黑衣组织的剧情大略介绍：第04卷至第06卷
第04卷：
动画第129集来自黑衣组织的女子大学教授事件，本书是第04卷第0628章开始。
琴酒的话，石峰保全并不全信，而组织做出的事情明显是针对美好心情财团。
作为回礼，山崎决定夜探基地，不过那里已经人去楼空，而在回来的路上，遇上了一个小女孩，一个人走在路上。
那其实就是雪莉，组织打算把她运走，拿她当小白鼠，她吃下了aptx4869，结果变小了，逃了出来。
山崎请她上车，她就上了车，然后说是阿笠博士家亲戚的孩子，她在调查工藤新一时，曾经向石峰保全买过阿笠博士的资料，所以在山崎面前说起来，没有破绽。
山崎视她为逃家的问题儿童，没有多管就把她送到阿笠博士家。
阿笠博士收养了灰原，她成为帝丹小学的学生。
灰原把一个用于家居清洁的化学『药』剂专利交给阿笠博士授权给美好心情财团第一实验室（宫本美子为了保护阿笠博士，让他加入的，不过只是挂名），年收入至少过亿日元，但仍然不够用（灰原的奢侈品也花费巨大）。
灰原借用对面浅井家的地下实验室，帮助浅井香打工做基因克隆方面的实验（浅井香知道柯南是工藤新一，知道灰原与柯南一样，但不知道灰原是雪莉。）
柯南与灰原相遇，假的钱事件后，调查灰原给她姐姐的软盘，但没有发现，因为是证据，警方对软盘进行了检查，而软盘里的电脑病毒就此进入了警视厅的计算机系统潜伏下来。
灰原也想明白了，原来是她害死了她姐姐，也害了她自己，是她错把装有数据的软盘交给宫野明美，令组织确认雪莉背叛，所以不再怜惜她的才华，对她和她姐姐痛下杀手。
动画第163-164集月亮、星星与太阳的秘密，本书是第04卷第0722章开始。
犯人奥田伦明无罪，因为他的假钱已经退出流通很久了，他对米国有仇恨，后来被贝尔摩德利用成为杀人棋子，杀了整队的调查局人员。
……
第05卷
动画第176-178集与黑衣组织的再会，本书是第05卷第0751章开始。
皮斯可事件，灰原被抓，喝酒变大后爬上天台，琴酒赏了灰原四颗子弹，在四肢的关节处，柯南救下灰原，通过窃听眼镜听到琴酒杀死皮斯可，但没有听完。
由于贝尔摩德化装成了皮斯可，所以柯南也不知道谁死了。
皮斯可会死，一是因为岛国经济巨变，手中产业亏损，他本人能力不足，但又占着位置不放，二是训练营，也就是沼渊己一郎，正在组织的追杀下，破坏组织地下网络，而这样的人居然是废物，说明皮斯可连识人的本事都没了，手中系统僵化无能，已经没有了价值，该消失了。
后来，贝尔摩德装扮的皮斯可，把他的生意转出去，然后全家乘游艇出海去澳洲，在暴风雨中遇上海难，全家死光。
皮斯可控制的是汽车租赁业务，琴酒的爱车就是通过他的公司进行各种年检保险等，否则琴酒的车子根本开不上路，一上路就被交通警察盯死了。
而至此，琴酒等人慢慢开始响应贝尔摩德的建议，化妆出行，使用普通不显眼的车子。
动画第188-193集危命的复活，本书第05卷第0770章开始。
柯南变工藤，山崎帮他善后，为了工藤的安全，本来想把工藤圈禁起来，但他又变小了，也就放弃了。
剧场4瞳孔中的暗杀者，本书是第05卷第0787章开始。
本来只是相对简单的事件，贝尔摩德利用卖给犯人风户京介的武器做文章设了个大局，牵涉出了海上保安厅丢失武器，利用人事调动下了盘大棋，埋下棋子的同时，重新建立起了一个进出口的犯罪网络。
（这一点是宫本美子和山崎的猜测，并没有证实，因为无法证实，也不知道是谁，到底有没有人布局。）
动画第209集龙神山坠崖事件，本书第05卷第0823章开始。
由于组织没了自营码头，不能运输脏车，所以把赃车藏在山中，于是有了这个事件，由于是外围，所以柯南没有收获。
柯南并不知道这与组织有关，不止是这个，很多事件都不知道，他的对手就是他要找的。
……
第06卷
a动画第219集被召集的名侦探！工藤新一vs怪盗基德，本书第06卷第0847章开始。
传说中的boss乌丸家事件，虽然经作者证实了，不过本人认为横浜雨中楼事件中的那个年轻侦探才是。
动画第226-227集格斗游戏的陷阱，本书第06卷第0867章开始。
因为美好心情财团壮大，没有任务的茱蒂变成帝丹老师，接近山崎和美黛子。
动画第230-231集神秘的乘客，本书第06卷第0871章开始。
贝尔摩德并没有变成新出明智，也没有暴『露』身份，而大明星莎隆和她女儿都在活跃着，跟贝尔摩德有没有关系，仍然是一个『迷』团，从证据上并没有关系。
贝尔摩德在玩，逗调查局玩，顺便布杀局。
动画第0240-0241集新干线护送事件，本书第06卷第0891章开始。
犯人背后的『药』物贩子与黑衣组织有关，利用车辆夹带违禁『药』物。
剧场5通往天国的倒计时，本书第06卷第0915章开始，至第0933章。
（本卷开始有游戏，如果给阅读带来不便，很抱歉，只能说以后尽量凑整章。）
贝尔摩德收了原佳明，而炸毁大厦的目的是掩藏常盘主机数据，他们用来入侵美好心情财团主机，以及制造茧游戏的辛德拉集团主机。
本书中辛德拉集团很强大，它拥有虚拟现实这种黑科技，可以想象出它是多么重要了。
动画第258-259集来自芝加哥的男子，本书第06卷第0988章开始。
詹姆斯过来了，顺便保护朋友马戏团老板，本书中犯人想杀了詹姆斯装作送去就医，詹姆斯放倒了他们。
……
就是这些。