荧幕上，托尼被奥创控制的机器人引走，队长三人以及雷神跟那群忍者交战，这群忍者除了石原里美以外都蒙着面，身上背着武士刀，不知道从哪里冒出来一大堆，当陈锋一刀劈死一个的时候原地炸开一团烟雾，而尸体则消失不见。
娜塔莎找上了石原里美，鹰眼四处射箭，雷神一锤子下来雷蛇四散，苏紫悬浮在空中，紫发飘动，狂风涌动，而陈泽化身齐天大圣，分身无数，一棒子一个，这群忍者被打的节节败退，只有娜塔莎那里占据下风。
石原里美扫视战场，神色冷静，就在这时，一道同样身穿黑色武士服，带着面罩的男人忽然出现在了她身旁不远处，淡漠说道：“可以走了。”
“OK。”石原里美点了点头，说的同时，她用武士刀格挡下娜塔莎的一刀，平淡说道：“你们真可悲。”
“什么？”娜塔莎皱眉，然而石原里美没有再多说，单手结了一个印，整个人化作烟雾散开，当娜塔莎冲过来时石原里美已经消失不见，甚至不一会的功夫，那群忍者留下一堆尸体后也有大批人成功撤离。
陈泽跟雷神想追，那个后来出现的男人回头，双手结印，冷漠的说了一句日语，意思大概是：“爆！”
随着他的话音落，整个厂房各处的墙壁上都出现符箓一样的纹路，一张张起爆符纹路亮起然后发生爆炸，彻底的挡住了他们追击的脚步。
当烟尘散去时现场一片狼藉，到处都是焦黑的痕迹，但联盟众人却没有受到什么太严重的伤势。
“这到底是怎么回事？为什么这里有这么多人？”托尔怒问道，苏紫从空中降下来。皱眉说道：“他们可能早就知道我们要来。”
“那他们这么做有什么目的？这点埋伏也对付不了我们。”陈泽问道。
“托尼？”娜塔莎疑惑说道，随后脸色一变，对着耳麦沟通道：“托尼？”
镜头切换，托尼跟奥创一追一逃，在空中互相攻击，最后托尼成功将那具机器人打落下来，托尼居高临下的看着它，机器人好整以暇的倚靠着一个大岩石，嘴里出现出现本大人的声音：“你以为你赢了吗托尼？”
“起码现在来看是的。”托尼嘴上当然是不会输，淡淡说完，抬手对准那机器人。
“哦？我们会再见的。”本大人的声音充满恶意，托尼手心发出一发能量炮将对方轰成渣，然后才颇为冷傲的说道：“是的，我会去找你的。”
“托尼。”
这时，托尼的耳麦里传来娜塔莎担心的声音，托尼回复道：“娜塔莎。”
“你还好吧？”
“当然，我很好，怎么？”
“我们怀疑他们早就知道我们要来。”
“所以你们怀疑他们的目标是我？但是我这里没事。”
“那他们的目的是……？”
两人沉默了片刻，忽然神情一变，异口同声说道：“神盾局！”
……
镜头切换，神盾局纽约基地内，也是忽然爆发起冲突，伴随着一个光头男人的一声行动，很多神盾局内部的人纷纷将枪口对准自己原本的同事，一场骚乱瞬间爆发，尼克弗瑞在人的掩护下拼命逃脱出了基地，但开着车也被堵在了路上。
一顿机枪扫射后，车载系统播报：“系统受损。”
尼克弗瑞一连说了几个功能后都是如此，他不由愤怒的说道：“还有什么系统没有受损？”
一首歌忽然在车里播放了出来，语音不紧不慢的说道：“车载音响可以正常播放。”
“啪。”尼克弗瑞气的直拍方向盘。
剧场里顿时响起一片笑声，在这种激烈的情况下还能搞笑也是他们没想到的，随后系统重启完毕，眼看尼克就要突出重围，三台机械战甲从天而降，将汽车打翻，尼克爬出来就看到其中一个机器人手中拿着洛基的权杖。
权杖上面是心灵宝石，在《联盟一》以后就一直被放在神盾局保管，现在会落到本大人的手里，也说明神盾里早就有了九头蛇的人，甚至还不少。
“我早该知道的。”尼克弗瑞自嘲的说道，这一次的失败看起来一点都不冤。
“没关系，你以后也会是我们的一份子。”其中一个机器人说道，是本大人的声音。
“之前的消息实力故意放出去的？目的是为了调开守望者联盟。”尼克陈述道，事到如今还有什么不清楚的？
“你猜的很对，可惜没有奖励。”
“他们会回来的。”
“我等着他们。”本大人说完，那战甲将权杖点了一下尼克弗瑞的胸口，刹那间尼克的瞳孔冒出一阵红光。
“带他走。”
一群人架住尼克弗瑞离开了街道。
后面的剧情看的影迷们揪心不已，联盟众人回到纽约前往神盾局的时候就察觉到了不对，但还是陷入了埋伏中，一番大战炸毁了纽约神盾局，无数人看到了钢铁侠等人的战斗，在神盾局的宣传中，钢铁侠等人成为了恐怖分子，想要占领神盾局，凭借力量统治美利坚。
联盟众人被狠狠的摆了一道，而且神盾局也已经陷落，神盾局的态度也影响到了美国高层。
虽然有很多人不信，但形式已经对他们极为不利，而且他们内部也有了一些矛盾，托尼说早就应该听他的，不要按照神盾局的指令仓促出动，应该调查出本大人的位置后一次性解决。
而陈锋坚持应该有计划有组织的去行动，只不过没想到的是这个组织被端了……
“这是神盾局的问题。”陈锋皱眉说道。
因为行动的失败，众人的心情都不怎么好，然而这时，新的人工智能星期五汇报，它找到了本大人的位置——日本东京。
对于本大人来说，他多年的谋划已经近乎于成功了，神盾局完全落入掌控，全世界都布满他的势力，现在唯一的阻碍就是守望者联盟的英雄们，只要干掉他们，他本大人就可以凭借神盾局去统治美利坚。
而日本，就是他给他们准备的殉葬场。
联盟众人收拾好装备，全体前往日本，而电影也进入了中后期，一场大战即将展开。