天启六年冬，“闯王”高迎祥率大军攻打潼关，在雒南被陕西巡抚孙传庭伏击，三万多精锐骑兵被一举击溃，他本人则在身受重伤之后，被手下张二、黄龙杀死，首级献给孙传庭。虽然与前世的历史不尽相同，但这位乱世枭雄的结局却是殊途同归。
朱由检闻讯之后却是喜忧参半。喜的是，没想到西路叛军这么快就遭到毁灭性打击。高迎祥一死，剩下的流贼群龙无首，必然大乱，关中地区的威胁自然解除，收复汉中地区也只是时间问题。而消灭了西路叛军，陕西的官军就可以进入中原作战，对平叛全局也极为有利。
更让他感到兴奋的是，官军的这场大胜仗，是完全建立在使用先进火器的基础上。再加上地形有利，高迎祥的三万多骑兵竟然被打得毫无还手之力，官军的伤亡微乎其微。这个战例说明，自己对军队改革的思路是完全正确的；对付流贼、叛军还只是开胃菜，下一步，就该轮到鞑子饱尝大炮的滋味了！
而忧的是，高迎祥被杀死了，而不是被生擒。如果是别的流贼头领，死就死了；可是高迎祥不同，他是名义上的各路流贼“大龙头”，有很强的号召力。如果能生擒高迎祥，就可以拿他当范例，劝降其他流贼。虽然朱由检没指望其他流贼真能投降，但是只要能把他们暂时稳住，朝廷就能集中兵力对付朱常洵父子，各地百姓也能少受一些伤害。
现在高迎祥死了，而且是被“叛徒”杀死，向朝廷卖赏了。李自成等流贼知道这个消息之后，肯定会把账算到朝廷身上，变本加厉地作乱来为高迎祥报仇。这样一来，朱由检也不得不做出一些紧急部署。
首先，要以最快的速度彻底收复汉中，解决高迎祥的余部。现在李定国已经收复了商州，朱由检命令他再接再厉，尽快收复兴安州。
兴安州就是前世的安康地区，这里群山叠障，隔断了汉中地区与湖北的联系。根据张二、黄龙所述，高迎祥的部将顾君恩是要拉着这帮人去襄阳投奔白莲教。那么只要卡死兴安州，这么多人想翻山越岭到湖北去显然十分困难，即使能过去一部分，也必然耗费时日，那时候中原的战局早就大变了。
另外，为了防止流贼窜入四川，朱由检也早就做了安排。叛乱刚刚发生，他就用飞鸽传书急召秦良玉返回四川，联合各地土司扼守川陕之间的咽喉要道。尤其是剑阁，朱由检让秦良玉率领白杆兵亲自驻守。剑阁地势十分险要，易守难攻，只要堵死剑阁，汉中的流贼就无法入川。
向东、向南都过不去，北面是孙传庭的官军，流贼更不敢去，那就只有向西。而汉中的西面是甘肃，再向西是青海，都是人迹稀少的不毛之地。流贼要是去了那里，无异于走上了一条死路，短期内朱由检都不用再管他们了。
可是即使这样，朱由检对四川还是不放心。做为一个穿越者，他自然知道四川实在是太重要了。一方面，她是中国真正的腹地，地理位置得天独厚。比如日寇侵华，占领了祖国东部大部分领土，中国已经到了亡国的边缘；然而四川却岿然不动，保住了国家的元气，献出了大量的兵源和物资，为赢得抗日战争的最后胜利做出了巨大贡献。
另一方面，四川还是西南地区的中心。在这个时代，朝廷对西南边陲地区的控制能力很弱，云贵一带均有大量的土司，他们时附时叛，严重威胁着国家的安全，像刚刚被平定的永宁、水西土司之乱便是如此。另外还有西藏问题，只要能腾出一点精力，朱由检当然想尽快控制住西藏的局面。所以四川又是朝廷在西南发力的前沿阵地，绝对不容有失。
而且朱由检还知道，在历史上张献忠的“大西军”和清军先后入蜀，到处烧杀抢掠，把个好好的四川杀得十室九空，人口锐减，以至于后来不得不“湖广填四川”。这也从反面印证了四川绝对不能有半点闪失。
因此，朱由检经过慎重考虑，用飞鸽传书给身在秭归的成基命下了一道旨意。自从襄阳脱身后，成基命和窦名望率领五百名骑兵一路退往夷陵，叛军也一路跟了过来。由于兵力太少，窦名望根本无法与叛军作战，又怕被叛军夺取峡江道，只得退往四川，并且一把火烧绝栈道。这样一来，叛军自然不好入蜀，可是以后百姓出入四川也更难了。
这道圣旨让成基命暂任四川、云贵总督，统辖西南军政大权。朱由检之所以这么做，是因为成基命德高望重，又是东林党的领袖人物，由他来协调西南各地事务，尤其是调动卫所官军和督办粮饷，受到的阻力可能会小一些。
毕竟四川“山高皇帝远”，现在又不像几个月前，李定国、李来亨率兵进去平叛，等于是救当地官绅的命，因此这帮人大体上还算支持。如今要让这些人“放血”，他们肯定会像曾经的蜀王朱至澍一样，千方百计推搪塞责。而让成基命出面，东林党本来就是代表官绅的利益，这些人怎么也得卖他几分面子。
当然，这只是权宜之计，待叛乱平息之后，朱由检肯定要对包括四川在内的地方军政进行改革，现在只能算是提前布局。成基命虽然是个好人，但东林党与皇帝的矛盾是没法解决的，朱由检绝对不会让他入阁，即使是这个“四川云贵总督”，也是临时性的，正式任命还需要廷推。到了廷推的时候，朱由检如果不想让成基命干下去，办法有的是。
陕西、汉中和四川的部署大抵如此。朱由检已经给孙传庭下了严令，要他收复汉中后，立即率兵出潼关与自己会合。叛军的主力是洪承畴的“洪兵”，只要把洪承畴彻底打垮，东路的李自成、张献忠等“十三家”也会重新成为流贼，朱常洵父子的末日也就不远了。
凑巧的是，就在朱由检下达这一系列部署的同时，洪承畴死守了多日的郑州，终于被官军攻破了！