国际委员会总部，有人来报告，日军进城了。拉贝和史密斯坐上汽车，打着安全区旗帜，带上懂口语的克拉作翻译，寻找日军军先头部队交涉。
汽车转弯开进汉中路，迎面碰上了一队东瀛兵，队伍中一名会讲德语的医生说，军队指挥官要过两天才来。在汉中路上，他们找到了一队约100人的先遣队，向一名大佐解释安全区的存在。
东瀛军官掏出军用地图，拉贝发现他的地图上并未标出安全区，史密斯吃惊地嘴巴张成了一个圆。两人头发都要竖起来了，因为这些日子以来，他们确信日军不会轰炸安全区，谁知日军根本就当安全区不存在。
史密斯赶紧用钢笔在地图上的安全区作上记号，并提醒他们：“注意三所红十字医院。”
拉贝补充道：“有一些解除了武装的中国士兵进了安全区，希望贵军站在人道主义的立场上宽恕他们，准予重过平民生活。”
军官平静地回答道：“请放心，只要没人向日军射击，医院就会确保无恙。”
拉贝和史密斯松了口气，东瀛军官的配合态度增强了他们的信心，感觉安全区的安全有保证了，他们满意地带着这个消息回去。一路上，他们碰到中国士兵，就让他们缴械。
在安全区山西路入口处，一群中国士兵想要进安全区避难，几名美国人拦住他们，劝说他们解除武装。几名广东兵坚决不肯放下武器，他们紧紧握住步枪道：“我们为抗战而成为军人，军人怎能放下武器！”
拉贝过去劝道：“我理解你们的心情，但日军会以此为借口，在安全区开战。只要放下武器，我们可以保证你们的生命安全。”
几名广东兵听到拉贝能保证他们的安全，很不情愿的放下武器，并脱下了军装。其余的士兵也纷纷放下武器，以平民的身份进入了安全区。
镜头切到金女大，此时校门口聚集了几百人，恳求魏特琳让他们进去，哪怕在草坪上有一个坐的位置就行了。一个戴着毡帽、拄着手杖的驼背男人带着一个小姑娘走过来：“能让我们进去吗？”魏特琳道：“这里只接收妇女和孩子。”
那男人摘掉帽子，从口袋里扯出一张大手帕，把脸上的尘土和烟灰擦去，露出一张漂亮的脸。是个姑娘，只有二十来岁。
程瑞芳将女孩和小姑娘放了进来，问道：“你叫什么名字？”
“我叫美兰，我妹妹叫美心。”美兰眼泪掉了下来，“我们镇子被东瀛鬼子烧了，人都被杀了，我爹我娘被杀了，我弟弟也被杀了，我和妹妹躲在地窖里逃过了一劫。”
镜头切到拉贝的视角，拉贝他们开车在城中穿行。一路上，东瀛人每10人到20人组成一个小分队，砸开店铺的门窗，疯狂进行抢劫。一些东瀛士兵成箱成箱地拖走掠夺来的物品，还有一些士兵用人力车、甚至婴儿车运送抢劫的物品。
这场戏把现场观众看傻了，眼前的场景让很多人想起了各种骚乱中暴徒趁火打劫的场面。比如洛杉矶暴乱、比如前些日子的巴黎骚乱。在这些骚乱中总有大量的暴徒砸开商店，将店里的东西哄抢一空。唯一不同的是，眼前这些东瀛兵是有组织的抢劫，而且都带着枪。
斯科塞斯也有些惊讶，但马上反应过来，这就是张然想要的效果，他是想告诉所有人，东瀛兵跟那些趁火打劫的暴徒本质上是一样的，他们不是被洗脑的杀人机器，都是正常人，他们不是蠢，而是真正的坏。
张然确实是这么想的，现在很多作品把东瀛兵描绘成从小被****洗脑的疯子。在张然看来这纯粹是在为东瀛兵开脱，就像一个精神病患者杀了人，不需要被惩罚；一个被洗脑的疯子杀人，自然也是无罪的。事实并非如此，张然看了大量日军日记，从这些人的状态来看，根本看不到洗脑的状态，完全是正常的。
就拿小津安二郎的日记来说，记录的大都是生活琐事，买啤酒，买香烟，吃到了什么好吃的，甚至写一些小笑话，跟旅行日记似的。但小津是毒气部队的小队长，对中国军队多次使用毒气。你要说小津是被洗脑了的疯子，不管别人信不信，反正张然不信。
电影在继续，拉贝到新街口交通银行大厦东瀛特务机关所在地交涉。负责人原田少将接见了拉贝。拉贝提出，对解除武装的中国兵，希望日方按公认的战争法对待战俘，以人道主义精神宽待。原田态度非常傲慢，不过他表示：“已被解除武装的中国兵，可以信任日军的仁慈态度。”
镜头切回金女大，难民实在太多，学校已经安置不下。魏特琳决定带着一些人到南京大学的难民营去。玛丽-特威纳姆也要陪他们去，但程瑞芳让她留在学校里，学校需要至少有一个外国人留着，好阻止东瀛兵进来。魏特琳手里拿着美国国旗，在前边带着难民们走，程瑞芳举着红十字会旗子压后。
