返回苑之镇宝可梦中心的小智一行人，在救出了帅哥、武藏和小次郎后，时间也已经晚了，所以便决定在宝可梦中心休息一晚，第二天再出发。
小智三人当晚，同时做了一个梦！在一个五彩缤纷、色彩斑斓的空间中，亚克诺姆、艾姆利多和由克希在小智三人的面前现身了，只是很快这个彩色的世界被黑暗吞噬，一团黑影将三只宝可梦整个的吞噬。
此时他们同时从梦中惊醒，小智道：“小刚、小光你们刚才也做梦了吧！亚克诺姆它们有危险了！”小智突然感受到了亚克诺姆的危险，他道：“我们立刻赶去立志湖，银河队对亚克诺姆动手了！”
路上小智直接拨通了竹兰的电话，告知了立志湖的事情，竹兰告诉小智现在在立志湖的是小茂。小智再次拨通了小茂的手机，这次看小茂能拖多久了。小智三人直接从空间中直接到达了立志湖湖畔。
天刚蒙蒙亮，立志湖的上空出现了银河队的飞艇，岁星下命令道：“立刻下降高度到500，准备投掷银河炸弹！”
小茂接到了小智电话后，就发现了银河队。小茂向山梨博士的研究所汇报道：“山梨博士，这里立志湖的小茂，银河队开始行动了！我先前往拖延！”
山梨博士博士这边立刻联系了心齐湖的勇造和睿智湖的芥子兰博士。小茂这边正欲行动，镇星的毒骷蛙从背后偷袭了小茂，小茂电击魔兽接下了毒骷蛙的恶之波动，因此也没有后续继续战斗的能力。
小茂收回了电击魔兽，派出了月亮伊布和水箭龟，水箭龟已经完成了超级进化，镇星一个人就将小茂牵制住了，他无法腾出手去救亚克诺姆。
银河炸弹已经被猎人J投入了立志湖中，亚克诺姆从立志湖中现身了！
小茂道：“这是什么？”
镇星道：“我来解释一下吧！这是银河炸弹，是从帷幕市的陨石能源制造出来的。可以将空间炸出巨大的开口的炸弹。亚克诺姆并不是像传说中的就住在湖中，而是在以湖泊为形式存在的通往异空间的门中。一直注视着我们的世界！”
亚克诺姆现身后，睿智湖和心齐湖中异空间之门也开启了。
亚克诺姆在银河队的强大攻势下已经被银河队已经捕获成功了，小智三人来晚了一步，亚克诺姆已经被带走了。
不过跟小茂交手的镇星就没有这么好的运气了，小智的皮卡丘直接将毒骷蛙废了，随后赶到了君莎小姐将镇星带走，送进了监狱。
小智道：“小茂你没事吧！”
小茂傲娇道：“你看我像有事的样子吗？只是那个叫镇星的宝可梦太难缠了。”
小智道：“既然没事我们现在就去天冠山！银河队的目的地就是在天冠山！”
他们同时点了点头，下一刻一行人就出现在了天冠山。
天冠山上，火箭队意外又与帅哥汇合了，帅哥对火箭队三人道：“你们也来了！现在的天冠山整个都在银河的监视之下，说不定他们早就已经发现我们的行踪了！”
竹兰道：“他们已经知道了！”竹兰也赶到了天冠山，她听到了帅哥的话。
帅哥担忧道：“竹兰小姐，神奥三湖中的宝可梦......”帅哥听小智说过目前银河队的目标是三湖中的亚克诺姆它们，竹兰出现在了，是不是就意味着银河队已经得手了？
竹兰道：“小智他们晚了一步！现在相信他们也正在往天冠山赶。”
帅哥严肃道：“只希望他们来得及！”
枪之柱，传说中阿尔宙斯就是在这里创造了骑拉帝纳、帝牙卢卡以及帕鲁奇亚。借助小智的波导之力达到天冠山的小智四人，也很快与帅哥以及竹兰汇合。
此时的银河队总部中，冥王正在把红锁链的石头用在控制三圣菇身上。红锁链被放置在了三圣菇的额头上，红光如波浪般荡开，三圣菇同时痛苦的叫出了声。正在枪之柱外的小智三人的头突然一阵疼痛，小智三人居然被瞬间移动了！下一秒就出现在了三圣菇的面前。
冥王笑道：“果然成功了，帷幕市的陨石果然是阿尔宙斯创造星球的碎片！里面充满了神明的力量！”
赤日笑容满面的看着被完全控制的三圣菇，他的理想要实现了！
竹兰他们见小智三人突然消失，也明白了是三圣菇的召唤。
