20世纪80年代是拜仁慕尼黑的动荡时期，球队经历了许多人员变化以及财政问题。保罗·布莱特纳和卡尔·海因茨·鲁梅尼格成为了球队的灵魂，他们带领球队在1979-80赛季以及1980-81赛季的联赛中捧起了冠军奖盘，拜仁在那一时期也被称为布莱特尼格队。
在此后的两个赛季拜仁仅仅获得了1982年的德国杯，1983年乌多·拉特克再次执教球队，布莱特纳同期宣布退役，1984年拜仁再获德国杯冠军，并且在六年中五次夺得各项赛事锦标，包括了1985-86赛季的联赛和德国杯的双冠王，但在这10年中拜仁在欧洲赛场上并没有太多优异表现，只是在1982年和1987年获得了欧洲冠军杯的亚军。
1987年尤普·海因克斯成为了拜仁的主教练，在1988-89赛季以及1989-90赛季的两连冠后，拜仁的成绩开始出现下滑，在1990-91赛季屈居亚军后，1991-92赛季拜仁仅仅排名第十，领先降级区五分，1993-94赛季后半段当时的主席贝肯鲍尔亲自出马，接过了拜仁的帅鞭，带领球队在沉寂四年之后重新捧起德甲冠军奖盘。
在此之后，继任的乔瓦尼·特拉帕托尼和奥托·雷哈格尔并没有像俱乐部所期待的那样，只是分别在拜仁度过了一个碌碌无为的赛季。由于当时拜仁球员通常登上八卦新闻版面而非体育新闻，拜仁被戏称为绿茵好莱坞。在1995-96赛季接近结束时，贝肯鲍尔作为代理教练暂时掌管了拜仁，球队随后夺得了1995-96赛季欧洲联盟杯，决赛中他们击败了波尔多。1996-97赛季特拉帕托尼重返球队并带领拜仁捧起了当年的德甲冠军奖盘，但在接下来的一个赛季，拜仁在冠军争夺战中输给了雷哈格尔带领的升级马凯泽斯劳滕，特拉帕托尼也再次离开了俱乐部。
在1998-2004年间拜仁由奥特马·希斯菲尔德执教，在他执教的第一个赛季，拜仁获得了当年的德甲联赛冠军，欧洲冠军联赛冠军也几乎到手，只是在全场领先的情况下被曼联伤停补时阶段的两粒进球所击败，在1999-00赛季拜仁获得了历史上第三个联赛和德国杯赛双冠王。
2000-01赛季拜仁直到联赛的最后一轮才确定取得连续第三个德甲冠军，当时在联赛最后一轮，在比赛进行到九十分钟却被对手汉堡足球俱乐部射手谢尔盖·巴巴雷茨攻破球门，使得冠军就要旁落的不利情况下，凭借帕特里克·安德森在补时阶段最后时刻的禁区内间接任意球逼平汉堡队，在最后时刻夺得德甲冠军。不久之后拜仁在欧洲冠军杯决赛上依靠点球击败了瓦伦西亚足球俱乐部，在时隔二十五年之后重新捧起欧洲冠军杯，2001-02赛季初拜仁获得了丰田杯的冠军，但之后球队在其它赛事乏善可陈。
2002-03赛季拜仁获得了球队历史上的第四个联赛和德国杯双冠王，领先第二名二十六分的成绩也创造了德甲联赛的历史，希斯菲尔德的王朝在2004年终结，该年拜仁的表现令人失望，并且在德国杯赛也负于乙级球队亚琛足球俱乐部而止步不前，之后菲利克斯·马加特接过了球队的教鞭，并带领拜仁获得了两个联赛和德国杯赛双冠王。
在2005-06赛季开始之初，拜仁的主场由原来的奥林匹克体育场搬迁至了新的安联竞技场，新的球场同样是与同城对手慕尼黑1860足球俱乐部共同拥有。拜仁在2006-07赛季的表现并不稳定，联赛表现不佳并且在德国杯赛再次输给了亚琛，马加特也在冬歇期过后不久离开了帅位。
2007年1月奥特马·希斯菲尔德重返球队，但拜仁在2006-07赛季最终仅仅获得了第四名的成绩，十年来首次无缘欧冠比赛，并且在其他战线一无所获。在2007-08赛季赛季开始前，拜仁对球队的阵容进行了大刀阔斧的改造和重建。球队一共签下了八名球员并且出售、解雇或者外借了九名球员。其中最重要的引援是从佛罗伦萨引进卢卡·托尼、从云达不莱梅足球俱乐部引进米罗斯拉夫·克洛泽以及从马赛引进了弗兰克·里贝里。新的引援成功奏效，他们再次获得了2008年的双冠王，并从联赛开始起就一直占据榜首位置。
2008年1月11日克林斯曼以希斯菲尔德继任者的身份与拜仁慕尼黑签约，他从2008年7月1日起主管球队。拜仁在2008-09赛季迎来了一个糟糕的开局，前六轮比赛中只胜两场，但之后稳步改进，在德国杯的四分之一决赛拜仁被勒沃库森击败；在欧洲冠军杯中，拜仁也在总比分十二比一击败了里斯本竞技足球俱乐部并创造了欧冠淘汰赛最悬殊比分记录后，被巴塞罗那以五比一淘汰出局，4月27日也是主场败给沙尔克04并滑落至联赛第三后，克林斯曼被迫下课，前来取代他的是老帅尤普·海因克斯，他的任期一直到赛季结束。
球队最终获得了联赛第二名，顺利晋级下一赛季的欧洲冠军联赛，2009-10赛季拜仁聘请了荷兰名帅范加尔，并从皇家马德里引进了荷兰小飞侠罗本。在2009-10赛季，拜仁虽开局不佳，不过在上半程后期状态明显回升，最终在冬歇期时获得第三。在第33周联赛中，拜仁以三比一击败波鸿，提早一周夺得联赛冠军。而在当赛季的欧冠中，拜仁小组赛中获得第二，并在淘汰赛中淘汰了佛罗伦萨，曼联，里昂并与国际米兰会师决赛，最终以零比二不敌国际米兰获得亚军。
这个赛季拜仁也在德国杯中问鼎，焕然一新的拜仁本赛季与三冠王檫肩而过。2011-2012赛季欧洲冠军联赛，拜仁慕尼黑在主场迎战切尔西，鏖战一百二十分钟一比一平局收场，只能进入残酷的点球大战，最终以总比分四比五惜败，夺得2011-2012赛季欧洲冠军联赛亚军。