朱载坖同时还明确谕令户部，今年不再增加向西域的转运粮秣数量，同时为了保证陕甘等地的仓储事宜，朱载坖决定从内阁拨银一百万元，给陕甘等处州县，用以采购粮食收储在常平仓、备荒仓中，增加这些地方抵御灾荒的能力，同时在这些地方增加马铃薯等备荒作物的种植，以保证这些地方部出现粮荒。
同时还要改变对于转运粮秣的规矩，之前西征大军的粮秣转运是有户部和总督仓场衙门一道与兵部和经略西域衙门一道确定好数量，然后户部命令各府州县应当转运多少粮秣，由各府州县予以实施，这样不仅效率低下，对于百姓来说也极为不便，虽然朝廷三令五申，要求地方官府在处理这些事情上必须要给百姓相应的工价，但是实际上仅仅是被都察院巡按御史所抓获的地方官府克扣工食银甚至是无偿征发的事情，就不在少数，这对于百姓是极为不妙的。
所以朱载坖经过商量之后，决定实施官运和商运，从明年开始，负责转运西征粮秣的各州县、卫所，只用把应当解运的粮秣运送的所在布政使司或者是都指挥使司的所在地，由户部组织商贾给价运输，同时抽调蓟镇、京营、宣大、陕甘等镇的辎重营，前往协助运输粮秣。
朱载坖也很清楚，向西域转运粮秣，并不是一时半会儿就可以结束的，要等到朝廷在西域的屯垦有了成效之后才有可能减少甚至逐渐停止对于西域的转运，同时之后大明如果要经略青藏，一样是需要大量的运输力量，这点是很重要的，所以朱载坖还传令兵部、五军都督府和练兵军务处，在甘肃设立征西兵站，按都指挥使司建制，编制专门的运输力量，同时沿嘉峪关到哈密、庭州、交河等地设立兵站，以加强朝廷的后勤力量。
之前为了加强西域的军情传递，邮传总署已经在西域建立起相对比较完善的驿站和急递铺、递运所等机构了，但是对于粮秣的转运和兵站的设置，还不甚完整，朱载坖命令在从嘉峪关到西域各地的道路上设立兵站，加强朝廷的补给能力，负责物资的中转、补给和伤病员的救治、后送及过往人员的食宿等。编有指挥和专业勤务部门，设仓库、医院和运输、装卸、修理、食宿、加油等保障分队，以及工程、警卫、通信等辅助分队。有的还开设若干分站。对于保障部队行动具有重要作用。
同时将这些兵站予以独立出来，专门设立一个兵站都指挥使司，下辖若干卫所，主要有辎重兵组成，负责为西征官军提供后勤给养，管理这些兵站，同时也是朝廷加强对于西域控制的一个重要手段，将征西大军的后勤牢牢掌握在朝廷手中，防止西域官军藩镇化，这是极为重要的。
对于朱载坖的一系列处置办法，户部虽然仍旧有意见，但是在申时行等人的调和下，也算将此事按下来了，朱载坖也以密旨的形式命令李成梁相机行事，不必再奏了，将前线用兵的事情交付了李成梁和吴兑处理。
而就在这个时候，直隶巡按御史任养心上疏弹劾李如松等人，他在奏疏中说道：“李氏兵权太盛。姻亲厮养分操兵柄，环神京数千里，纵横盘踞，不可动摇。如松贪淫，跋扈尤甚。不早为计，恐生他变。”他认为李氏父子兵权太重，不利于朝廷，同时李如松嚣张跋扈，不能够再让其在京畿重地担任军职，请求朱载坖将其予以罢斥，对于他的上疏，朱载坖予以留中，但是同时也敲打了李如松。
但是科道对此也开始重视起来，兵科给事中黄道瞻多次进言，认为李成梁、李如松父子不应一同掌理重镇，申时行也以密疏向朱载坖建议要朱载坖保全李氏父子，意思已经是非常之明确的，就是希望朱载坖将李如松予以撤换，不能让李氏父子同时担任大将，朱载坖之前就考虑过此事，正是因为如此，朱载坖才将李如松从京卫都指挥使的职务上予以撤换，毕竟京卫指挥使执掌亲军诸卫，有宿卫之责，朱载坖再信任李如松，也不能这么干，所以才将李如松和张元功对调，张元功毕竟是英国公，和皇室的关系特殊，而且重臣们也很信任他。
但是现在科道对于李如松仍旧在外掌兵也提出了异议，朱载坖于是召见了首辅申时行，朱载坖问道：“元辅密疏说朕要保全李氏父子，应该怎么保全啊？”
申时行对朱载坖说道：“陛下，襄公眼下为大明征讨西域，岂可复令其子临边鄙之地，当胡虏之锋，伏请陛下善加保全，召置五府，以全君臣之谊也。”
朱载坖闻言之后只是笑笑，他当然明白申时行是什么意思，就是对于李氏父子同时出镇地方的担忧，李成梁现在拜征西大将军，统帅官军在西域作战，而李如松又提督蓟镇大宁军务，如果李如松是一个谦逊低调的人，也许科道的反应不会这么大，但是这个世家子弟，脾气自然是不好的，和督抚的关系极为不好，对于巡按等官员，更是根本不鸟，这就使得弹劾他的人本来就不少。
再加上李成梁现在身负重任，这些科道官员们很清楚再这个时候去弹劾李成梁这样的在前线作战大将，以朱载坖的性格是必然要收拾他们的，不能弹劾李成梁，那他们就拿李如松开刀，弹劾李如松，申时行当然也明白科道官员们的意思，他很清楚这些科道官员的意图，同时为了不再次激化皇帝和科道的关系，申时行以保全李氏父子为由，请求将李如松调到五军都督府暂时搁置起来，同时放到京师让他冷静一下，免得他太张狂，引起科道的注意，这也是申时行好不容易想出的和稀泥的办法。