林家会议的第二天，林之泊带着一肚子气，启程路，到南京赴职。而就在同一天，商毅也带着朱媺娖姐妹两人，从南京返回，到达杭州。同行的当然还有宋应星。
等一切欢迎的应酬结束之后，商毅立刻招集叶瑶瑱、周世奇、成进招开秘密会议。叶瑶瑱现在是商毅的替手，而周世奇、成进分别代表了商家军在浙江的民政、军队两方面的最高付责人，可以说这四个人，就是目前商家军的领导核心。
商毅首先把南京之行的经过说了一遍，告诉他们，南京朝廷己经基本认可了商家军在浙江的势力范围，也就是说商家军在浙江，等于是一个半独立的割据势力，类似于唐朝中后期的蕃镇军阀。同时商毅也直言不违，清军是一定会大举南下的，而南京朝廷根本就不能倚仗，因此抵抗清军，保卫家园，只能依靠自己。
其他三人中，叶瑶瑱早就明白商毅的打算，而成进对政治所知还不多，一切也是唯商毅的马首是瞻，而周世奇则是通过自己的观察，也估计到商毅会走这一步，虽然他心里对商毅的作为有些不大自在，但现在整个周家也已经和商毅捆绑在一起，只能跟着商毅一路走下去。而且南京发生的详细情况也通过情报人员，都发回杭州，说实话周世奇也对南京朝廷不抱任何希望，想要挡住清军，必须依靠商毅来指挥。
接下来商毅也做出决定，以后商家军就将立足于浙江发展，准备迎战即将要南下的清军，并且还要保证对山东战区的支援。对南京朝廷，虽然保持着臣属关系，但对南京干涉浙江的行为，鄀将坚决的回击。这也就是商家军以后一段时间里的行事原则。
随后几个人又计议了一番具体的准备方案，这才各自离开。
第二天，商毅招集商家军的全体人员，做出了一系列人事制度的安排调整。
在行政方面，商毅巳经建立起一个比较完善的行政班孑，并且现在也发挥了很大的作用，到是不需要大动，只是做一些局部的补充。
首先将王夫之调到行政部，因为随着商家军的势力扩大，以后行政部的工作会越来越多，仅靠周世奇一个人，肯定顾及不过来。王夫之加入商家军集团，己有大半年的时间了，不仅适应了工作，而且能力基本得到了全体人员的认可，还在文司里工作，显然是有些大材小用，让他做周世奇的助手，才能更好的发挥能力，而且以后行政局的人数还会逐步增加。
接任文司主事，商毅也正式任命，由李岩担任。这个决定出乎很多人的预料，因为文司是直接对商毅付责的机构，商家军的许多政令，都是由文司传达，这么重要的位置，任命一个刚投降的人担任，确实让人想不到。但现在商家军也真缺少文职人员，除开了王夫之，能担任文司主事的人选，真的还不多。再加又是商毅亲自指定，因此也沒有人反对。
李岩的妻子，红娘子也被商毅任命为巡抚府的内务主管，也就是付责保卫府里的女眷，如果商毅的妻妾中有人出外办事，就将由红娘子担任护卫。也算人尽其用。
而李岩夫妻知道自己都被商毅委以重任，也十分感激，因此也都决定尽心尽力为商毅效力。
随后商毅又决定，増设二个新机构。
一个是商业司，归属在行政司以下，甴李格非出任主事。
浙江本来就是中国商业最发达的地区之一，在商业也大有潜力可挖，因此规范商业行为，制定统一有效的商业制度和完善的商业税收，也是非常有必要的，那么就需要一个专业的行政机构来进行管理，商业司也就应需而生。商毅本来打算让林之洋来出任主事，但林之洋考虑到和商毅连姻之后，自己就是商毅的岳父泰山，也该避一点嫌，因此也挽言谢绝，改推荐李格非。
商毅也知道李格非也是一个非常有见识的人，而且他还有海外的生活阅历，商业行为有很大一部份都在海外贸易，因此李格非也是一个非常合适的人选。
其他人对这个新机构并没有什么异议，因为浙江地区的商业氛围很浓，而且商毅旗下的产业也越来越多，确实需要一个专门的机构来管理。商家军进驻浙江之后，林家也帮了不少忙，也得到了许多人的好评，因此商毅任用李格非，也没有反对。一来商毅和林凤舞订婚的消息也在杭州公布，李格非也等于是林之洋的心腹，二来李格非本来就是商人，这也是让专业人管专业事。
另一个是监检司，负责对浙江的各级官员进行监督检查其贪污、受贿、渎职、作风等行为，也就相当于后世的纪检委或廉政公署。
