鼓浪屿大海战，空前惨烈，持续时间也比较长，前后超过了两天，最后明军险胜郑家军。
朱由崧打破郑家军的拦海防护网，破了他的鱼网加鱼叉阵，双方伤亡都很大，最后主将刘国轩被活捉。
他率领的这支近万人的郑家军水师，经过海上的激战，损失了一半以上，剩下的3000余人和160多艘大小战船，全部成了明军的俘虏和战利品。
刘国轩仍然立而不跪，只求一死。朱由崧仍然没有杀他，要让他脑袋搬家不至于等到现在，千军易得，一将难求，朱由崧不愿意前功尽弃。觉得刘国轩的确是个将帅之才，第二，他更重要的价值在于营救郑鸿逵和郑成功这方面。
因此朱由崧才对他表现出极大的耐性。
绑绳松开之后，朱由崧仍然让他走。朱由松对他说的明白，也很大度，什么时候投降，什么时候算。不服再来战，一直打到他投降为止，朕有的是信心和决心。
刘国轩提着大戟又走了，不过他觉得这个大明帝王实在与众不同，第一次放了他，这已经是第二次了。他走到半路，考虑再三又回来了。觉得自己陆上，水上均不是对手，按说他已经死两回了，弘光大帝真是恩泽齐天，放着这样的尧舜之君不保，自己要保谁呢？
自古以来就是大将保明主，俊鸟登高枝。对比唐王朱聿键，再看看他的老主人郑芝龙，简直没法比。最终刘国轩感念朱由崧的恩德，回到朱由崧的营帐跪伏在地请罪。
“哈哈哈哈，”朱由松大笑，亲自把他搀了起来，“识时务者乃为俊杰，浪子回头金不换，朕话复前言，赦你无罪，加封卿为大将军之职。”
朱由崧一句话，不但赦免了他的死罪，反而官复原职，刘国轩感激涕零，再次跪倒谢恩，恨不得现在就为自己的陛下鞠躬尽瘁，死而后已。
有一些将官当时还有些不解，为了收一个刘国轩，付出的代价也太大了吧?两擒两纵，从路上到海上，这两场大战损失了数万兵马，数百条战船，就为一个刘国轩，这值得吗？
后来他们才知道自己的目光太短浅了，刘国轩的价值不仅仅是一个将帅之才，陛下这么做，太英明了。
接下来朱由崧，从刘国轩的嘴里得到了很多有价值的军事情报。如隆武帝的军力，郑家海军的实力部署，以及大小金门等海岛的兵力防守情况。
最重要的是，他进一步证实了郑鸿逵和郑成功的确被关押在金门岛。
对于如何解救这叔侄二人，朱由崧拿出了自己的策略，就是让刘国轩去当卧底，带领一部分将到金门岛去诈岛，然后里应外合，可破金门岛。
刘国轩完全赞同朱由崧的策略，并慨然应允，他立即就要前往，免得夜长梦多。
朱由崧也知道，这种事宜早不宜迟，刘国轩投降大明之事，现在郑家军还都不知道，如果以当万一走漏了风声就前功尽弃，也会给刘国轩此行带来很大的风险。
因此朱由崧从水师营立即拨给他500水师精英，人多了容易引起怀疑，但是过少又怕不够用。为了稳妥起见，朱由崧让李全和柳春红夫妇也混到当中，协助他救人，让他们化装成郑家军的残兵败将，乘坐做几首船赶往小金门岛，然后再赶往大金门。
一切准备就绪之后，刘国轩和李全，柳春红率500残兵败将，分成几只大小战船，从鼓浪屿海湾出来，狼狈逃亡小金门方向。
等他们走出几里地之后，朱由崧还装模作样地派出刘文秀给率一支船队呐喊着追赶了一阵，还放了几炮，然后看他们走远了才收兵回来，猛攻厦门岛。
这时朱由崧率领一支船队，在鼓浪屿稍事休整之后，已经对厦门岛展开了进攻。
朱由崧和刘文秀率两路水师数百只大小战船从一北一南两个方向猛攻厦门岛。
鼓浪屿离厦门岛，不足十里地，哪架的住这两路水师的猛攻？而且现在对郑家军最为不利的是，鼓浪屿海战失利，刘国轩的人马几乎全军覆没，他设下拦海防护网的也被破坏，有人说刘国轩已经狼狈而逃。
这些情况对于岛上的主将郑芝莞来说无异于判了死刑，知道这座岛肯定守不住了，岸上也回不去了，全都是大明的军队，他唯一能去的地方就是带着残兵败将坐船回金门。
隆隆的炮声中，朱由崧和刘文秀的两支水师舰队很快靠了岸，明军水师弃船登岸，守岛的兵将全线溃退，明军登岛之后，开始追歼郑家军的人马。
有的追上之后被斩杀，有的弃械投降，有的四散奔逃，被弓箭射倒的，被炮弹炸飞的，难以计数。
这些溃散的明军将士侥幸逃得一条活命者，从岛的东线溃逃到岛的南向和西线，他们梦想着遇到郑芝莞派来的援兵，救了他们，然后再杀回去。
然而这一切都注定是奢望，当他们逃到海边的时候，郑芝莞数十艘大型战船已经了，船上装的满满的，都是郑芝莞的亲兵卫队和他的妻妾子女，根本没这些人的事儿。
这数千兵将绝望了，在海边跳脚骂，有的跳海自杀，有的干脆选择了弃械投降，跪在海边，恭迎明军将士。
就这样，朱由崧的人马一举攻占了厦门岛。
看押俘虏，清扫战场，打捞战船（这些受损教轻的战船打捞上来，修整以后仍然能够交付水师继续使用），救治伤病号，这些战后事宜，不用朱由崧过多操心，刘肇基，刘文秀等人已经安排妥当了。
朱由崧的御营安在厦门岛，很快统计数字报上来了，这次大海战，两万水师损失了6000余众，损伤大小战船300多艘。这一战虽然打胜了，明军付出的代价不算小。
不过一下子就歼灭了郑家军万余人，攻下了鼓浪屿和厦门岛，战果也算是很丰盛了，特别是朱由松认为这一战最大的成功就是收降了名将刘国轩，使他营救郑鸿逵和郑成功的计划得以实施。