡筑堤坝，必择坚实好土，毋用浮杂泥沙，必干湿得宜。燥则每层需用水湿润。”对于堤坝的修建，不能用混有泥沙的土，土的干湿应该恰到好处，如果土太干则筑堤时应该在每层都洒适量的水；关于取土的地点则必须在离堤身数十步外平取，不能挖出深坑，否则会影响耕种，更不能在堤附近形成沟。同时由于现在水泥的出现，在一些重点地区，也要使用水泥予以加固。
守堤也是很关键的，潘季驯提出了实施风防、雨防、日防、夜防的四防措施和汛期防守 、官民同守的二守制度，潘季驯在奏疏中说道：“河防在堤，而守堤在人，有堤不守，守堤无人，与无堤同矣。”要严密监察制度，同时保证大堤的守护。
而护堤则是要求防风固堤 ，扩大沿岸植被覆盖，潘季驯引述前任刘天和的护堤之法：“密栽 芦苇和菱草一一将来衍茁愈番 ，即有风不能成浪 ，此护临水堤之要法也。”用卧柳 、低柳 、编柳 、深柳 、漫柳 、高柳 。前三种功效用来固堤护岸 ，后三种是在植树成活后 ，防风浪冲 击 ，加固堤防。
除此之外，就是加强抢险，由于风浪起会加重水患，所以朝廷把秸秆 、树枝、草篙之类捆成大捆 ，使之漂浮于风浪之上 ，从而减弱水势 。这种方法可以就地选材 ，操作方便 ，并且效果甚佳，潘季驯认为这些物料要提前准备，同时各地方官府要和河道衙门一道，一旦发生水患，就要迅速采取行动，减少水灾带来的损失。
同时抢险的重点在于堵口，潘季驯认为：若上段决溢 ，然决口没有形成水 患 ，可不必立即抢筑 ，等水势势缓再进 行堵塞 。若上段决溢，决口处水患形成，这时必需大力抢救，以防止河出故道造成灾患。潘季驯在奏疏中指出：“治河 决必先疏支河以分水势 ，必塞始决之 口，而下流自止。凡堵口，东西筑台，立表贯索 ，网联巨舰 ，穴而窒之 ，实 以土 ，至决口去窒沉舰 ，压以大扫帚 ，合且复决，连昼夜不息 ，决即塞 ，缭以石堤 ，隐如长虹 。”
在具体的处理办法上，先在决口处两边堵 ，以免决堤处扩大 ，若扩大则堵截使溢水回冲主河道 ，尽量做到决口处 口小尾大，这样可防止滚失，尽量减小河患危害度 。