杨应龙亲率五万主力，试图夺回娄山关的行动被马孔英所挫败，只得狼狈逃回海龙囤，杨应龙这个时候再次向赵锦、沐昌祚等人请求投降，表示他愿意归顺大明，但是被赵锦等人予以严词拒绝，朱载坖是有严旨的，就是要剿灭杨应龙，同时对于整个西南的土司予以整肃，以加强朝廷对西南的控制力。
所以对于杨应龙的请降，赵锦和沐昌祚都没有理睬，而是督促官军加快进剿，将迅速夺取海龙囤，以结束朝廷在贵州的战事。在这种情况下，沐昌祚传檄诸军，加快进度，会师海龙囤。
现在杨应龙逃奔养马城，同时在此聚集残兵，准备负隅顽抗，养马城属海龙屯外围军事设施，建筑规模较大，有城门六座，城墙高达三丈，易守难攻，杨应龙准备据守养马城，以对抗朝廷，杨应龙的想法很简单，就是通过养马城、海龙囤等一系列坚固的工事，迟滞官军的进攻，使得官军付出不可承受的伤亡代价，这样的话官军最终还是会接受他的请降，大不了损失一些领土人口罢了，杨应龙还是能够继续在播州当土皇帝的。
但是官军肯定不是这么想的，朱载坖严旨再三，对于杨应龙是必要剿灭的，这点沐昌祚是很清楚的，所以沐昌祚率军和刘綎汇合之后，率兵准备攻取养马城。
刘綎这些日子也没有闲着，他麾下的八千人中，有五百是装备了线膛燧发火铳的善射之士，刘綎就利用他们手中的火铳优势，对于海龙囤和养马城的苗兵予以射杀，主要是射杀从海龙囤和养马城出来砍伐木柴的苗兵，将他们封锁在城内，以防止这些人出城，先截断他们的消息来源，等待官军大军抵达。
同时在刘綎的指挥下，官军甚至依靠着射程优势，于清晨、黄昏派遣善射之士射杀城头的守军，制造恐慌，也利用官军携带了各种火炮对于海龙囤的城墙进行了打击，不过海龙囤和养马城的城墙确实是非常坚固，官军携带的佛郎机和小口径火炮是很难对这些城墙构成破坏的。
等到沐昌祚、张元勋率领大军抵达海龙囤与流言会师，官军现在在海龙囤城下已经有近十万人，沐昌祚召集众将，商量此事，现在对于官军来说，最重要的就是攻破海龙囤，剿除杨应龙，沐昌祚向众将询问破城的办法，大家都看向刘綎，因为他已经在海龙囤多时了，对于附近相关情况也应该是很了解了。
对于海龙囤的情况，刘綎也确实摸得很清楚了，杨应龙久蓄异志，自然是早有准备，他在龙崖屯基础上扩建城堡、宫室，筑前后12关，在方圆十多里范围内的山上围筑坚壁巨垒。建筑物均以千斤巨石砌筑，城门嵌刻关名、城门上营造箭楼、仓库、兵营、水牢于城中，各关之间石墙相隔。
凭借险峻的山势，官军要想进攻，势必会造成重大伤亡，而且长期围城之法也行不通，据最近抓到的俘虏称，海龙囤内有水井，也储备了大量的粮食，官军想要以长期围城来破海龙囤，难度是很大，官军不可能长期维持大军在此地的，所以唯一的办法就是尽快破城，攻克海龙囤。
但是这座杨应龙苦心经营的要塞确实是易守难攻，官军现在再去调运重炮，显然是不太可能的，恐怕只能用人命去填，蚁附攻城，直下海龙囤，沐昌祚等人都是经年作战的老将了，对于这种攻城方式，他们当然知道伤亡会十分之巨大，但是眼下圣谕煌煌，沐昌祚已经顾不上这么多了。
刘綎说道：“军门，要破此城，恐怕要水火两法才行。”
在座的都是老将了，当然知道刘綎的意思，攻城确实可以用水火之法，无非就是利用坑道，挖到城墙底下，然后用水将城墙灌塌，或者用木柴以烟熏的方式逼迫守军放弃城墙。
沐昌祚经过思考之后决定，先强攻养马城，以震慑杨应龙，吸引杨应龙的注意力，然后官军在铜柱关、铁柱关的城墙根底下挖地道，然后灌水，千斤巨石砌的城墙地基被挖松，使得城墙倒塌。
于是沐昌祚亲自领兵，率领官军、土兵砍伐树木，打造攻城器械，准备攻城，沐昌祚之所以选择进攻养马城，一来是展示官军的实力，震慑海龙囤上的叛军，同时掩护刘綎在海龙囤的坑道作业，二就是考虑到养马城内的守军主要是被马孔英所击败的溃兵，他们士气不高，官军正好拿他们试试手。
在沐昌祚的指挥下，六万余官军和土兵进攻养马城，从一开打，沐昌祚所表现出来的态度就是不计伤亡的猛攻，在官军的佛郎机、火铳、弓弩掩护下，这些土兵用云梯，绳索等物直接攀援而上，准备登城，之前沐昌祚就已经颁布了赏格，先登上城的，赏银钱一万元，这些土兵们甘冒矢石，悍不畏死的登城。
官军只用了四天就将养马城攻破了，破城之后的官军，这些叛军全部诛戮，筑成京官以儆效尤，同时经过修整的马孔英部也率军赶到，官军将海龙囤团团围住，同时沐昌祚为了掩护刘綎的土工作业，大举攻城，虽然海龙囤乃播州第一险要，北、东邻白沙水、南接腰带沟、西面靠山，囤上囤下高度相差接近一百五十丈，地势险要，易守难攻，周围全是悬崖峭壁，只有一条小路可供大军通行，但是沐昌祚不顾伤亡，猛攻海龙囤。
沐昌祚命令官军进抵囤下以后筑长围轮番攻打，杨应龙则督率播州兵以滚木、擂石阻拦官军攻城。而刘綎则是率领官军的工兵，日夜不停的挖掘坑道，准备决水灌城。
经过官军十六日昼夜不停的挖掘，官军终于引白沙水灌城，使得海龙囤的外围城墙倒塌，刘綎挥舞大刀，亲率官军精锐破城，将杨应龙部包围在屯上。