小智他们昨天晚上从乔伊小姐那里得知了，帆巴道馆的道馆训练家菊老大正在回来的路上，后天应该就可以进行道馆赛了。
但小智他们来到帆巴市的第三天的早晨，乔伊小姐、查尔斯和琳达一起来找了小智。
查尔斯道：“小智搜查官，现在我们有件事想要请你帮忙！”
小智问道：“什么事？”
乔伊小姐道：“事情是这样的，最近这几天以来宝可梦中心就没有收到复活之草，相信小智博士也知道复活草在治疗中是不可或缺的草药，现在只剩下了最后的一株。要是还没有新的复活草送来的话......”
琳达道：“帆巴市的复活之草都是从三云岛采集的，但我们从售卖药草的摊主那里了解到，不是没有而是复活之草都枯萎了！”
小智分析道：“看样子是三云岛出事了！我要是记得没错的话，三云岛传说中居住着龙卷云、雷电云和土地云所以才被称作三云岛吧！要真是这样的话，就说明是这三只宝可梦发生了事情。乔伊小姐请你安排好船只，我们去三云岛上去看看。”
有宝可梦中心专门安排的船只，不到一个小时小智三人就来到了三云岛上。天桐确认地图道：“没错了，这里就是三云岛了。三云岛是由一个大的主岛和两个小的岛屿组成的。不过现在，我们要从什么地方调查起呢？”
小智道：“还是要先去看看复活之草的情况。”
艾莉丝道：“哎，那里有个老婆婆，老师我去问问吧！”
艾莉丝带着牙牙上前问道：“不好意思老婆婆，我们听说这座岛上有复活之草，不知道在哪里可以采到啊？”
老婆婆抬起手指着岛上最高的那座山道：“要想采到复活之草的话，就要翻过那座最高的山，到再后面的山上才有。路程有点远，后面山的山腰处住着一个叫做尤特的年轻人，他知道具体的位置他也是采集复活之草运到帆巴市的，你们需要的话可以去问问他。”
艾莉丝感激道：“谢谢你老婆婆！”
艾莉丝将打听到的事情跟小智与天桐一说，三人就开始顺着山间小路向上攀爬。这座山是真的高，翻过高山再爬到后面山的半山腰的时候，太阳都快下山了，他们的脚程还算是快的了！
天桐道：“我们到了，但是尤特在那里啊！我们一路走来也没有看到房子之类的地方啊！”
艾莉丝指着从树林中走出来的一个身影道：“那个人会不会就是尤特啊！”
一个青年不断朝小智三人的方向走来，小智上前拿出了证件开门见山道：“你好，我是宝可梦搜查官，我是来三云岛调查复活之草的事情的。请问你就是尤特先生吧！”
尤特点了点头道：“没错，我就是尤特。现在天已经快黑了，先去我的小木屋中，我再将事情从头说说起吧！走这边！”
尤特的小木屋就在树林之后，虽然简陋但里面却很干净。只是小智三人在走进屋子的时候就注意到了躺在床上看上去很难受的裙儿小姐。
天桐道：“这是裙儿小姐吧！”
尤特道：“没错！这是我的裙儿小姐，我的工作是受联盟委托在这里采集复活之草并运送到帆巴市的宝可梦中心，多余的才会进行售卖。平常都是裙儿小姐在森林中帮我寻找复活之草，只是现在......不仅裙儿小姐，还有这附近生活的草系宝可梦都是这样。”
艾莉丝道：“是不是这里的土地影响到了草系宝可梦们，大婆婆曾经说过草系宝可梦们会因为土地的变化而变化，要是土地肥沃这里就会聚集大量的草系宝可梦，反之草系宝可梦变得没有精神、难受，就会越来越少。”
小智道：“很有可能！尤特先生，我从帆巴市场了解到的消息是复活之草枯萎是怎么一回事？”
尤特道：“没错，复活之草都枯萎了。”
天桐问道：“我想知道为什么只有三云岛才会生长复活之草呢？”
尤特道：“这个说来话长了，三云岛上自古就有一个被称为丰饶之神土地云的传说。很久很久以前，这座岛被卷入了雷之神雷电云和风之神龙卷云的激烈斗争之中，陷入了极度危险的状态，当时挺身而出阻止这场战斗的就是土地云。”
“那个时候岛上的居民用复活之草帮助治疗土地云的伤势，恢复力量的土地云击退了龙卷云跟雷电云，为了感谢岛上的居民，土地云就把这片土地变得丰饶。从此之后，这座岛上就开始大量的生长复活之草了。”
尤特担忧的看着床上的裙儿小姐道：“可是，再这样下去裙儿小姐跟草系宝可梦们都会变得更加衰弱，甚至是森林都会枯萎。就算下场雨也好，所以明天我想举行一个求雨的仪式。”
小智道：“求雨我想应该只能缓解一时作用不大！最好是尽快找到原因，不然这座岛都危险了！”
尤特道：“我知道，但目前我能做的就只有这个了。”
这时，一只歌德小童拿着一株枯萎的复活之草从窗户跳了进来。尤特道：“这是我的另一个搭档，歌德小童。传说中帮助了土地云的宝可梦就是歌德小童。”
歌德小童将手里枯萎的复活之草递给尤特，只是一碰就碎成了粉末。歌德小童为没有帮助到尤特而难受，尤特安慰道：“这也是没有办法的事啊！歌德小童今天有客人来哦！”
歌德小童很快就跟皮卡丘和牙牙玩在了一起。
这一夜很快就过去了，次日一早尤特就带着小智三人前往了土地云的神庙。他们几人都拿着一些干草，都放在了神庙下面的位置。尤特道：“这就是土地云的神庙了，只要焚烧这些干草，再通过歌德小童就能将想法传递给土地云了。”
尤特将干草点燃，单膝跪地诚恳开口道：“土地云大人，土地变得贫瘠采不到复活之草了，请您在这座岛上降下恩惠之雨吧！”歌德小童发动了念力，身上散发出来的紫红色的能量包裹住了干草燃烧形成的烟雾，在土地云神庙的上方形成了雷云。
艾莉丝道：“这样应该就能下雨了！”
突然间雷云开始反方向席卷了起来形成了龙卷风，雷云中爆发出一阵嘶吼声，瞬间雷云消散，出现的不是土地云而是龙卷云！