竹兰和帅哥他们按兵不动，继续守在了枪之柱这里。小智三人见到三圣菇被控制之后也开始了动手，胖丁出场就瞬间放倒了一群大嘴蝠。但是三圣菇却跟在了赤日的身后，离开了！
赤日手上的手套正是用红锁链制造的。
冥王道：“阿尔宙斯创造了这个世界，所以世界上的所有宝可梦也不可能反抗阿尔宙斯的！所以现在赤日就是创造世界的神明！”冥王说完也跟着赤日走了。
小智道：“开什么玩笑！达克莱伊该你们出场了！使用黑洞！”
小智三人解决完所有银河队的成员后，赤日和冥王以及岁星已经乘坐飞艇离开了。小智三人通过空间先一步重新回到了枪之柱。
竹兰问道：“怎么样？”
小智道：“亚克诺姆它们已经被赤日控制了！赤日他们马上就到！”
仅仅十分钟过去，银河队的飞艇就降落在枪之柱的前面。小智系统背包中的枪之钥不安的震动了起来。小智道：“赤日这次将所有的东西都带来了，让枪之钥产生了共鸣。”
小智走了出去，道：“赤日！”
赤日没想到小智他们居然还能先一步达到枪之柱，赤日道：“小鬼，用枪之钥开启枪之柱吧！”小智也没有第二种选择了，三圣菇现在都在赤日的手中。
小智拿出了枪之钥，枪之钥飘了起来，融入到枪之柱金色的光球中，耀眼的光芒瞬间释放出来。赤日将手放在了光球上，门扉被打开，一颗光球跳跃而出，形成了白色的光梯向下延伸！
小智道：“带路吧，赤日！”
赤日他们带着四个大箱子先行，小智众人紧跟其后走进了枪之柱。小智手里的神兽随便拿出一只就够银河队喝一壶了，至少目前赤日是不敢跟小智翻脸的，等到帝牙卢卡和帕鲁奇亚降临，一切就都不是威胁了！
枪之柱深处是一个巨大的空间，这里的地面上有着一个三角形的石块，跟小智他们之前在神和遗迹看到的一样。赤日挥挥手，亚克诺姆他们就已经自动落在了三个角上的石柱上方，金刚宝珠以及白玉宝珠，都已经安放在了指定的位置，赤日疯魔道：“亚克诺姆、艾姆利多、由克希！将自古传承下来的力量灌注在金刚宝珠和白玉宝珠之上吧！以创世之神的力量，将时间与空间重叠吧！”
只是赤日的话音落下很久，都没有产生任何的反应。小智打了个哈欠，道：“帝牙卢卡和帕鲁奇亚什么时候来，我都等困了！”
赤日不可置信道：“怎么会这样！”
小智突然道：“动手！”玛夏多从小智的影子中钻了出来，同时出现的还有两只达克莱伊，三只一齐动手将三圣菇额头上控制它们的红锁链打碎，救下了三只。
它们恢复了神智，竹兰的烈咬陆鲨抢下了金刚宝珠和白玉宝珠。
这边顺利解决，只剩下一个红锁链了。梦幻一发精神强念就把红锁链的发射机器直接毁了，现在赤日的手套完全就发挥不了任何作用。
小智道：“赤日你想要个新世界有什么困难的，我完全能满足你！”小智拿出大金刚宝玉、大白宝玉、以及大白金宝玉，空间开始扭曲，帝牙卢卡、帕鲁奇亚和骑拉帝纳同时现身，三只同时使用了力量在赤日的面前形成了充满和平、鸟语花香的世界。
赤日疯狂大笑：“没错，这就是我想要的世界，我就是这个世界制定秩序的人！”赤日直接跳了进去，当赤日跳进去的一瞬间，黑暗将其吞噬，这哪是什么新世界，只是三只宝可梦所形成巨大空间的夹缝而已。
进入也就意味着死亡！
冥王可惜道：“就只能到此为止了吗？”
帅哥道：“你以后也就只能在国际监狱里继续研究了！”帅哥将冥王和岁星拷上了手铐。
小智道：“赤日挺可悲的！多谢你们的帮助，回到你们的空间去吧！”
神奥三神各自回到了空间中，竹兰道：“小智你还真是让人惊讶，你居然能召唤帝牙卢卡它们！这次的事情多谢你了！”
小智道：“竹兰小姐，我是宝可梦搜查官这是我应该做的。”
三圣菇在跟小智三人告别后，也各自回到了它们的空间中。金刚宝玉和白玉宝珠由竹兰送到神和镇的历史研究所交给芥子兰博士保管，帅哥将冥王和岁星送进国际监狱关押，神奥最大的神秘组织银河队就此覆灭！
小茂去跟山梨博士汇报，小智三人重新回到立志湖，从立志湖去湖滨市能省不少的路程。