城内的绿营清军和民壮最终完全溃败，就连晋商护卫队组成的督战队都镇不住。督战队砍翻了一批逃下来的清兵和民壮，更多的人溃败下来，把督战队都冲散了。
逃回来的晋商护卫队连滚带爬的跑进了巡抚衙门，跪在张凤仪面前苦苦相劝：“大人！快跑吧！让卑职保护您从北门杀出去！”
张凤仪苦笑一声：“老夫已经决定殉国了！要走你们走吧！”
“大人您不走，我们也不走了！”一名护卫队员道，“卑职的家主都已经被伪明王逆列入必杀名单，我们能跑到哪里去？济南失守，京城也快保不住了！”
“对！”另外一名晋商护卫队员也说道，“我们都不走了！没有地方走！我们愿和大人共生死！”
济南城内，喊杀声震天，绿营清兵和民壮们纷纷投降。
投降之后的民壮，立即转过头来，带着明军直扑巡抚衙门。事实上，在攻城战中，死在由晋商护卫队组成的督战队刀下的民壮，比死在明军枪炮之下还多！因为很多民壮都是当地人，有些都是兄弟、堂兄弟、表兄弟、叔侄、小舅子、姐夫妹夫之类的自家亲人在同一支军中服役，本来他们就不想和强大的琼州军为敌，都是被张凤仪逼迫的，很多人因为顶不住退却，结果被督战队砍了脑袋。这些民壮们亲眼看到自己的亲人惨死在督战队的刀下，所以他们恨透了张凤仪。
张凤仪带着最后的八百晋商护卫队，先一把火烧毁了仓库，之后就在巡抚衙门内布置防御，做最后的抵抗。
济南城内的山东巡抚衙门，原本是德王府，崇祯十二年，济南被清军攻破，德王府被清军一把火烧毁。清军入关之后，山东巡抚周有德修复了德王府，并把这里改成巡抚衙门。德王府规模宏大，周围有两丈高的宫墙，内有三座大殿，还有众多的建筑群。不过张凤仪来山东上任的时候，并未带家眷来济南，偌大的巡抚衙门，就变成他和晋商护卫队居住的一座内城。张凤仪带着残存的护卫队，凭借德王府负隅顽抗。
“杀了张凤仪！为我们的亲人报仇！”民壮们大声呐喊着，向被改成巡抚衙门的原德王府发起攻击。
“轰隆”巡抚衙门的大门被人用大圆木撞开，成群结队的民壮涌入巡抚衙门内。
几十名武功高强的护卫队在门内的大院中拦住民壮，这些晋商护卫队员确实是很能打，民壮也并非是正规军，也是乌合之众，不懂得结阵进攻，完全依靠蛮力。结果在大院内，双方展开激烈的厮杀，几十名护卫队员砍翻了两百多名民壮。
正当护卫队砍杀民壮的时候，外面冲入了两百名明军火枪手，而且更加要命的是，这些火枪手都是后装线膛枪手！
“列队，放！”两百火枪手分成三排，第一排趴下，第二批半蹲，第三排站立。
“砰砰砰”白色的硝烟腾起，几十名正在逞凶的晋商护卫队员全部被打成了马蜂窝。
两百火枪手冲过前庭，往中庭冲去。在奔跑的过程中，火枪手压下枪托，露出后面的枪膛。枪手们抠出枪膛内的铜底板，又从腰间取出纸质弹壳铜底火子弹，把子弹塞进去，再一压枪托，便完成了装填。
就在明军火枪手冲入中庭的时候，前面涌出了两百多武功高强的护卫队员。
“三排列阵，循环射击！”明军军官一声令下。
第一排火枪手端起枪，对准目标扣动扳机。打完子弹之后，就趴在地上装填子弹；紧接着第二排枪声响起，第二排枪手打完子弹，半蹲着装填，第三排枪手射击。等到第三排枪手射击完毕，第一排枪手又扣动扳机。
后装线膛枪的射速比前装枪更快，一名熟练的枪手一分钟可以发射十五发子弹！这两百火枪手全部是精锐老兵，从第一轮枪声响起，到对手全部被撂倒，前后过程不到一分钟！冲出来的护卫队员眨眼之间就被打成了血葫芦。
两百火枪手往后院冲杀进去，民壮们跟在火枪手后面，呐喊着杀入巡抚衙门的后院。
冲出来企图负隅顽抗的晋商护卫队员没有一个能够靠近的，只要一出现，马上就被火枪打成马蜂窝。
听到越来越近的枪声，张凤仪拔出腰刀，想要自刎，可是他怎么都下不了手。以前他还以为那些宁可自尽也不愿被俘受折磨的抗清义士是懦弱的表现，一刀解决自己，总比被俘之后受折磨要轻松多了。可是轮到他要抹脖子的时候，才发现要自尽居然是那么难的事情！刀锋帖到自己的脖子上，一阵痛的感觉传来，他怎么都无法狠下心来割下去。
“砰砰砰”饭厅外面又是响起一阵轰鸣的枪声，最后几名护卫队员也全部被打死，其中一人身中数弹也没倒下，一直冲到明军火枪手跟前，被一名明军军官用迅雷短铳一枪打爆了脑袋，这才不甘心的倒下。
“把刀放下！”明军火枪手冲入饭厅内，一名军官大声吆喝。
张凤仪挥舞着钢刀大喊大叫：“本官乃山东巡抚！快开铳打死老夫！”
其实明军军官看到这名清廷官员衣服上的补子和帽子上的顶子，就知道是一名高官，早就打定了主意要活捉此人。听到这名清廷官员大喊大叫，军官抬手一枪，打在张凤仪的胳膊上，钢刀哐当一声掉在地上。
明军士卒们一拥而上，把张凤仪摁在地上，有人取来一根麻绳，把他捆得结结实实的。
“跪下！”明军中军大营内，被捆成粽子一样的张凤仪站得笔直，任凭后面的明军士卒如何大喊，都不肯跪下。
“山东巡抚张凤仪？”王羽打量着眼前的这名清廷高官2问道。
“正是老夫！”张凤仪冷哼一声。
王羽厉声质问道：“我大明王师兵临城下，早让你开城投降，你为何不投降？这鞑子朝廷已经朝不保夕了，你为何还死忠于鞑子伪朝？若是你早降了，可以少死多少人！本来城内的百姓都不会死的，是你害死了他们！”
“忠臣不事二主！老夫宁可死，也不会向逆贼投降！”张凤仪冷哼道。
王羽也没想用残忍的手段来虐杀张凤仪，于是喝令把张凤仪推出去斩首。。