筑基的功夫完成以后，也就是可以定、静，先天之体也成，此时就可以进入性命双修阶段，实际上就是采药、合真，也就是前面讲到的炼精化气、炼气化神、炼神合道的功夫。
和筑基期的气息在任督二脉中调动不同，从这一阶段开始，经脉中开始有了药，而气息成为药的载体，所以又称为转河车。
河车怎么回事前面讲过。钟吕认为河车起始于肾水中的真气，这里真气盈动下阴则动，此是气就由会阴穴经尾闾、夹脊一路向上过泥丸，下鹊桥，过重楼、绛宫到中丹田，与心脏离火相交，这就是钟吕所说的龙虎相交。当然，这条河车所走的路在筑基炼己时已经通了，不过因为这一阶段没有心神引动，所以还不是真正的转河车，只需要感觉到任督二脉就够了。
这一阶段的功夫，张三丰又和前辈们的有些不同，他是从脚底涌泉开始，上冲到膝，在佛教中也有类似的功夫，称为芦芽，感觉小腿内好像有小虫子向上钻的感觉，接着再慢慢向上到尾闾，再向上冲达到头顶泥丸宫，下面的就和传统的转河车相同了。
在河车开始转起来以后，就要有意识地逐渐加强对药的采运。前面详细讲过什么是药，铅、汞这些都是药。张三丰还用了一个特殊的名称，就是“一粒黍米”来指药。不论叫什么，采或运都必须先找到它才可以，就是先要在体内找到它。
如果说筑基是个关卡的话，采药同样也是一个关卡。如果说入定筑基只要功夫深了早晚总归能够做到，那么找到体内的药就不是下苦功就能达到的了，因为在混沌杳冥间去找到铅汞，说着容易做起来难，这就需要资质，或者说是仙根了。
如果说筑基就好像是在黑夜里寻找黑色的眼睛的话，那么采药就差不多相当于再多戴上副深色墨镜去找了。如果再给你加上时间限制的话，而且是极短暂的瞬间呢？所以在这一步就拦住了绝大多数修道人。
为了帮助大家完成采药的功夫，张三丰把采药的位置明确指了出来：“炼己持心、明理见性之时，攒簇发火，不出半刻时辰，立得黍米玄珠，现于曲江之上。”
在以前，这些都是门派口口相传的绝秘，绝大多数修道人都被卡在这里不得寸进。张三丰把这最关键的一点说出来就容易多了，只需要专注心神沿着小肠位置找，虽然元精出现的时候小如一粒黍米，但是它却通透明亮。在一片黑暗中突然出现一个小太阳，只要方向找对了，就算“真铅始生之时，其气迅速如电”，也不难捉住它，这就是加入门派，有个师傅的好处。找到药以后，只需要用心神引导它进入经脉中运转河车就可以了。
采了药以后，下一步就要准备炼药，但是炼药还需要保证原料供应充足，太少太弱就算勉强去炼也没有效果，所以在小周天炼药之前，多一个封存、温养的过程，或者说是一个锻炼药物的过程。在小周天元精运转过程中，到达泥丸宫的时候需要暂时停住，时间非常短，甚至不明显得根本感觉不到，这就是封固。
为什么说封固很短暂甚至感觉不到呢？因为此时的铅、汞实际上就是离火和坎水，既然有药生出了，水也好火也罢，水火都不等人，生出来就要动，否则它就会向四处蔓延。武侠小说里描写的走火入魔差不多就是这种状态，管不住水、火，结果就严重了，所以药生时小周天就已经运转了，带动着进入炼药阶段。
内丹功夫中周天的时间不是固定的，这不是说气息或元精在任督二脉里转一圈的时间，而是把整个修炼的时间按年、月、日、时等进行划分，这样就有了不同的周期。为什么要这么划分，实际上就是为了从小到大，把整个修炼过程与宇宙环境相适应，在恰当的时候做恰当的事，达到事半功倍的效果。比如以一刻的周天为例，上半刻是温，阳生，需要进阳火，下半刻则是凉，阴长，此时就需要退阴火。以一天为周天的话，就是子时到巳时进阳火，午时到亥时退阴火。如果对应到月周天的话就是上半月进阳火，下半月退阴火，对应年周天就是上半年进阳火，下半年退阴火。