随着商家军在浙江的统治稳定下来，商毅手下各官员的权力也都会随之扩大，而权力的扩大，必然就自造成各种营私舞弊的现像发生，在权力的面前，绝不能把希望寄托在每个人的自律必须要有一个有效的监查机构，来监督检查官员们的行为和工作。毕竟每一个贪官都是从小贪开始，逐步走向大贪的。
商毅不怀疑目前自己手下的官员对自己的忠诚度，但忠诚不等于廉洁和奉公，想依靠他们的忠诚度来保持自律是痴心妄想。因为人都有自私性，如果能够利用手里职权为自己谋取一些利益，相信绝大多数人都很难抵挡得住这种诱惑。更不要相信体制的受益者就会例外，因为毎一个贪官污吏其实都体制的受益者，都会拥护给予自己权力的体制，但这并不妨碍他们会以损害体制的利益来填满他自己的腰包。哪怕这样做会最终毁灭这个体制。
以前商家军的规模小，而且从一开始，商毅建立了完善的财务制度，又有审计机构，因此到现在为止，商家军内部没有发生大的营私舞弊事件，但小贪小污依然时有发生，己经处理了五六起。当然这种小打小敲的事情，也是不可能完全避免，只能发现一起，处理一起。但规模扩大以后，仅靠审计司也不够，何况审计司也只能管得住财务，管不用职权，因此设立一个监查机构，也是完全有必要的。
监查司将由商毅直接管理，主事是郝君侠。他原来是北京的户部主事，非常忠于职守，尽职尽责，虽然在商家军中的资励不够，但从另一个方面看，和任何一方也没有什么深交，在相当程度也保证他的公证性，因此出任监查司的主事非常合适。从权力说，监查司拥有调查权、问责权、临时拘捕权，但没有审判权。当然监查制度还要在试行中慢慢完善。
两个新设的大机构就这样确定下来，最后，在农业司下面，商毅又设立了土地局和粮食局这两个次一级的部门。
在掌握了浙江的权力之后，商毅对内的下一步计划就是清丈土地，查实田产，一方面是使毎一户都有自己的土地，稳定社会局面，也为以后安置难民做准备，另一方面也是做为以后税收的依据，多田产者多交，少田产者少交，保障税收的公平性。因此也需要成立一个专门的部门来管理这方面的工作。
而粮食是战略物资，自从到了浙江以后，商毅就一直在储备粮食，现在储备的各种粮食己经超过了七十万石，不仅如此，商毅还打算把整个浙江的粮食都实行计划控制，以便在战时进行统一的安排和分配，因此也需要一个专门的部门来管理。
行政机构的调整暂时只有这些，而接下来，就是对军队机构进行调整了。
在军队中，商毅也设立了三个新的组织，宪兵队、情报处、安全处。
商家军成立至今，除了取得赫赫战功之外，另一个值得称道的地方就是军纪严明、秋毫无犯。但商毅也知道，随着军队的扩大和组成复杂，在军队内部，也同样需要一个监查机构，来管理监督军队的违纪行为。宪兵队就是这样一个机构。
宪兵队是由最早加入商家军，又没有犯过错误的老兵组成，属于那种思想觉悟很高，而且对商家军的名声和荣誊都非常重视的人。任务就是处理商家军的士兵以及预备兵、达标兵的违纪行为，当然还有冒充商家军的流氓无欶。宪兵队拥有抓捕、审问、处罚的权力。同时商毅在规定，任何士兵都不得与宪兵队发生冲突，必须服从宪兵队执行任务，否则都按违纪处理。
情报处的作用就是刺探敌人內部的信息、秘密等，除商家军以外，其他任何势力都将是情报处工作的对像，目前商家军己经开北京、南京都建立起情报网络，以后还要逐渐扩大到所有大型城市中去。情报处的负责人是吴汉生。
安全处的功能正好和情报处相反，他是对内的机构，就是保证商家军内部的安全，甄别和抓捕敌方的情报人员，阻止敌方人员在商家军控制区内的破坏活动。
现代人对这两个机构都不陌生，就趸特工组织，在后世的许多国家，这两个机构实际都合二为一了。如美国中央情报局、俄罗斯的克格勃，当然还有著名的007。而这个时代令人闻风变色的锦衣卫，也属于这类机构。只不过锦衣卫的名声太坏了，商毅也不打算使用，还是自己另起炉灶，陪养属于自已的特工人员。
商毅在穿越之前，虽然只是特种兵，不是特工，但有许多任务，特种兵都要和特工密切配合，也和特工一起进行过多次交流和反恐演习，并且也一同执行过几次任务，因此商毅对特工的训练方法和工作方式也有相当的了解，因此也定下几条用人标准，让周琦和吴汉生马去招募一些人员来。