朱载坖当然知道事情的严重性，对于大计是否公正的指责，已经是非常之严重的指责了。大计是由吏部、都察院共同主持的，对朝廷对于内外官员的考核，大计不公，直接就会导致吏治出现问题，这点是很重要的，朱载坖当然是是知道其中的厉害的。
这件事情，朱翊釴虽然是太子，但是也不好处理，因为劳堪这些提督大计是朱载坖亲自指定的，现在不少官员们弹劾之直接指向劳堪的，这是必须要朱载坖本人亲自来处理才行。朱载坖在详细查看了这些弹劾奏疏之后，从西苑回到了大内，朱载坖回到大内之后并没有立即召见阁部重臣。
朱载坖首先下达了上谕，命令之前因为弹劾而待参的劳堪复出，继续主持大计，同时左都御史杨继盛病愈之后再次主持都察院，稳定了言官系统。
朱载坖这才召见阁部重臣商量此事，朱载坖首先询问了这次事情的起因，也就是劳堪处分翰林官的事情，不少人认为翰林官是储相，在朝廷地位特殊，在之前的京察当中，翰林官也是不参与的，原因就是翰林官作为内廷近侍衙门，是不用参与这种外廷考察的。
但是在朱载坖将京察和外察合并为大计之后，翰林官的特殊地位就不再存在了，在大计的情况下，直接向皇帝的述职的只有两京各部院堂官、内阁辅臣、在外督抚以及发运使、河道、盐政等主官，他们是直接向皇帝述职并且由皇帝决定去留的，不过翰林官仍旧在大计中地位超然。
在之前的几次大计当中，从来没有黜退过翰林官员，也就似乎形成了一个潜规则，也就是大计不黜退翰林官员，这也是有原因的，因为这些翰林官员都是储相，虽然他们现在职务较低，但是未来可是有机会入阁的，虽然主持大计的官员们是不怕报复的，但是吏部、都察院的下级官员们毕竟还是要前途的。
现在黜退了翰林官员，人家在翰林院可不是没有朋友，等到人家的朋友入阁之后，随便报复一下这些部院的官员，都是他们所承受不起的，而且翰林官清贵，只要能够熬到五品，出路就是极大的，不管是担任高级言官出镇地方，还是担任学政等官员，抑或是在两京部院或者詹事府等衙门任职，前途都是极大的，万一对这些吏部、都察院的官员进行报复，还是很容易的，所以就形成了一个潜规则，不处分翰林官。
而劳堪这次可不管这么多，因为按照朱载坖所制定的翰林官员培养规则，翰林官在翰林院内部的迁转中，需要多次的外放到其他衙门和地方任职，以历练翰林官的能力，真正选拔出堪用的人才，这也是为了加强翰林官的能力培养，真正使得翰林院成为大明朝廷的储才之所。
劳堪这次就是抓住了这些翰林官们在地方以及其他部院任职过程中出了一些纰漏，翰林官们在地方，往往是因循苟且，因为他们虽然到地方任职，但是人就带着翰林官衔，所以他们在行政过程中往往小心谨慎，他们所担心的是不能出现民变等大事，影响了他们的额前途，所以他们的态度就是万事以稳为主，他们不愿意进行任何改革，对于朝廷的很多措施都是采取消极的态度，既不主动推行，也不认真实施，只想将自己外放的时间混满，回到翰林院来。
劳堪这次处分的就是这些翰林官们，还有一些是六科担任给事中、都给事中的翰林官，他们则是另一种极端，就是放肆妄言，按照朱载坖对于科道言官的规定，不再允许言官随意言事，言官上疏弹劾等也要言之有物，而六科则更是一个特殊的部门，作为皇帝的耳目，六科负责对于朝廷各部院进行监察，权力极重，而朱载坖为了限制六科的权力同时使得六科回到自己的主业监察上来，规定六科分科言事，不准妄言，同时也不准直接干涉部院行政，将监察和行政分开。
但是在实际操作中，这些翰林出身的给事中、都给事中们权力仍旧过大，因为他们是真正的太子近臣，是皇帝的近侍衙门，不仅仅是直接对皇帝负责的监察机关，又是翰林院的储相，所以他们是格外的放肆，更多时候不管朱载坖的禁令是如何的，他们也敢出位妄言，再加上太子监国，有些时候对于这些官员过于宽容，导致他们现在越来越放肆了，而这次劳堪可不他们废话，将他们的这些行为全部予以记录，并且加以考成，送吏部要求处分。
这下自然是激怒了这些翰林官们，翰林官在大明是清贵官，地位尊崇，其他衙门即便是强势如吏部和都察院，对于翰林院都要礼让三分，因为这些翰林官们地位极高，即便是庶吉士的地位也是不凡的，仕途发展也比之一般进士加高远，现在庶吉士更受重视，即以留翰林为主，而翰林官职责广泛，掌制诰、考议，负责经筵讲学，编修大典，而又为皇帝的近侍顾问，受皇帝所重。
翰林官员还有一大特色就是相对比较团结，作为近侍清贵之职，迁转皆出自上裁，翰林官们迁转是不易的，而且除了在詹翰系统内任职之外，翰林院出身的官员们最大的出路就是科道了，为国家比倚甚重，由翰林迁转科道，被认为是上弼主德，下警官邪，寄耳目之司，广聪明之用，这也就导致翰林官的相对集中，各种同年、同科、同馆再加上乡曲、门第、师门等关系，在翰林官里面是错综复杂的，这次劳堪处分翰林官，无疑是捅了马蜂窝。
科道严厉弹劾劳堪，认为劳堪是在破坏成例，肆意妄为，同时还弹劾劳堪党护，一是包庇乡党，也就是福建出身的官员，二就是包庇同党，他们主要是指故相张居正的一些党羽。