具体的小周天的功法，张三丰称为七返九还之法，是炼精化气阶段的主要功夫。大约就是要把封固在泥丸的真阳中的那一点元精和下丹田的一点真阳交媾，术语很多，如水火相济，龙虎相恋，铅汞相投等都是说的这个，在讲钟吕丹道时详细讲过，不再多讲了。
运转小周天的最终目的是为了把精中的阴气炼化掉得到至阳的精气，这里同样有一个火候把握的问题，并不是一直闷头炼就行了，因为中间需要止火。“夫妻共入黄婆舍，火候调停自结丹”，这就是原因。黄婆舍就是说黄庭，就是指下丹田，周天河车转动过程中，精气被不断地引导进入丹田，功夫足了还需要慢慢温养，这就是止火，这样才能结丹。
张三丰把炼精化气这步功夫称为金液还丹，钟吕的丹道没有区别，丹田结丹以后功夫算是小成，可以得到人仙职称了。
对于有理想有追求的道士，显然不可能满足止步于此，所以下面就要开始炼气化神的大周天的功夫。炼气化神前面讲得也比较详细了，区别是张三丰称最后结成的是神胎。
如果和现代修真小说里面的分级对应一下，筑基炼己就是炼气期和筑基期，算是修行上有所小成。炼精化气结丹以后，则可以称为金丹期，此时已经脱离了凡人的范畴，但和仙神相比还存在本质的区别，称为人仙还是挺恰当的，因为具有了人和仙的双重的特点。炼气化神结成神胎以后，就相当于元婴期，是经过了金丹蜕变，成了一个有了意识的精神个体，好像是鸡蛋孵出了小鸡一样，是一种生命形态的改变。此时的神胎是可以暂时脱离开肉身而独立存在，当然还不可以真正脱离不开这具肉身。当它能够完全脱离开肉身，那么就是真正成为仙的时候。
炼气化神这一阶段的功夫和炼精化气相似，也有转河车，采药、封固这些细致的功法，不过此时的河车转的才是抽铅添汞，阴阳坎离相交。此时的真气通过河车冲击百脉，百脉中有大药，所以这时转河车运大药就是大周天炼药，是炼气化神和炼精化气的最大的区别。
当然，大周天的功夫就比较复杂了，张三丰称为九转还丹，具体的功法在《金丹歌》里有详细的讲解。
需要再次说明的是，采大药时河车就变为逆转了，在前面也讲到过了。大药最后同样归于下丹田，再经过十月温养封固。为什么是十个月，前面也讲到过，因为人是经过十月怀胎的，神胎当然也需要十月温养，所谓“灵药得来片晌时，温养还需要十个月。”
在温养神胎的这十个月中，和胎儿一样，神胎变化非常大的，张三丰讲得更加详细。神胎大成以后就厉害了，水火不侵，刀枪不入，穿墙入地，变化无穷，这些都是常人能想像出来的，还有很多想像不出来的，总之和人仙相比，这时候的状态可以称为真人。
接下来的炼神还虚这一步张三丰同样有自己的理解，讲得就比较复杂了，自然是因为这一步比较抽象，每个人的理解又不会相同，甚至还有很多地方只能意会，不再详细展开讲了。不过张三丰特意提出，神胎温养完成以后就不再适合住在下丹田了，类似于身份地位提高了，就得换个条件更好的与身份相配的办公室，于是神胎就搬到了上丹田，这叫做移胎换鼎。换了新办公室、新环境，就需要适应一段时间，当重新熟悉了身体就可以展示相应的新能力，这个时间少则九年，多则百年，是一个慢功夫。
如果把这一阶段和修真小说的修炼等级对应，那么应该是合道阶段，“与道合真，便是神仙”，这个适应的过程就是让神胎与大道相合，得到大道的认可。得到大道的认可，或者说成仙以后，就具有了掌握、使用大道的能力，这已经不是人仙，不是真人，也不是仙人了，而是完全脱离了人或仙的本质的一种存在，可以称为真仙。
和钟吕丹法相比，张三丰的内丹理论体系更加完整、结构更加紧密，内容也更加完善，特别是在修炼功法方面讲得更通俗易懂，细细研究他的诗文，里面还包含很多。