光轮的超魔神胡帕降临到石英高原，手中圆环飞舞间，精灵世界沉睡的一只只传说存在被唤醒过来。
芳缘的两只超古代精灵，固拉多和盖欧卡。
神奥的时空双龙，帝牙卢卡和帕路奇亚。
合众的真实与理想之龙，莱希拉姆和捷克罗姆。
六只传说精灵，从邪恶胡帕六只手臂的六个金色圆环中被召唤而出，这些被突然召唤出来的传说生物，此时都被一股邪念侵蚀了心智，超魔神胡帕的力量远超过它们，如今它们只不过是胡帕的傀儡，没有了自己的思想。
石英联盟这些天王们，还是第一次见到超魔神的恐怖，六只传说生命……竟被如此玩弄。
“毁灭之战……开始了……”恐怖光影下，坂木喃喃自语，被机甲超梦重重保护起来，下一刻，灭世般的威压覆盖了整片石英高原。
也就是这时。
芳缘出现了一个驾驭着固拉多的力量开始灼烧海洋，想要把大海近乎烘干，让这个世界的陆地面也积急速扩增的男人。
红衣男子展现了毫不留情的冷酷一面，他沉着无比，带领部下军团与无数强大的训练家、精灵进行着厮杀。
“没有想到另外一个世界的水舰队竟然打败了熔岩队，不可原谅，那么在这个世界，我和固拉多会向世人证明，陆地才是世界的归宿。”
另外一边，一个驾驭着盖欧卡，充满人情味的人物激昂的在海洋上对着部下演讲，期间无数岛屿被海洋吞没，倾盘大雨席卷芳缘，作为所有生命来源的海洋面积得到了无与伦比的扩增。
“小的们，赤焰松那个家伙就在另外一边等着我们！！接下来，不用我说该怎么做吧！！”
赤焰松和水梧桐原本就是死对头，两人都来自已经完成了各自理想的世界，水梧桐来自一个“成功以盖欧卡将世界都变成海洋的时空”，而赤焰松则是从一个“成功以固拉多将世界都变成陆地的时空”中而来，两人被坂木邀请加入彩虹火箭队后，自然谁也不服谁，正打算以这个新时空作为新战场，进行一次巅峰对决来证明对方的观点是错误的。
这个时空的固拉多和盖欧卡已经被超魔神胡帕控制，这也是坂木的信号，这个世界本土的传说精灵将不会影响到他们的脚步，两人都在各自时空成功以对应宝珠融合自身，控制了固拉多和盖欧卡，所以如今的芳缘，他们便代表着大自然。
熔岩队与水舰队的露面，让各地的道馆训练家纷纷出动，前任冠军大吾和现任冠军米可利，也兵分两路，开始前往两大组织所在。
神奥地区。
时空双龙被召唤走后，身边站立着来自另外一个时空的帝牙卢卡和帕路奇亚的赤日平静无比。
他来自一个“成功以帝牙卢卡和帕路奇亚创造出了一个没有心存在的完美世界的时空”，原本赤日觉得自己已经完成了理想，可是他却没有想到，世间上还有无数个平行时空，彩虹火箭队的到访，让赤日明白了自己不能停下脚步，不然他创造的美好世界，迟早会被那一个个野心家毁灭。
“希望不会有人来阻止我吧，”赤日遥望天空。
彩虹火箭队几人，都有着自己的理想，这些野心家的理想大多对立，各自自然不可能和平共同，加入彩虹火箭队，也只是不愿意落后对手，每个人都觊觎着彩虹火箭队的技术，坂木的地位，正如坂木所说，他无法压制每个人，彩虹火箭队的形成，代表着一场更残酷的博弈。
合众地区的魁奇思更是如此，他在原本的世界收服了捷克罗姆和莱希拉姆，实力极速膨胀，加入彩虹火箭队的最大野心，就是想要操控坂木代替Ｎ作为自己的傀儡。
对于这片新的合众，魁奇思很满意，这里会是等离子队一步步吞并彩虹火箭队的起点，不过在那之前，需要清理一些碍事的人，这样才能把这个合众占领，让其成为等离子队的新领地，也只有如此……
他才有资格去与另外五个人博弈。
坂木、赤焰松、水梧桐、赤日、魁奇思、弗拉达利，六个人各自代表了一方势力，代表了不同的理念。
他们之间不可能互相认可，互相信服，所以这个世界会成为他们博弈的战场。
而这个世界的精灵联盟，这个世界的训练家，显然没有被后五人看在眼里，或许是他们那个时空的联盟过于无能，或许是因为他们如今的力量过于庞大……又或许是之前的经历，给了他们足够的信心。
但是面对这些穷凶恶极的野心家，精灵联盟却不能坐以待毙，道馆训练家也好，四天王也好，冠军也好，全部出动，甚至一些民间的训练家，也都纷纷站了出来，加入到了抵抗的大军中。