一辆卡车隆隆驶过，上面载着十几个年轻女孩，只听见她们大喊：“救命！救命！”她们有的把脸涂黑了，把头发剪短了，可还是没能逃过东瀛兵的眼睛。队伍中的所有女人都把头埋下了，直到东瀛兵走过去才敢抬起来。
银幕前观众的心也都揪了起来，魏特琳他们这支队伍有很多女性，如果东瀛兵冲过来抢人，魏特琳他们根本无力阻止。几乎所有人都屏住了呼吸，紧张和压抑啃噬着他们的心。以至于，每当有东瀛兵向魏特琳他们走过来的时候，现场观众的呼吸都会微微停滞。
好在可怕的事没有发生，魏特琳他们顺利抵达了南京大学。负责人乔治-费奇正蹲在一颗大树下，两手抱着脑袋，痛苦地呻吟。魏特琳问道：“乔治，怎么啦？”
乔治-费奇抬起头，眼里噙满泪水：“东瀛人刚刚从我们这里抓走了两百人。他们命令大家脱掉衣服，检查他们的肩膀和手。谁的肩膀上有像是背过背包或是扛过枪的印子，就会被抓走。很多穷人都是苦力，用工具干活，用肩膀扛东西，肩膀上当然会有印子。但根本没有办法跟东瀛人讲理。明妮，这太可怕了，我们简直还生活在黑暗的中世纪。”
魏特琳问道：“他们打算把那些人怎么办？”
乔治-费奇苦笑道：“肯定是杀掉，我想他们就是要杀给中国人看。”
就在此时，一队东瀛兵出现了，其中两个人拖着一个穿着长衫的中年男子。他们要把他带走，可他不肯跟他们走，领头的中尉就命令一个新兵用刺刀刺杀这个人。
明妮和乔治-费奇见东瀛兵要杀人，赶快冲过去阻止。乔治-费奇大喊：“他不是士兵，他是图书馆的张先生！”但东瀛士兵挥舞着刺刀拦住了他们。
那被命令杀人年轻的士兵有些犹豫，可是中尉高再次下了命令，并冲着年轻士兵高喊一声。那士兵发出野兽一般的嚎叫，猛地朝张先生冲去，一刀将张先生刺穿。张先生的双腿一软，可眼睛仍然死盯着杀人的凶手，随后倒在自己的血泊里。
难民们被这血腥的一幕吓到了，妇女和儿童发出了刺耳的尖。银幕前的女观众也都被吓到了，尖叫声响成一片；有中国记者直接骂了起来：“狗日的东瀛人！”
镜头切到国际委员会总部，有人跑进来向拉贝报告，日军正在司法部抓人，声称里面有中国士兵，但很多普通百姓也被当成士兵抓了。拉贝立即带着史密斯、米尔斯，赶去交涉。
拉贝他们赶到司法部的时候，日军正向外拖人，大约100名荷枪实弹的东瀛兵，将1300多名中国男性围了起来，每100捆绑排成一行，被依次押上车，稍有反抗就会被刺刀戳死。负责管理难民营的里格斯拦住东瀛兵，向他们解释这些人不是士兵，被结果东瀛兵打得嘴角出血，跌倒在地。
拉贝冲上去大声质问道：“你们的原田将军答应过，可以保证他们的生命。”
几名东瀛兵气势汹汹端着刺刀团团围住拉贝他们，不让他们过去。东瀛军官更是恶狠狠地道：“中国人在济南枪毙了2000名东瀛战俘。”
拉贝脸色惨白，觉得自己被骗了，他们明明答应过要遵守“人道主义”，才不过几小时，他们就弃承诺与不顾了！拉贝的目光与一名士兵的目光相遇，认出了这个士兵正是几个广东士兵中的一个。拉贝的心紧紧地缩在了一起，他对他们说过，放下武器就能保全生命的，但现在他却什么也做不了。拉贝喃喃地道：“我做错了吗？”
史密斯和米尔斯也在自责：“与其这样，不如让他们跟东瀛人拼了！”
镜头切到拉贝别墅，时间已经是晚上。拉贝坐在打字机记录白天发生的一切：“安全区外已经没有一家店铺未遭洗劫。现在掠夺、强奸、谋杀和屠杀在安全区也开始出现了……”
一阵急促的脚步声响起，随即房门被推开：“拉贝先生，有东瀛兵闯进来了！”
这话刚落音，拉贝就听到了妇女和儿童的尖叫声，他伸头从窗户看去，一群东瀛兵正在翻越围墙，他当即冲下楼。拉贝挥动手电筒照向东瀛兵，愤怒地咆哮道：“滚！滚出去！”
几名东瀛兵恼怒地拔出刺刀，向拉贝逼来，一名东瀛兵则拔出手枪，准备射击。拉贝用手电筒照着自己手臂上的**标记：“你看清楚，这是什么？”
当明白面对的是一个德国人后，几名东瀛兵迅速收起了刺刀，想去打开院门溜走。但怒火中烧的拉贝挡住院门，愤怒道：“不行！”他用手电筒示意，让他们原路返回，也就是围墙上出去。鬼子们对佩戴着**标志的拉贝有些忌惮，只好爬墙而去。
银幕前顿时响起了一片叫好声，尤其是在场的华人和中国人，大家都觉得出了一口气。
李安也轻轻呼了口气，低声对旁边的贾樟柯道：“张然很会调节观众的情绪，这部电影非常压抑，但一直压抑下去，观众肯定会受不了，所以他安排了这个情节，让观众情绪有一个释放。”