十万年前的一场圣战，冥王和雪皇相继被封印。七大平行宇宙迎来了十万年的平静。
十万年过去了，冥王将在七天后苏醒，届时，七大平行宇宙将迎来一场末日浩劫。为了阻止这场浩劫，四位满怀信念的超兽战士义无反顾地踏上消灭冥王之路。可惜，当他们要出手毁灭冥王的一刻，也正是冥王完全苏醒的时候。
超兽战队全部被冥王打入玄冥黑洞的内部，在逆境中大家遇到雪皇等人，众人合力一起冲出了玄冥黑洞。
冥王和雪皇两个宿敌展开激战，即将同归于尽之际，几位超兽战士出手相救，却被卷入虫洞，意外回到十万年前，他们面对着自己不为己知的过去，作为超兽战士的信念逐渐崩溃，他们必须重拾信念，认识自己真正的使命。
在超兽武装的世界观里，总共存在着七个互相平行的宇宙。这些平行宇宙之间有着高度的相似性，在其他的平行宇宙中可能会存在与自己的平行宇宙一模一样的个体，但平时七大平行宇宙之间只能通过虫洞来进行相互穿越，并且虫洞会存在非常巨大的引力，可以毁灭一切外来物质，所以需要有很强的承受能力才可以穿越各个平行宇宙。
而每隔十万年，七大平行宇宙就会因为自身强大的引力而联通在一起，并持续七天的时间，在这七天之内，只要有足够强大的异能量，就可以穿梭于各个平行宇宙之间，而不需要再局限于通过虫洞来穿越各个平行宇宙。七天之后，七大平行宇宙就会再次分离，在这期间，谁的信念足够坚定和强大，谁就可以进入永恒轮回，而信念最强者甚至能将他的信念灌输到七大平行宇宙，从而达到统治世界的目的。
第一宇宙
火麟飞、苗条俊和玄易子所存在的世界，天羽也在这个世界长大，在这个世界主要生活着人类。这里也出现了与其他超兽战士完全相同的个体，包括天羽、龙戬、泰雷、夜凌云、风耀、风影、baboo、龙莹等等，验证了各个平行宇宙之间有着极大的相似性的理论。
第二宇宙
龙戬所存在的世界，冥界四大护法之一的蝎子王龙莹也归属于此。在这个世界生活着龙族，龙族又分成了白龙族和青龙族。十万年前龙族爆发了内战，白龙族被青龙族灭绝；十万年后，白龙族最后的遗孤龙莹又将青龙族灭绝。
第三宇宙
泰雷所存在的世界，冥界四大护法之一的鲸鲨王也归属于此。这里的地球是一个沙漠星球，并且社会制度还停留在奴隶制，在这个世界生活着金象族和鲸鲨族。十万年前金象族占据着统治地位，并且有第七平行宇宙的白虎族部队作为支援，鲸鲨族则作为奴隶阶层。后来鲸鲨王在泰雷和元正的帮助下，带领鲸鲨族奴隶成功地推翻了金象族的统治，使鲸鲨族和金象族暂时处于平等地位。十万年后鲸鲨族已经转而占据了统治地位，金象族变成了奴隶阶层，鲸鲨王则成为了冥界四大护法之一。
第四宇宙
夜凌云所存在的世界，这里的地球的地理环境非常特殊，磁场会频繁的交换两极，从而产生强大的电磁干扰，会对来自其他平行宇宙的战士进入超兽武装状态产生影响。在这个世界生活着云蝠军团，也是归属于冥界的族群势力之一。十万年前，云蝠军团是七大平行宇宙中个体作战能力最弱的部队，此时夜枭子是云蝠军团的领袖，后来夜凌云夺取了领袖位置，并使云蝠军团练习了巨能云蝠阵。十万年后，云蝠军团已经成为七大平行宇宙中战斗力最强的部队，夜凌云也成为了冥界四大护法之一。
第五宇宙
冥王所存在的世界，天羽、狮王也归属于此。这里的地球又被称为冥界，地理环境极其恶劣，并且存在着一股很强的黑暗引力，除了放松身体化解这股引力之外，就只有强者才能够挣脱引力的吸引。在这个世界主要生活着狼族和狮族，也有凤凰族等其他族群的存在。
第六宇宙
baboo所存在的世界，在这个世界生活着baboo家族。这里的地球环境非常优美，baboo家族也是生性善良、热爱和平的族群。但因为每只baboo都具备很强的异能量，并且整个baboo家族毫无战斗能力，所以这个世界历来都是兵家必争之地。
第七宇宙
雪皇、风耀、风影所存在的世界，元正、鬼王也归属于此。这里的地球常年积雪，在这个世界主要生活着白虎族，也有后来加入的凤凰族等其他族群，基本上都归于以雪皇为首的雪宫来统领。十万年前白虎族是七大平行宇宙实力最强的族群，足以干涉各个平行宇宙。
异能量
在超兽武装的世界观里，异能量是宇宙中生命体存在的一种形式，每个生命体都会蕴含或多或少的异能量，而只有超兽战士具备远超普通生命体的异能量。异能量的数量级非常高，比普通的核能量要强大十亿倍，因此异能量以黑洞或者白洞来作为计数单位。一般情况下异能量至少要达到自身正常值的60%才可以进入超兽武装状态。
异能量的来源是信念，异能量的高低取决于信念的强弱，超兽战士的异能量也会随着信念的增强而不断提升。当超兽战士的信念坚定到一定程度，就可以更加自如地使用、激发或者大幅度提升异能量，甚至可以摆脱对异能锁的依赖。反之如果超兽战士丧失了坚守的信念，他们的异能量就会降低到已经无法检测出来的程度，变得连普通人也不如。
异能锁
异能锁主要有以下功能:
1、异能锁作为一个体内异能量的开关，帮助超兽战士引爆体内所有的异能量，进入生命的最高能级状态—超兽武装状态。如果没有异能锁来引爆体内的异能量，超兽战士只能在现有的基础上提升至少十倍的异能量才能摆脱对异能锁的依赖进入超兽武装状态。
2、异能锁本身无法增强使用者的异能量，但可以激发体内隐藏的异能量。而由于使用者本身的异能量属性各不相同，所以启动异能锁进行超兽武装时也会出现各种各样的情况，有时使用者需要外力或者外部环境的调配才能顺利进入超兽武装状态，例如天羽需要经过黑洞的洗礼、火麟飞和龙戬需要相互热血交融才能顺利完成异能量聚变进入超兽武装状态。
3、异能锁可以储存使用者的异能量，从而使其他的使用者也能从异能锁中增加自身的异能量。
4、异能锁可以作为通讯设备用于传递画面和信息。