小智和小霞这天正在悠闲的吃早餐中，意外接到了小光的联系电话，说她的波加曼被人给拐走了！
时间回到半个小时前，小光正在缘之市的公园中进行日常的华丽大赛练习，正斗志十足的时候却发现波加曼在一旁打瞌睡，波加曼在最近的两天总是睡懒觉，吃饱了就去睡觉。小光对波加曼说教了几句，波加曼就生气的跑开了！
小光急忙去追，却追到附近森林的时候，波加曼被一个女生带进了一个红色的光环中，小光惊讶发现带走波加曼的这个女生竟然和她长得一模一样！小光从惊讶中回过神来的时候，那个红色的光环却消失了，那个女生和波加曼都一起不见了！
小光用尽了办法也找不到波加曼，小茂最近都在天冠山帮助训练梦幻计划的追迹者的成员们，说起神秘事件，求助于小智才是最稳妥的决定。
小霞道：“小智你看，这是联盟刚发到我们这里的消息，最近在神奥地区接连发生了好几起宝可梦消失的事件，跟波加曼的事情是差不多的情况。”
小智道：“事不宜迟，我们先到缘之市见到小光再说吧！”
小光此时正情绪低落地坐在公园的长椅上，见到小霞就抱住了她，声音带着哽咽道：“小霞，我的波加曼......”
小霞安慰道：“我们来了，小智会找回波加曼的，别担心啊！波加曼一定会没事的！”
小光擦掉眼泪道：“我知道！现在已经没问题了！”
等到小光的情绪彻底平静下来后，小智才问起了细致的问题，小光道：“带走波加曼的那个女生跟我长得几乎就是一模一样，连衣服和帽子也是一样的，只是颜色有些不同，那个女生抱着波加曼就进入了发着红色光芒的光洞中，然后就和波加曼一起消失了！”
小霞道：“听上去感觉和究极之洞很相似。”
小智道：“小光我们这边在接到了你的电话后，就收到了联盟的消息，最近这段时间以来神奥地区发生了多起宝可梦消失的事件。看样子这些事情有一定的联系，这个光洞一定和某个地方相通。”
小光道：“那到底和什么地方相通，我们要从什么地方开始调查呢？”
小智道：“说到异空间，接下来就拜托帝牙路卡和帕鲁奇亚看看吧！”小智立刻用波导之力沟通了帝牙路卡和帕鲁奇亚，只是调查还需要一些时间。
此时神秘的红色光洞再次出现，从里面出来的正是熟悉的火箭队三人组，只是看上去又不太像的样子，至少熟悉的三人组没有这么精明的样子。
小光道：“难道是火箭队他们将波加曼带走的？”
“小次郎”道：“攻击开始！恶之波动！”
“喵喵”朝着公园中的训练家们使用了恶之波动，无差别进行攻击。小智道：“还真的不是我们熟悉的火箭队，皮卡丘不用客气，直接使用十万伏特！”
强大的十万伏特电流，命中了“火箭队三人组”他们居然没有起飞，只是宣布了撤退，就回到了光环内。
小智找准了时机，在他们撤退的时候跳进了光环内，小光紧随其后。小智在光环关闭前将发讯器丢给了小霞，道：“小霞，外面的定位交给你了！”
小霞道：“小智你放心！”
两人眼前的景象还是在缘之市的公园里，只是这个世界的天空被极光所笼罩。
小光道：“小智这里是？”
小智道：“类似于反转世界的地方，要是我猜的不错应该是平行世界。刚才小光你说的不错，就是‘火箭队’他们做的，但是却是平行世界的火箭队，我在他们的身上察觉到了帝牙路卡和帕鲁奇亚的波导，应该是他们引起了两只的争斗，才使得平行世界交互的！”
小光道：“就是说波加曼也被带到这里了吧！虽然看着有些奇怪，但是有两个火箭队就是说明也可能有两个我或者是小智你，那么带走波加曼的还真可能是平行世界的我！小智我们去双叶镇我家中看看吧！”
小智道：“不错的主意！”
在这个世界不过半天的时间，小智和小光就来到了双叶镇的小光家门外，小光道：“看上去跟平常没有区别，只是早晨的时候妈妈发给我的照片上明明是鲜花盛开的。”
小智道：“这么说起来的话，我们从缘之市来到双叶镇，一路上的花都似乎是消失了，小光你看，只有叶子，连花朵或是花苞都没有。甚至是连宝可梦也没有！”
小光反应了过来，道：“确实，我一路上除了皮卡丘外就没有再看到宝可梦！刚才的汽车上遇到的人都用羡慕的眼神看着小智和皮卡丘！”
小智道：“小光你说的奇怪感觉就是这个。”
小智和小光进入了小光的家中，看到了墙上挂着的照片和奖杯都是标明给神奥联盟亚军的小光的，照片上的“小光”的衣服和小光的颜色还不同，唯一相同的是照片里的“小光”也抱着一只波加曼。
小光在房间里看了一圈，道：“虽然我的房间没有改变，但确实这里不像是我的房间。”
小智道：“那就能确认这里确实是平行世界了！”
这时，楼下突然传来了声音，小光慌乱道：“该怎么办啊？”
小智道：“这里是‘小光’的家啊！”
小光道：“对哦！”
房间门打开，一模一样的“小光”抱着波加曼惊讶的看着小光。波加曼挣脱了“小光”的怀抱，扑进了小光的怀抱中。
小光开心道：“波加曼我终于找到你了！”
听小光说了全部的事情后，“小光”才明白波加曼不是她的那只。“小光”道：“那个光环是用来连接这个世界和你们那个世界的通道。首先请让我道个歉，非常抱歉，我把波加曼给带走了！那时我想很快就能还给你的，但光环关闭后我就不知道怎么再次开启。”
小光摇头道：“没关系的，我看到照片了，你和波加曼的关系应该很好吧！所以我能够理解，宝可梦被带走是多么的难受。”
小智道：“那么能跟我说说这个世界的宝可梦们都怎么了吗？我们来到这个世界的半天时间中，除了我的皮卡丘和波加曼以外就没有出现过任何的宝可梦了！”
“小光”点了点头道：“你们跟我来吧！”
“小光”带着两人来到了真砂镇的宝可梦中心，“小光”走继续到进了一个仓库中，这个仓库中柜子上都放着宝可梦的蛋。“小光”走到一个蓝色的蛋前停下，道：“这就是我的波加曼，波加曼变回精灵蛋了！这里所有的精灵蛋也都是一样的情况。某天，神奥各地的不可思议的光环相继打开，不久之后就发生了异变。宝可梦们开始遗忘已经学会的招式，就像是时光倒流一般，大家陆续变回了进化前的样子，直到宝可梦们都变回了精灵蛋。山梨博士到现在还在研究这个情况！”
“有一天，我偶然通过光环看到了对面的波加曼，因为和我的波加曼太像了，所以我才......”
小智道：“根据‘小光’的话判断，时间和空间确实发生了异变，也就意味着这个世界的帝牙路卡和帕鲁奇亚出了问题，发生了空间与时间的扭曲，所以也才会形成光环连同我们的世界。要想拯救这个世界的宝可梦们，那就必须先找到这个地区的帝牙路卡和帕鲁奇亚。”