而另外一件大事就是水师的训练问题， 现在西洋使臣很快就要到了，朱载坖任命俞咨皋和毛海峰对于大明水师加以整训，提高水师的战斗力，这点朱载坖是很重视的，但是俞咨皋、毛海峰等人在对于水师的情况进行视察之后，认为现在大明水师的战斗力不容乐观。
由于水师平日里缺乏训练，在几场大的战事中水师也多是充当运输等偏师的职能，没有和大明水师实力差不多的水师和官军水师交战国，缺乏实战使得朝廷水师的战斗力大打折扣，只能算是粗通航海，炮术等都远远不过关，水师的战斗力是极为堪忧的，俞咨皋和毛海峰上疏请求朱载坖在水师内部行裁汰之法，对于那些不能够提升自己技术，尤其是操船、炮术的军官、士卒，予以惩罚。
朱载坖对此此事是极为重视的，朱载坖很清楚水师的作用，对于水师，朱载坖也是投入巨资的，同时也对大明水师寄予厚望，希望大明水师成为大明的海上长城，但是由于缺乏历练，水师的战斗力确实是一言难尽，这点朱载坖也是很清楚的，和大明的陆军不同，不管是对北虏、西域、海虏、女真、缅甸、交趾，朝廷官军在这二十多年里征战不断，积累了丰富的经验。
而水师平日里只能够干些缉私巡海的活，即便是有大仗，水师所能够担负的也就是帮忙转运官军或者物资粮秣等杂活，要不然就是炮击港口，断绝贸易等事情，在南洋上，大明水师确实是难觅敌手，水师官兵懈怠，也是正常的事情，朱载坖当然也知道这样的情况，现在要想给大明水师找势均力敌的敌人只能够是在西洋了，不过朱载坖现在还不打算和西洋人翻脸，但是水师的训练是必须要抓起来的。
朱载坖亲自下诏，赐予俞咨皋、毛海峰天子剑、银令箭，对于水师训练中不认真或者无法达到朝廷所规定的科目的官兵，要予以处分，同时从水师学堂调遣学员上舰，以保证朝廷水师的战斗力，加强水师强度，务必提升水师的战斗力。
对于西洋使节的情况，也要密切关注，朱载坖还命令以半年为期，对于水师予以训练，半年之后，朱载坖亲赴天津，校阅水师，检阅水师的战斗力，朱载坖以御驾校阅的方式给水师施加压力，要求水师加强战斗力。
而内廷的事情也是不断，尽管朱载坖一直不愿过早操办公主的婚事，但是现在不管是皇后、贵妃还是礼部，也都在催促朱载坖早日为瑞安公主和栖霞公主择定婚期，选定驸马了，朱载坖也不得不考虑此事了，为两位公主选择驸马，就成了现在朱载坖所要考虑的大事了。
按照大明初年的惯例，皇子到了一定年龄被封为亲王到各地戍守，肩负着保卫大明疆土的重任；皇女到了出阁的年龄就被许配给各个功臣之子，成为了政政联盟的纽带。如太祖的女儿临安公主、宁国公主、汝宁公主、福清公主、寿春公主、南康公主、永嘉公主、汝阳公主等分别嫁给了太师韩国公李善长儿子李琪、汝南侯梅兴祖儿子梅殷、吉安侯陆仲亨儿子陆贤、凤翔侯张麟儿子张龙、颍国公傅友德儿子傅忠、东川侯胡海儿子胡观、武定侯郭英儿子郭镇、都督佥事谢彦儿子谢达；懿文太子长女江都公主下嫁长兴侯耿炳文儿子耿璇。
成祖、仁宗、宣宗的女儿也是如此，永安公主、安成公主、咸宁公主等分别嫁给了都督袁洪儿子袁容、西宁侯宋晟儿子宋琥、西宁侯宋晟儿子宋瑛；这些驸马都尉基本上都是靖难功臣之子。到了宣德正统以后，常德公主、重庆公主、嘉善公主、崇德公主、仁和公主、荣昌公主等分别嫁给鄞国公薛禄儿子薛桓、参政周顒儿子周璟、靖远伯王骥孙子王增、兴济伯杨善儿子杨伟、尚宝卿齐佑儿子齐世英、故太仆卿维璁孙子杨春元，基本上主要以勋臣和官宦子弟为主。
到了仁宣之后，公主的婚嫁对象有了变化，逐渐向平民或者说是低级官吏选择驸马了，按照礼部之前在朱载坖的上疏，照惯例：“凡遇公主长成，当择婚配。圣旨下礼部，榜谕在京官员军民人等，有子弟年若干岁，容貌齐整，行止端庄，父母有家教者，许于部报名赴内府选择。本部先将报到子弟拣选，请命司礼监于诸王馆会选。”
不过朱载坖对此事还是不甚放心的，因为从历朝的情况来看，这些从民间所选的驸马其素质实在是一言难尽，诸多民间男子往往是被巨大的经济、政治利益、衣食无忧等所吸引，使得争当驸马冒险骗婚成为当时一种社会现象。因为公主下嫁时，皇帝往往会给予数目可观的嫁妆作为陪嫁，而公主、驸马的日常生活开销也由朝廷支给。更为重要的是，公主们庞大的庄田更为一般百姓所不可比及。一旦一跃而成为驸马，就意味着可以分享这笔巨大的财富。
同时尽管现在驸马没有什么政治权力，但是成为皇亲对于平民子弟来说仍然是极大的诱惑，毕竟驸马在政治地位上仍旧是非常之崇高的，享有极高的政治尊崇以及尊贵的身份，譬如在朝班上“公、侯、驸马、伯列三班于前，去文武阶次稍远，其下，则文武两班同上御道，左右分立，一品、二品为第一，三品第二，四品、五品京堂至翰林史官、吉士第三，科道、中书第四。”驸马和公侯伯一样，属于超品的存在，官员们也要对驸马予以礼敬。
同时驸马的家人也可以凭借公主和皇帝的特殊关系获得极大的好处，所以朱载坖对于此事极为上心，同时对于礼部尚书要求公开选择驸马的奏疏并没有予以批准，朱载坖命令太子先通过崇安侯看看勋臣子弟当中有没有比较合适的人选。