事到如今，郑芝龙终于坚持不住了，随着陆上军事的失败，郑家在陆上已经没有了和大中军继续对抗的本钱，而且郑芝龙也看出来，大中军近期水师发展的速度远超过了他以前的预料，大中朝通过一年时间的招降纳叛、编练水卒、搜罗船只以及大力新造战船等多管齐下的手段，使得大中军海师的力量突飞猛进，从最初只能在沿海小规模的和郑军水师对抗，发展到了近期可以在海上集结起来近二百条各式战船，和郑家水师进行正面的对决，郑芝龙也看出来，这大中朝的新皇帝，铁了心要大力发展大中朝的水师力量。
而大中朝现在掌握了几乎大半个中国，一旦集中财力、物力、人力来办一件事的话，那么这种力量将会是极为可怕的，而他郑家虽然号称富可敌国，但是毕竟掌握的资源仅有福建一带，现如今随着和大中朝对抗，他们郑家的储备正在源源不断的被耗费掉，再加上近期红毛人们不约而同的采取了对他郑家的敌视态度，断掉了对郑家武器的供应，使得郑家早已陷入了入不敷出的境地。
此消彼长之下，大中军会越来越强，不单单是陆上的力量，包括在海上的力量，估计用不了一两年时间，便可以大大超出他郑家水师，如此下去，迟早有一天，他郑家会被大中朝彻底从这个世上抹去。
整个郑家上下，到了这个时候都意识到已经到了他们生死攸关的时刻，现在再不投降的话，那么今后恐怕连投降他们都没有机会了。
于是在十月间，随着陆上和海上战事两方失利的情况下，郑芝龙最后一次召集了亲信部下，商议下一步该如何是好。
对于他这个海盗集团的头子来说，什么对大明的忠诚，根本就谈不上，他更多考虑的还是家族和个人利益的问题，通过商议之后，他手下大部分人都承认，继续和大中朝对抗下去，已经不是上策了，趁着现在他们的力量还能在大中朝卖出一个比较好的价钱，他们决定放弃继续和大中朝为敌下去的想法，正式向大中朝投顺称臣。
当然也有少量的人不想投顺大中朝，但是这些人已经无法左右郑芝龙的决定了，郑芝龙终于在十月二十，眼看着大中军几路大军就要兵临泉州府的情况下，亲自找到了住在泉州的大中朝使臣张天成以及钱谦益，宣布郑家上下愿意接受大中朝的条件，正式投顺大中朝，成为大中朝的顺民，并且郑芝龙亲自上书大中皇帝肖天健，自称有罪，表示从此之后郑家只继续做海商，绝不再试图和大中朝为敌，希望大中皇帝肖天健能对他们郑家宽容，既往不咎。
张天成很快便派信使以八百里急报的速度，将郑家投降的消息传回了南京城之中，与此同时石冉和刘耀本也都暂停了对泉州府的进攻。
而张天成的信使尚未回到南京城之中，十月二十二日晚，肖天健便提前通过兵部特情处信鸽传递消息的途径，得知了郑芝龙的投降，于是连夜便将内阁大臣召集到了宫中议事。
肖天健的心情十分激动而且高兴，郑家的事情，这一年多来，一直都是他的心病，他最担心的就是郑芝龙不肯投降他的大中朝，即便是在陆上失败之后，继续依靠着他们雄厚的海上力量，在海上和大中朝进行对抗，从原来的历史上他很清楚，一旦事情发展到那样的地步的话，他想要彻底将郑家集团剿灭，最起码也要耗费十年甚至二十年的时间，才能将郑家的海上势力剿灭。
那样的话，他就不得不继续控制海上贸易，执行禁海令，来阻断郑家获取陆上的资源，这样的话对于他的未来的海上政策将会造成极大的负面影响，也会影响到他未来对于陆海两方面战略的布置。
但是今天他终于可以放下心了，郑芝龙终于还是没有抗住他大中军陆海两路的压力，决定放弃继续抵抗下去，接受大中朝的整编。
而这个时候他也不用担心郑成功会拉出一帮郑军，继续和大中朝为敌了，通过钱谦益那边反馈回来的消息，郑森（郑成功原名）这个郑芝龙的长子，在被郑芝龙送到他的门下之后，在钱谦益的教导之下，很快便接受了钱谦益对他劝解的思想，根本没有产生出要继续和大中朝为敌的想法，相反近期还多次按照钱谦益的指使，去找他爹郑芝龙，劝他接受大中朝的条件投顺大中朝。
所以随着郑芝龙宣告投降的消息传回来之后，肖天健心中彻底放下了一块大石头，只要郑家投降之后，那么对于剩下的永历这个南明小朝廷，便不足为虑了。
历史发展到这个时候，随着张献忠集团老早被他剿灭，四川被他控制以及李自成的伪顺集团近期的覆亡，永历的南明小朝廷根本不可能向历史上的那样，能联合李定国以及李过这样的抗清名将，向抗击清军那样，和大中朝对抗。
