午饭后，小智一行人继续前进，但很快被间歇泉挡住了去路。等待间歇泉停下的时候，众人便下了车活动活动身体，小遥惊喜道：“是温泉哎！”
众人看间歇泉暂时没有停下来的意思，就准备先泡泡温泉休息一下，舒缓下一夜没睡的疲倦。
爱哭树自己冒了出来，被小遥抱起道：“我们一起泡温泉吧！”
“胡说胡说！”爱哭树连连摇头。
小刚道：“爱哭树是岩石系的宝可梦最怕水了！就让它在岸上玩吧！”
小遥道歉道：“对不起啊，爱哭树。”小遥放下爱哭树。
不远处巨大岩石的顶端，路卡利欧看着眼前的温泉思绪万千，以前它也和亚朗一起来这里泡过温泉，现在却已经物是人非了！
小霞突然招呼小智过去，道：“小智你过来一下！”
小智游了过去，问道：“什么事？”
小霞道：“你看那里好像是朵花，但样子有些奇怪啊！”
路卡利欧轻轻一跃，将花摘了下来，落在了小智与小霞的面前，解释道：“这叫时间之花，可以让会使用波导的人看见时间的奇迹。”
路卡利欧手里的花，像是水晶一般，螺旋状呈紫色。
小智将手放在了时间之花上，花朵绽放，眼前出现的画面正是路卡利欧摘下时间之花的画面。
小遥吃惊道：“这就是那所谓的时间奇迹吗？可以保留发生的事情，这样很酷哎！”
琪朵将发现的时间之花的数据记录了下来，并拍了照片。
又到了夜晚，小智他们距离世界初始之树也越来越近了。一行人今天晚上选择了露营。躲在琪朵后备箱中的火箭队三人，饿的前胸贴后背的，打算在小智他们睡着后出来找些东西吃。
这时后备箱被人打开，火箭队三人一阵焦急想要找地方躲。小智和小霞各拿着一份咖喱饭，皮卡丘拿着一份，递给了三人，小霞道：“一天没吃饭了吧！你们还真的能憋的住，出来吃吧！”
三人猛地咽了下口水，还是抵不过美食的诱惑，狼吞虎咽的吃下了一份后，还嚷嚷着要再来一份。
小次郎道：“怎么会有这么好吃的咖喱饭啊！”
武藏道：“小鬼头，你们每天都是吃这么好吃的东西吗？太幸福了吧！”
喵喵道：“真好吃喵！我还要再来一碗喵！”
小智与小霞无奈相视一笑，再次给三人加了一碗。
又是一日的清晨，琪朵的越野车带着小智一行人终于到达了世界初始之树山脚下的山谷。
路卡利欧看着一块岩石出了神，小智问道：“这里就是你封印的地方吗？”
路卡利欧点了点了头。
小智道：“路卡利欧我答应你的真相，现在就可以告诉你了！你做好准备了吗？可能这个结果会让你感到残忍。”
路卡利欧单膝跪地：“小智大人，我想知道。”
小智叹了口气：“好吧！雪拉比就决定是你了！开始了！”小智蹲在一株时间之花前，与雪拉比同时触碰到了时间之花。
琪朵看着小智身边的雪拉比，这个少年不止收服了雪拉比还是一直闪光的。
时间之花开始了回溯，小智与雪拉比联手，可以让众人看到当年亚朗在这里发生的事情。
众人眼前的画面逐渐清晰。
亚朗将勇者之杖朝路卡利欧扔出，路卡利欧看到最后亚朗离开的背影就被勇者之杖的水晶给封印了起来。
画面还在继续，亚朗呢喃了一句：“路卡利欧说好我要保护你的，你今后要好好守护欧鲁德朗城。”
亚朗唤来了比雕，比雕就带着亚朗飞向世界初始之树。
随后紧跟着出现的就是穿着铠甲的士兵以及众多的宝可梦，路卡利欧不知道亚朗在封印它之后居然经历了这些，要是没有这场战争也就不会有之后的这些事。
路卡利欧惊慌恐惧加之愤怒，所有的情绪一起爆发，胡乱的开始使用波导弹。但这毕竟已经是过去！
小智和雪拉比收回了手，这朵时间之花的记录只有这些能用。
小智道：“冷静点！”
路卡利欧看着眼前的画面消失，才慢慢冷静下来。
小遥一直都害怕的躲在小霞身后，刚才的气势都快要将他们踏碎一般，她心有余悸道：“好可怕啊！这就是战场了吧！”
小胜道：“根据刚才看到的，亚朗封印了路卡利欧应该是保护吧！”
小智道：“要想知道就继续向前吧！亚朗不是骑着比雕飞向了世界初始之树了吗？”
小智焦急道：“大家闪开！路卡利欧对着你的左手边45°方向使用波导弹。”
路卡利欧的波导弹正面击中从地下钻出的雷吉洛克，而这只雷吉洛克也不由分说，重新站起来后就用破坏死光朝小智攻来。
“再来一次，朝着雷吉洛克上方的岩石使用波导弹！”
路卡利欧的波导弹对着雷吉洛克头顶的岩石发射，岩石受到攻击滑落，挡挡住了雷吉洛克前进的道路。
“往这边！”路卡利欧和小智带着众人，往世界初始之树的方向跑。
小智没有必要要跟雷吉洛克对战，雷吉洛克只是这里的守护者，保护这里是它的使命。
在路卡利欧的带领下，穿过了一个满是水晶的洞穴，来到了世界初始之树的正下方。
阳光穿过岩石的缝隙照到水面上，看上去宛如人间仙境般！这里最让人注意到的就是许多理应灭绝的化石宝可梦，多刺菊石兽、摇篮百合等都生活在此处。
琪朵正要拿出探测器，但被雪拉比先一步抢走了，一发精神强念就将探测器毁了。
小智警告道：“不要节外生枝，要是这里的情况被外界知道，这里的宝可梦们还能平静生活吗？而且雷吉洛克已经发现了我们，还是赶紧离开这里吧！在这里越久越危险。”
琪朵只能偃旗息鼓点头答应。
路卡利欧继续带着众人往上走，来到一个视线开阔的平台，却被三神柱之一的雷吉艾斯挡住了前路。
不由分说一击急冻光线就朝小智他们发射过来！
“喷火龙，喷射火焰！”
喷射火焰挡下了雷吉艾斯的急冻光线，小智道：“退回去！另外找路！刚才的雷吉洛克和现在的雷吉艾斯完全无法沟通。”
小智也不恋战，再次挡下了一击急冻光线后，带着皮卡丘和喷火龙退回了洞中。
“小鬼头！救命啊！”
火箭队三人正在被最后一支出现的雷吉斯齐鲁追杀！雷吉艾斯从小智他们身后的洞里也出来了！
“喷火龙，喷射火焰！路卡利欧，波导弹！”
如此只能战斗了！
雷吉洛克也出现加入了战斗，小智让皮卡丘也加入了战局：“皮卡丘，铁尾！”
小智朝小霞道：“小霞你和小刚带着大家往另外一条路走。”
小霞嘱咐道：“小智你要小心！”
小智和众宝可梦们将三只吸引向了另外一个方向，道：“一起攻击！”
三只同时发起攻击，这时梦幻出现在了小智面前，三神柱居然停下了攻击。
小智道谢道：“多谢！”
三神柱纷纷往身后的洞口处离开了。