在回双叶镇的客船上，小智看出了小刚有心事的样子，问道：“小刚你怎么了？”
小霞调笑道：“这可不像平常的小刚哦！”
小刚道：“我只是......想呼吸一下新鲜的空气。”
小光道：“就是这样才奇怪啊！小刚你有什么事可以跟我们说。”
小智走到了小刚的身边，拍了拍了小刚的肩膀道：“抵达港口后，我们几人就要分别了！”
小刚道：“小智你们就是从双叶镇的港口踏入神奥地区的旅程的吧！”
小智道：“是啊！回关东后，我们还能结伴旅行一段路程，小刚要回尼比市吧！我送小霞回华蓝市后，我也要回真新镇一趟，大木博士应该在等着我关于月月熊的论文，再陪我妈妈几天，然后就前往合众地区。”
小光道：“我也要回家待几天，好好吃几顿妈妈做的饭菜，虽然小刚和小智都做饭很好吃。”
正在此时，突然传来一阵求救的声音，是个女生在求救：“快来人，求求你们帮帮忙吧！”
小智四人赶到的时候，客船的船舱中不知道什么时候闯进了许多只的毒刺水母，几只年幼的宝宝丁、皮丘、小果然它们都中毒了。
小智运转沧海之力，安抚好了毒刺水母它们重新回到海中后，小智他们又将受到毒刺水母攻击的宝可梦都集中在了一起，中毒的宝可梦不少，但那几只年幼的宝可梦中毒更加严重，尤其是皮丘。
它们都是宝可梦托儿所的实习老师信子负责照顾的宝可梦，已经有人联系了最近的宝可梦中心的乔伊小姐，但因为这里是在海上的客船，赶到最近的宝可梦中心也需要两个小时。
小智道：“小刚，我相信以你的能力可以帮助它们的！也能同时帮助到你！”
小刚笑道：“还是小智你最了解我！”小刚拿出了听诊器做了检查，小智从背包中拿出几种树果递给小刚，小刚研磨果实后制成了果汁，宝可梦们的情况都好转了起来。
只是皮丘喝了解毒用的果汁后却还在发烧。小刚的好运蛋着急之下进化成了吉利蛋，用生蛋技能帮助皮丘恢复了体力，再加上小智的常磐之力很快就恢复了健康。
两个小时后通信船就到了宝可梦中心所在的岛，乔伊小姐帮忙检查了一下中毒的宝可梦的情况，全部都已经恢复了健康。皮丘它们几小只已经在皮卡丘的带领下玩耍了起来，一点都看不到刚才还是中毒的状态。
信子看着恢复健康的宝可梦，朝小刚道谢道：“小刚先生，真是非常谢谢你！”
小刚连忙摆手道：“要谢就谢小智提供的树果吧！我只是做了急救措施而已。”
乔伊小姐道：“小刚你应该能成为一个很出色的宝可梦医生呢！”
“宝可梦医生？！”
乔伊小姐的话似乎在小刚的心中点燃了一盏指路的明灯，小刚笑道：“原来，还有这条路啊！”
小刚的犹豫与顾虑似乎都消失了，小智道：“看样子小刚你不再迷茫了，你也找到了自己的路！”
小刚道：“没错！大家听我说，我要将累积至今的饲育家经验好好运用，成为一名宝可梦医生！但我也不会放弃我的世界第一的饲育家梦想的，就像小智同时进行道馆赛和华丽大赛那样！”
“既然决定了，那么我就必须好好学习，没有办法像过去一样旅行各地了！小智我跟你的旅程也将告一段落！”
小光道：“宝可梦医生啊！听起来好酷啊！小刚我们都相信你能成为最优秀的宝可梦医生的！”
小霞道：“小刚，我们都一起好好努力吧！”
小智道：“那我们就各自向着各自的目标而不断前进吧！”
“好！”众人齐声道。
客船在傍晚时分到达了双叶镇的港口，彩子在这里已经等候多时了！
次日，小智三人要乘坐的回关东的船将在下午三点出发，早晨众人在电视机前观看了大叶挑战竹兰的冠军挑战赛。
大叶的烈焰猴不敌竹兰的裂咬陆鲨最终依旧败北。
小光送小智三人到了码头，道：“大家要保重哦！要开船了，大家都快上船吧！”
小霞抱住了小光，柔声道：“小光这个世界没有想象中的大，来关东的话就到华蓝市找我哦！”
小智道：“神奥时空传说有一句是这么说的，友情是珍珠，回忆是钻石。小光没问题的！”
小光擦掉了眼泪笑道：“嗯，有时间我会去找大家的！”
“小智、小刚、小霞，我真的很感谢你们！”
“波加！”
前往关东的船开走了，小智三人也即将回到关东。
火箭队三人这边，因为将银河队覆灭以及逮捕猎人J的事情说成自己的功劳上报之后，竟然真的得到了火箭队老大板木的赏识，似乎要委以重任。
小智三人再次来到分别的三岔路口，只是这次小智要跟小霞先去华蓝市，小刚要返回尼比市。
小刚道：“要在这里分别了！”
小智道：“是啊！”小智伸出了手，小刚也握住了小智的手，两人的肩膀相碰，小智道：“小刚，我相信你一定能成为宝可梦医生的！”
小刚道：“未来的宝可梦大师，不过现在基本已经算是了吧！”
“那么......再见了！”
“皮卡！”
神奥地区的旅程结束了，但是新的合众地区的旅程又要开始了！