而且永历这个南明小朝廷因为绍武小朝廷的原因，也没有能很快整合起南方各省的反对大中朝的旧明势力，虽然现在绍武帝已经被废，可是郑家却投降了，广东业已被大中军所占，永历小朝廷仅剩下了广西一部分地盘和云南这两块地方，想要再折腾出什么幺蛾子已经是不可能的事情了。
所以随着郑氏集团的投降，整个南方底定便已经是板上钉钉的事情了，也彻底解决了肖天健的一大心病。
于是在召集起内阁大臣之后，肖天健便将刚刚得知的这个大好消息告知了这些内阁大臣。
诸臣一听也都长长的松了一口气，连连向肖天健恭贺。
肖天健挥挥手道：“同喜！想必郑芝龙的投降，诸位爱卿肯定也和朕一样高兴，这对于我们大中朝上下来说，都无疑是一个大大的好消息！郑芝龙这一降，福建全境便基本上都被我朝收回来了，也免除了福建百姓的刀柄之灾！郑芝龙这么做，也算是有功于社稷之举！接下来就只剩下永历小朝廷了！
只是郑芝龙时下既然已经宣布投顺我朝，那么诸位爱卿以为朕封他一个什么官职合适呢？另外还有他郑家的一些亲族以及部下，都要妥善安置才行，否则的话这些人久居于海上，一旦不能很好的安抚他们，必会招致他们作乱，所以今晚虽然这么晚，却还将诸位爱卿招至宫中，就是要商议这件事！”
对于郑芝龙的安置问题，当初在谈判的时候便已经说过，当初肖天健曾经承诺过郑芝龙，只要他愿意率领郑军投降大中朝，便可以受封爵位，大中朝眼下袭承旧制列爵五等，公侯伯子男，恢复了被大明废掉了子男两等爵位，专司用于对有功之臣的分封。
而且这公侯伯子男五种爵位，每一个爵位又被分为三等，一般情况下不轻易授爵，而且大中朝所授的爵位，也不轻易世袭，即便是世袭爵位，也逐代递减，最多三代之后，便取消爵位，防止出现类似之前朝代那样，到后来拥有爵位的人太多太滥，影响到社会的正常秩序。
但是肖天健对于封爵之事却很是严格，一般情况下别说封王，即便是封公侯伯这三等爵位也很少，目前为止，大中朝还没有封公，只有阎重喜因为平定李自成伪顺集团，被封为了二等平西侯，罗汝才这个原来的挂名刑天军副帅，在立国之后，也仅仅是封为了二等定南伯，其余的像罗立、李栓柱、石冉、刘宝这样的老将，也仅仅都是封为了三等伯爵。
所以对于郑芝龙的封爵之事，诸臣的意见是最多封他一个一二等的男爵就可以了，太高的话怕其他军将不太满意，而且这一次郑芝龙投降，也是被迫无奈之下才做出的决定，如果他肯早一点投降的话，倒还是可以商量给他的封爵高一点。
肖天健考虑了一下之后，回忆起来郑芝龙在历史上最高被隆武朝封为了什么侯，而且现在据说永历朝也封了郑芝龙为南安侯，于是摇头道：“郑芝龙虽然与我朝对抗这么长时间，但是此人还是在关键的时候能识得大体，免去了大量福建百姓的刀兵之祸，此也乃是大功一件，对于封爵之事，朕这一次也不能太过吝啬！
正是本朝封爵之事严格，如果对郑芝龙宽厚一些的话，方能显出朕的诚意，所以既然连永历小朝廷都能封他一个侯爵，那么朕难不成就舍不得这个侯爵的爵位吗？
以朕看来，可以给郑芝龙保留侯爵的封号，对于他的几个弟弟和族人，也不妨可以给予男爵的封号，以此来彰显我朝对其的重视！”
大中朝的封爵并无实权，仅仅是一种荣誉称呼罢了，每年朝廷会给拥有封爵之人一比额外的俸禄，作为对他们的奖励之用，所以肖天健这一次对于郑芝龙的封爵之事，并没有太过吝啬，大不了就是每年多花几个钱的事情罢了，而郑芝龙这次投降，别的不说，单单是要交出来的那千余条各式战船，还有上万名善于航海的水手，就足够抵消大中朝的开销了。
诸臣听罢了肖天健的意见之后，也都点头同意了下来，毕竟这爵位的事情是个虚的东西，给的高一点，以大中朝目前的制度，用不了三代也就免去了，朝廷大不了也就是多花一点钱罢了，所以肖天健这么说，他们反对也就没什么意思了，至于其他军将会不会不高兴，这件事关键还是看肖天健今后如何摆平，于是经过商议之后，肖天健决定封郑芝龙为大中朝一等靖海侯，而他的几个弟弟郑芝彪、郑芝豹、郑鸿逵、郑采等人，则也都被大中朝封为了一到三等的男爵，其中前段时间被俘的郑鸿逵也被肖天健特赦开释，派人临时将其安置在了南京城之中。