王允坚决回答道：“昔日汉武帝并没有杀害司马迁，却让他写史，结果却引来了许多诋毁之书流传后世。如今国家的命运正在衰微，朝政混乱，不能让狡诈的臣子在年幼的君主身边拿起笔来，让我们受到他们的讪议。”
马日磾默然无语，私下对其他官员说：“王允恐怕没有后悔的机会了！善良的人是国家的纪律，制作史书是国家的典章。如果纪律被破坏，典章被废除，国家如何能够长久？”
就在那一刻，王允不听马日磾的忠告，下令将蔡邕关进监狱并处以绞刑。
士大夫们一听到这个消息，都感到悲伤流泪。后来的人们对蔡邕为董卓哭泣的行为进行了评论，认为他的行为确实有些不妥。而王允杀死蔡邕的做法也被认为过于过分。有人写诗感叹道：“董卓独揽权力，行事残暴无情，而侍中蔡邕何以最终丧命？当时诸葛亮在隆中沉睡，怎么能轻易地投身于乱臣之手。”
此时，李傕、郭汜、张济和樊稠逃到陕西，派人前往长安上表请求赦免。王允回答道：“董卓之肆意妄为，正是由于这四人的帮助；即使天下大赦，也不会赦免他们。”使者将这一回复带回给李傕。
王允认为这四人都是董卓专横行事的帮凶，他们的罪行不可饶恕。即使天下其他人可以得到大赦，他们却不会得到宽恕。
王允的决定表明了他对董卓及其同党的不容忍和对他们犯下罪行的追究。他坚决不会容忍这四人逃脱惩罚，展示了他对正义的坚守和对国家稳定的追求。
李傕听到王允不会赦免他们的回答后，决定放弃求赦，自行逃生。然而，谋士贾诩提出了一个新的计划。他说道：“诸位若是单独离开军队，只需要一个亭长就能将你们缚住。不如诱集陕西的百姓和本部军队，一起杀入长安，与董卓报仇。如果成功，就能以正朝廷安抚天下；如果失败，也可以逃走，还来得及。”
李傕等人被贾诩的计划所吸引，于是开始散布谣言，声称王允打算清洗西凉州的人。这消息让众人感到惊慌。然后又故意传播另一消息，说：“单纯地死去没有任何益处，谁愿意跟随我一起反抗？”众人都表示愿意跟从。
于是，李傕等人聚集了十余万人，分成四路，向长安杀去。途中遇到了董卓的女婿中郎将牛辅，他带领着五千人军队，打算去报仇。李傕与牛辅合兵，让他们作为前驱。四路人马陆续出发。
王允得知西凉兵前来的消息后，急忙与吕布商议对策。吕布对王允说：“司徒请放心。这些鼠辈根本不值一提！我将带领李肃率领军队出击，将他们击败！”王允听到吕布的话，稍感安心，但仍忧心忡忡地看着吕布离去。
吕布带领着李肃率领的军队火速出发，迎战西凉兵。他们迅速与牛辅率领的军队相遇，展开了一场激烈的战斗。双方士兵互相搏斗，刀剑交错，战场上充满着刀光剑影和呐喊声。