朱载坖将太子叫来，是为了交代他一些事情，朱载坖说道：“朕巡幸南京，你监国京师，可知道该怎么做？”
朱翊釴赶紧说道：“回父皇，政事有李阁老和内阁，军务有临淮侯、戚将军，儿臣但自读书即可。”
朱载坖听了之后哈哈大笑，这话肯定不是朱翊釴的心里话，朱翊釴是十一岁的孩童，就算生于皇家，要少年老成一些，也断然不至于能说出这种话，肯定是有人教他的。
朱载坖当即问道：“是哪个教你这么说的？是你母后还是你的师傅们？”
朱载坖毕竟已经当了两年多的皇帝，君威已经有了一些，面对朱载坖的问话，朱翊釴有些害怕，朱载坖笑着说道：“无妨，你过来坐，就当我们父子聊天，朕也不会去治罪谁的。”
朱翊釴这才说道：“回父皇，是申师傅教儿臣这么说的。”
朱载坖说道：“朕就知道是他。”这位嘉靖四十一年的状元公，倒是和李春芳这位嘉靖二十六年的状元公有些相似，两人都是极为圆滑的人，在官场上是如鱼得水，堪称大明搅拌机，什么稀泥都能和上一把。
朱载坖说道：“你申师傅教你说这话，你觉得对不对啊。”
朱翊釴看了朱载坖一眼才说道：“儿臣以为申师傅说的对。”
朱载坖命所有内侍都离开，只留下他们父子两人和黄锦在，黄锦现在是越发的衰老了，多次向朱载坖请求此去司礼监掌印的职务，但是朱载坖都没有准允，这次朱载坖对黄锦说道：“黄公公，朕去南京太子就交给你看顾了，等朕回来，天下之大，黄公公自可去的。”
黄锦赶紧跪下磕头说道：“陛下折杀老奴了，老奴拼死也要护的太子周全。”
朱载坖亲自将黄锦扶起来，然后对朱翊釴说道：“你申师傅说的是不错，若是寻常的皇帝，你也应该这么做，但是朕不是寻常的皇帝，你也不是寻常的太子，朕希望你做懿文太子那样的储君，所以对于政事，你要多留心才是。这次监国，你就看看李阁老、殷阁老他们是怎么决策政务的，不但要知其然，还要知其所以然，圣人的书要读，可以偌大一个大明，不是圣人的书就能够治理了，你看多看多学才是。”
朱翊釴赶紧答应下来，朱载坖对黄锦说道：“黄公公，此子就交给你看顾了。”
黄锦说道：“陛下放心，老奴一定谨守职分。”
朱载坖点点头，让黄锦带着朱翊釴离开，随后到坤宁宫安慰了一下李皇后，李皇后还为朱载坖准备的南下的各种所需，第二天一大早，朱载坖早早起身，首先是亲自祭告太庙，随后就是辞别太后，接受李皇后带着内眷和太子皇子们行礼送别，在文武百官的的护送下，车驾启程。
自大明门出宫向南，第一天当然是赶赴通州，准备换乘龙舟南下，随扈的大臣和护卫官军也要乘坐船只，所以整个船队异常庞大，需要时间准备，在岸上，马芳亲率精骑在两边护卫，这个时候敢来窥视的，就小心官军的箭镞吧。
朱载坖在通州休息一夜之后，登船南下，一路上朱载坖都避免下船，以免惊扰地方，除了在济宁稍微休整之外，朱载坖要求尽快赶到南京。
进入南直隶之后，朱载坖命令大军在淮安驻跸修整，这才下船，驻节淮安的河漕总督潘季驯、漕运总兵卢镗以及淮安的一众官员都赶紧前来接驾，朱载坖对他们说道：“朕又不是第一次到淮安了，诸卿不必如此。”
虽然如此，这次朱载坖可是以皇帝的身份南巡驻跸淮安的，淮安官府征用了一座盐商的宅院，用作行宫，朱载坖和陈贵妃驻跸此处，这盐商宅院虽然比不得宫内大气，但是胜在精巧，连陈贵妃都觉得非常之不错。
朱载坖可没空看这些，他到了淮安之后，第一时间就是召见河漕总督潘季驯，询问治河的情况，不管是运河还是黄河，对于大明都是极为要命的事情，朱载坖作为皇帝不能不极为关心。
潘季驯将自己的治河计划向朱载坖做了陈述，潘季驯说道：“陛下，淮、 黄既合，自有控海之势，使黄、淮力全，涓滴悉趋于海，则力强且专，下流之积沙自去，海不浚而辟，河不挑而深。”
说白了就是潘季驯所言的束水冲沙的办法，朱载坖还详细询问了潘季驯的治河主张，潘季驯认为祖陵水患为第一义，次之运道，又次之民生。对于大明的治河臣子来说，凤阳的祖陵就是最重要的事情，然后就是运河的通畅，至于百姓的生计，那就基本不在他们的考虑范围内了。
潘季驯见朱载坖沉吟不语，说道：“陛下，臣以为惟黄河犹人身之肠胃，祖陵其腹心，运道其咽喉，而生灵赤子皆肌肤也。”
朱载坖看了潘季驯一眼，问道：“潘总河真的这么认为吗？万千百姓的生计，就完全置之于不顾吗？”
朱载坖起身，看着潘季驯，希望潘季驯给自己一个答案，潘季驯赶紧跪下说道：“陛下，世间两全之法尚不得有，哪有三全之法也？惟陛下明鉴！”
潘季驯虽然没有明说，但是已经说的很明确了，一旦完全采用潘季驯的办法，肯定是要有后患的，不可能祖陵的安危，运河的通畅还有百姓的生计都能够保全，总要有所舍弃才行。
朱载坖说道：“潘总河可知道这是何处？”
朱载坖接着说道：“淮安等州府处南北之冲，为要害之地，太祖之创造帝业，实以此为根本。江南之输运钱粮，实以此为喉襟。况自古奸雄启衅召乱，多从此地。总河要深思啊！”
朱载坖知道潘季驯的想法，作为臣子，他肯定是不敢提淹大明祖陵的话来的，运河也是必须要保的，这两点之下，沿岸百姓的生计，那就只能被潘季驯舍弃了，潘季驯作为臣子，没得可选，朱载坖作为人君，似乎也没得可选，他是朱家的儿孙，总不能作出放水淹自家祖陵的事情吧？
那天下回怎么看自己这个皇帝，运河干系重大，也是须臾不能断的，一旦运河有事，东南的钱粮无法及时转运到北方，那是要出大乱子的，所以潘季驯只能选择牺牲淮泗之地的百姓来保全前两者。
但是朱载坖并不甘心，这样做的结果朱载坖是很清楚的，所以朱载坖对潘季驯说道：“潘总河，朕对你寄予厚望，你要仔细思量，保全三者，尤其是运河和百姓的生计，干系甚大，祖陵也是万年根本之地，百祥肇始之区，不可以懈怠，潘总河仔细思量，待朕回程之时，还会召见潘总河的。”
潘季驯赶紧领命而去，朱载坖在淮安休整两日之后，再度启程，赶赴南京。