朱载坖的诏书下达之后，立即引起了轩然大波，户部首先就不同意，以户部尚书刘体乾为首的户部官员立即上疏，反对朱载坖这么大规模的恢复京操班军和提升士卒的待遇，朱载坖即位以来，通过各种改革措施，确实大幅度提升了朝廷的财政收入，现在朝廷的现银收入从嘉靖朝的二百余万两激增到现在的近七百万两，但是开支的增加也是极为明显了。
开支增加最大的就是官俸和军费了，朱载坖推行的各种加强朝廷对于地方控制的手段，增加的大量的官员和吏员，官俸的开支也是节节增加，军费更是节节攀升，刘体乾等人认为，现在朝廷本来是无事的状态，就应该偃武修文，而现在军费确是节节攀升。
前几年朱载坖是大修九边边墙，在西南、西北用兵，九边的京运银每年高达二百八十万两，现在边墙修整完毕，九边的军费也恢复到二百万两左右，朱载坖又要恢复京操班军，增饷百万，练兵十六万，这个数字实在是太过于庞大了，虽然眼下朝廷财政还是能够支撑的，但是这样一来，朝廷财政又紧巴巴的了，刘体乾等人要求朱载坖减少军饷，将朝廷的银钱用在更加重要的地方。
朱载坖对于这些奏疏祭出了不报大法，一律留中不发，不予回复。
同时地方也开始以各种理由反对此事，山东都指挥刘青上疏称：“军卫本为守护地方而设，今直隶天津、德州并凤阳等 卫官军俱轮班京师操练，是以各处军卫空虚，倘祸生不测，何以临敌？”
其他各地的都指挥、兵备等官员上疏也都是这番说辞，他们认为朝廷将大批的卫所中的精壮之士抽调走了，会导致地方兵力空虚，无法镇压地方可能发生的变乱，要求朝廷考虑地方的实际情况，不要征调如此多的班操京军到京师来。
对于这些上疏，朱载坖同样采取不报的办法，根本不加以理会，同时朱载坖命令练兵军务处制定对于各都司卫所京操班军的制定惩罚措施，尤其是京操班军士卒逃亡的惩罚，其实在嘉靖年间，就已经制定了相关的措施，当时的规定是：“少军卫所官员，以十分为率，不到二分以上，行抚按官提问住俸；五分以上，将掌印官提解来京究治；八分以上，提问降级，调发边卫。领班都司亦以十分为率，八分不完，参奏调用。”
朱载坖认为这个惩罚实在是太轻了，根本不能让那些卫所军官们感到痛，必须加大惩罚力度，在朱载坖的亲自干预下，重新制定了惩罚措施，朱载坖这次制定的惩罚措施，可谓是非常之严苛了，按照朱载坖的规定，以后京操班军的缺员，不仅仅以实到人数作为考察标准，还要以士卒的质量作为考察的标准。
班操京军抵达京师修整十日之后，在京营校场举行考核，以通过考核的士卒数量作为实到京操班军士卒的数量，朱载坖规定，以十分为率，少一分，则该卫指挥、都司都指挥等一干正印官夺职，少两分，夺职、削籍永不叙用，少三分，不仅夺职，还剥夺世职，送卫尉寺从严究治，少四分以上，斩立决，全家流放缅甸、哈密。
朱载坖摆明了要用严刑峻法来整顿京操班军，同时在朝廷文官们的上疏风潮过去了之后，朱载坖才召见了户部尚书刘体乾，对他进行安抚，刘体乾之前连上三疏，请求致仕，都被朱载坖给拒绝了，朱载坖这才召见他，准备挽留刘体乾。
刘体乾的态度很坚决，就是朱载坖不能够这么大幅度的增加军饷，朝廷的财政刚刚有所盈余，现在增饷百万，一旦有各处的灾荒什么的，户部拿什么去赈济，虽然朱载坖试图以朝廷的财政收入会增加为理由安抚刘体乾，但是刘体乾认为，不能够将希望寄托在尚未发生的事情上。
朱载坖能够明白刘体乾的苦心，作为户部尚书，刘体乾执掌户部，还是很称职的，朱载坖干脆向刘体乾摊牌，自己也会从内承运库中出一部分银子，以减轻户部的负担，刘体乾当即来了精神，向朱载坖说道：“陛下，内承运库之银，本就是赏赐军士之用，何若户部出三，内承运库出七，如此士卒感念陛下之仁德，太仓也可以减少负担，岂不美哉？”
朱载坖当即表示内承运库没有这么多银子，出不了这么多，最多三成，刘体乾随即表示，出三成还不如让自己这个户部尚书致仕去吧，朱载坖只得表示看在刘体乾的面子上，再加一成，内承运库四，太仓六，多了没有，刘体乾答应了，但是提出了一个要求，就是有关京操班军的被服和甲胄军器等，太仓是真的拨不出银子了，请朱载坖从内承运库拨银去。
朱载坖答应了这个要求，刘体乾春风满面的回部办公去了。
而从山东都司的发来的奏疏让朱载坖极为愤怒，朱载坖之前命令五军都督府清理天下卫所的军籍，最先完成清理的就是山东都司，山东都司一共是十七卫，应有官军是九万五千二百人，实有官军五万八千六百八十二人，军士逃亡近一半。沿海地区的军卫，如登州卫、威海卫、靖海卫、灵山卫、鳌山卫、大嵩卫仅仅只有一、二千人。
更令朱载坖无语的是，满编五千六百人的一卫，除了济南卫等少数几个卫所兵力超过四千之外，大部分的卫所兵力少于三千，最少的东昌卫只有一千零六十七人，一卫逃成了一个千户所。
而更让朱载坖无语的是，山东都司一共就五万多官军，京操班军反而是现在各都司最多的，京操军三万二千二百三十二人，城守军一万二千三十二人，屯田军士只有区区的六千五百八十一人，剩余的则是漕运运粮军七千三百三十七人。